以黄宗羲个人的性格，做一个监察御史倒也挺合适的，只有他这样敢于触动权贵、敢于说公道话的人才能忠于职守，才能明察百官，整肃朝纲。只可惜他生在乱世，根本没有那么多的时间和机会去施展自己的才华。清军攻至浙东，鲁王政权溃散，鲁王自己也是死里逃生，最后只能漂流海上。黄宗羲也被清廷作为反清武装头目来通缉、追捕。黄宗羲在与鲁王政权失散后，自然是要苦苦追寻，甚至一度到过日本。后来又几经周折，才和已经流亡海上的鲁王行朝取得了联系。
清顺治六年（1649年）四月鲁王在定西侯张名振的迎护下由闽返浙，中途驻扎在南田的“健跳所”，此时已过不惑之年的黄宗羲毅然抛家弃业，投奔已经没有希望的鲁王流亡政权，应该说这也是黄宗羲为挽救这个行将覆灭的小王朝所尽的最后一份忠心了。他的到来也受到了行朝上下的一致欢迎，起初被授以左佥都御史之职，后来就擢升为左副都御史。就这样，黄宗羲和其他几个忠于故明的朝臣在极其艰苦的条件下苦苦支撑着这一份明祀残业。
只是，这个小朝廷远比黄宗羲想象的糟糕。当时，这个所谓的海上行朝的防御力量，只不过是由几条大小船和一帮亡命的散兵游勇组成，他们困守在海中的几个孤岛上，没有供给，缺衣少食。更为糟糕的是这些士兵士气低落，武将们拥兵自重，文臣稍有异意便会招致杀身之祸。如黄宗羲的好友、“世忠营”时期的合作伙伴熊汝霖就是这样被害死的，这些人没有死在抗击清军的战场上，而是亡于自己内部的纷争，实在是这个政权的悲哀，也更说明了这个行朝的存在只能是苟延残喘，灭亡已经是必然的了。
此时黄宗羲虽身为左副都御史，但手无一兵一卒，虽苦心建言，却又有谁人肯听？所以黄宗羲在做这个官的时候十分烦闷，郁郁不得志。在担任左副都御史期间，黄宗羲曾竭力推荐在四明山曾结寨抗清的王翊，想使其率领军队加入南明的抗清阵营。
这个时候王翊的抗清武装有一万余人，应该说是一个难得的抗清力量，因此黄宗羲的这个举荐也得到了朝中一些人物的支持，大家都认为在目前困难的处境下，像王翊这样忠心于抗清事业的人物应当得到重用。但此时操纵行朝大权的是张名振，他与王翊有过私人的过节，因此出于个人私心，他坚决不肯接纳王翊的武装，也否定了黄宗羲的举荐。
