早在故明时期，黄宗羲就想通过科举出仕来为国效力。只是和许多怀才不遇的封建士子们一样，黄宗羲虽然胸有大志且学识深厚，但他在科举场上却是屡屡败北，一直没能取得功名。也正是这样，黄宗羲看科举制度的腐朽本质才更为透彻，更为入骨。从此以后，他便抛弃了急功近利求仕的浮躁心态，开始研究一些实用的学问，即所谓的“为学须为世用”。此间也有朋友推荐他做中书舍人"，但被他回绝了，可见他对仕途已经失去了兴趣。
黄宗羲在率领他的世忠营拥戴鲁王之初，就提出要以布衣的身份参与军事，他对鲁王说：“陛下待以宾友，则贵于宰相矣，何必自屈其志？”只不过鲁王没有答应他的请求，最初给了他一个职方司主事的官儿，领正六品的衔。职方司是兵部四清吏司之一，一般设郎中、员外郎各一人，主事二人，主要就是负责舆图、军制、城隍、镇戍、简练、征讨等各方面的日常事务管理。
后来，经过朝中其他人的推荐，鲁王又改任黄宗羲为监察御史，仍兼职方。所谓监察御史则主管纠察百官的不端言行，可以参奏弹劾大臣。在担任监察御史一职后，黄宗羲更是死心塌地、殚精竭虑地投入到鲁王朝廷的“恢复”大业中了。首先他要着手的就是整顿朝纲，整顿朝纲的过程中他努力做到坚持原则，据理处断，当然，这也是由他耿直的性格决定的。
顺治三年（1646年）二月，鲁王政权邀原来弘光政权的总兵刘泽清的手下悍将张国柱来浙东助战，共同抗清。这个张国柱是草莽出身，在还没有与清军交手之前，就先在防区内大肆抢劫，而这时软弱的鲁王朝廷却试图对其采取绥靖政策，甚至想要给他封爵。就在这时，黄宗羲明确提出反对，他认为朝廷的这种绥靖政策无异于纵虎为患，而且这样也会让那些有功之人无以立足。后来经过协商，最终只让张国柱做了个胜虏将军，没有给他飞扬跋扈的机会。
这件事后不久，又发生了嘉兴总兵陈梧抢掠百姓财物，被知县王正中正法的事件。陈梧是在嘉兴兵败后逃退到余姚境内的，别看这批残兵败将在战场上一个个不是清兵的对手，但在老百姓面前他们却是毫不含糊，他们一到余姚就肆意劫掠，当地民众被害得叫苦不迭。这里的知县叫王正中，是黄宗羲的好朋友，为人耿直刚正，他看到乱兵无道，百姓深受其害，于是就组织了民兵将纵容部下且带头抢掠的陈梧等人杀掉，这一行为自然也就引起了军界诸兵将的不满。当时方国安、王之仁等人坚持要将王正中治罪，并且都形成了廷议。
