陈子龙得以参与到这次起义中来，也是戴之俊牵的线。早在吴易太湖起义的时候，两个人就相识了，只是后来，吴易兵败，戴之俊投靠了吴胜兆，所以陈子龙对其很不屑，后来经过戴的一番解释，陈子龙这才参与到这次起义的策划中来，因为他不想放弃任何一次与清军作战的机会。要想起义，最好能有呼应，于是戴之俊积极主张联络黄斌卿前来支援，陈子龙知道指望黄的部队是靠不住的，但别无他法，只能先试一试了。
黄斌卿联系是联系上了，也约定在四月十六日夜里由舟山开船直接到松江海港，可是天公不作美，到了十四五日的时候海上突然狂风大作，黄的兵船很可能无法到达。就在这时这里的海防同知杨之易、推官方重朗向总督洪承畴告了密，所幸的是洪承畴将密信交给了吴胜兆，问他是怎么回事。十五日夜里，接到从洪承畴那转来的密信，吴胜兆当即派人把杨之易、方重朗拿下砍了，并且准备第二天黄的部队一到就立即发动兵变。
可是一直等到十六日早上都没有人来接应，吴起义的事情很快要败露，于是就先发动兵变，将吴胜兆捆了起来，并以吴胜兆的名义将吴的亲信全部招来一一拿下，全部杀死，戴之俊也在其中。吴胜兆则被押往苏州。这次陈子龙又是侥幸逃脱，只要把陈子龙捕获，江南的抗清志士就可以一网打尽。一时间，南京的清军大帅巴山、操江都御史陈锦、江南巡抚土国宝等人都来到松江，目标就是一个，那就是陈子龙。
这时陈子龙和夏允彝的哥哥夏之旭逃到了嘉定侯峒曾家，侯家的仆人刘驯主动提出要帮助他们逃走。于是陈子龙就化名为李大樽在刘驯家暂且住几日，其朋友侯峒曾也在积极奔走，想送其入苏州，再往浙江。却无意中抓到了夏之旭的一个童子，从童子口中他们得知陈子龙和夏之旭的行踪，遂立即派人前往刘驯家中，此时陈子龙端坐在刘驯家中，坦然就捕。
就在被押往南京的水路上，陈子龙趁看守不备，挣脱绳索，毅然跃入水中，最终以自沉的方式殉国。等船上的士兵将其打捞上来的时候，他早已停止了呼吸，殉节了。气急败坏的清军割下了陈子龙的头颅，并挂在船头炫耀，而此时，陈子龙的大名也注定要载入史册，永远为爱国的民众所怀念。陈子龙在最后关头投水而亡，并不是穷途末路之举，更不是其懦弱的表现，其实这种以死报国的方式在他心里已经想了很久。唯有投水而死，方能保全其人格的清白，也算是追随其挚友夏允彝而去。也许，他还需要我们的一点理解。
