永历政权建立于顺治三年（1646年），灭亡于康熙元年（1662年），存在了16年，是南明几个政权中存在的时间最为久远，抗清时间最长的，这个政权在其成立之初确实定都在肇庆，但是其做为政治中心确实不稳定，永历帝三进三出，实际驻扎时间不过是在2年左右。
由于政治需要和地理位置、城防的关系，永历政权一开始将都城定在肇庆话说在顺治三年（1646年）九月，隆武帝朱聿键在福建汀州被俘获。时任广西巡抚的瞿式耜早在当年八月就将桂王朱由榔迎至广东肇庆府，当隆武帝被俘的消息传来后，本着“国不可一日无主”的精神提出选择新的主君，所谓“天下裂矣，曷可一日无君”，并和当时的两广总督丁魁楚推戴桂王朱由榔上位。“永明王贤，且为神宗嫡孙，应立”。遂于当年的十月十四日，朱由榔在两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜、广东巡抚王化澄、广西巡按郑封、肇庆知府朱治澗支持下当上了监国。
在上面这一长串的拥立名单中，尤其是两广总督丁魁楚无疑是顺位最高的实权人物，当初瞿式耜提出拥立桂王的时候，也是要争取他同意的，所谓“公制府，带甲五岭，宁坐视颠危耶，请急议监国”，而当时的肇庆正是两广总督丁魁楚的常驻地，所以，在匆忙拥立朱由榔的情况下，身为当时两广实权人物的丁魁楚当然得把桂王朱由榔安排在自己眼皮子底下，这样就走一种“挟天子以令诸侯”的效果，从后面的情况来看，丁魁楚贪污狼藉，利欲熏心，试图控制永历帝弄权，“魁楚怙拥戴功，与王坤相表里，以意黜陟，中外失望”。
从地理上说，肇庆城处于西江之滨，是珠江流域的主流，处于两广的咽喉位置，为岭南重镇，是当时沟通两广水运的交通中心，经济也不差。
以史书观之，曾经做为两广总督府的肇庆府，城防也坚固，想当年清军占据肇庆府后，在清将许尔显的防守下，李定国率军连续死磕三个月，根本啃不动，其城之牢固可见一斑。“肇庆城小而坚，清将许尔显失守不下，围三月不克，师渐老，援兵大至，定国乃退，自平乐屯永安州”。
丁魁楚
所以，永历政权选择定都肇庆府一是因为两广总督丁魁楚的关系。其次肇庆城确实交通便利，城防坚固，确实有利于做为永历政权临时的行政中心。
三进三出，仓皇失措自从永历政权定都肇庆城后，就数次惊魂未定，而之所以发生这一切固然有实力不足的因素，很大程度上也是因为其腐朽所至。首先，桂王朱由榔他就不是做领袖的料，当时群臣拥立桂王的时候，永历帝之嫡母、太妃王氏就说：“儿非治世才，何苦以一朝虚号，涂炭生民，南中、闽中可鉴也。”又说：“诸臣何患无君，愿更择可者。”“永历王太后，湖广人；桂端王继妃、永历帝之嫡母也。性慈惠，通大体。上嗣桂王封，进太妃。丙戌秋九月、粤东闻汀州之变，总督丁魁楚、巡抚瞿式耜等议奉上监国；太妃曰：‘儿非治世才，何苦以一朝虚号，涂炭生民！南中、闽中可鉴也。’又告诸大臣曰：‘诸臣何患无君，愿更择可者！’群臣固请，乃许之。十一月，闻赣州之变，上仓卒幸梧州。太妃呼省臣李用楫、台臣程源，诃其弃逃无固志；诸臣皆伏地引罪。上寻还肇庆。即位，上太妃尊号曰‘慈宁皇太后’。”太妃王氏固然是怕永历帝重蹈弘光帝、隆武帝的下场，但是对朱由榔的才具却是知根知底的，从后来的发展来看永历帝本人确实是庸懦无能。
永历帝不是当领袖的材料也罢了，政权内部除了瞿式耜等少数大臣颇有政治眼光之外，大部分官吏只想知道一己之私。当时的情况可谓是“君非明君，臣非良臣”，如惊弓之鸟般也是意料之中，三次逃跑实在，除了最后一次情有可原之外，其他两次实在荒诞。
一逃肇庆
话说永历帝在众人的推戴下于顺治三年（1646年）十月十四日就任监国。但是过了几天，当得知清军高进库部攻陷江西赣州后，被宦官王坤一忽悠，因为过于恐惧，于同月十六日决定逃离肇庆府，瞿式耜被惊呆了，于是立即上书劝谏。“式耜曰：‘今日之立，为祖宗雪仇耻，正宜奋大勇以号召远近，且东人不靖，苟或自懦，外弃门户，内衅萧墙，国何以立？’不听。”但是，已经吓得腿肚子的打颤的永历帝仍然飞也似地逃离肇庆去梧州。赣州和肇庆的直线距离起码是400公里以上，当时永历帝这小朝廷怕清军都怕成啥样了。
二逃肇庆
在朱由榔以监国身份逃到广西梧州，在广州的绍武政权建立。两广总督丁魁楚为了抵制绍武政权又将朱由榔迎回肇庆，于顺治三年（1646年）十一月十八日立朱由榔为帝，“以明年丁亥为永历元年”。
朱由榔
没想到清军李成栋部狂飙猛进，于当年十二月十五日，攻陷广州，灭亡绍武政权。永历皇帝顿时感到心慌，瞿式耜劝阻无果。于二十二日当即乘船西逃，当天就经平乐逃到了桂林，不久后肇庆便落入李成栋手中。后来又听说清军占领了平乐，又想再一次脚底抹油往湖南方向盘。瞿式耜当时实在是绷不住了，又开始苦劝，“兹半年之内，三四播迁，民心兵心狐疑，局促如飞丸，翻手散而覆手合”。表示坚决不和朱由榔一起逃了，就在桂林和清军死磕。而永历帝则逃至湖南武冈境内。
三逃肇庆
在永历帝初逃期间，局势又为之一变，这时局面正在向永历政权方向好转。首先，是瞿式耜和猛将焦琏获得了两次桂林保卫战的胜利，连续击败李成栋和孔有德，稳住了战线；其次，随着大顺军余部加入永历政权，湖南的抗清力量也大为增强，局势好转一些；更重要的是在顺治五年（1648年）上半年，江西和广东分别发生金声桓、李成栋反正，更使抗清局面大好。
上述抗清运动的胜利以及李成栋、金声桓的反正，使永历政权的实力增强，李成栋本来想把永历帝请来广州加以控制，但是由于瞿式耜和陈邦傅的反对而作罢，最后各方势力妥协，仍然定都于肇庆，永历帝遂于顺治五年（1648年）八月初第三次驻于广东肇庆。直到差不多一年半以后，由于湖南、江西两地的抗清运动失败，再加上李成栋在支援南昌战役的过程中身死，局面又开始恶化。顺治七年（1650年）正月初三，清军攻克南雄府，广东门户被清军打开。据《所知录》记载，永历帝在听到清军占领南雄的消息后，于初八日登舟逃离肇庆，永历政权的肇庆时期遂告结束。
综上所述，永历政权之所以定都肇庆与政治、地理因素息息相关，而后来三进三出则大致于清军的军事压力强弱有关。当然，永历政权在当时君昏臣暗，根本无心抗敌，所以轻于去就，这副面孔在一逃肇庆时就有很明显的表现。
