在明朝，太祖和太宗已然进入太庙。按照既定规则，新皇帝要给上一代皇帝拟定庙号、谥号，接着将其神主升入太庙附祭。就这样，明仁宗朱高炽、明宣宗朱瞻基、明英宗朱祁镇依次进入了太庙。
【历史原因】
得说说明代宗朱祁钰，明英宗朱祁镇在土木堡之变里让瓦剌给抓了，朝廷就把他弟弟朱祁钰立为皇帝，还把朱祁镇尊为太上皇，后来又把朱祁镇接回来了。接着朱祁镇搞了个夺门之变，又当上皇帝了。朱祁镇可记恨朱祁钰呢，不光把他皇帝位给废了，朱祁钰死了以后，也没给他皇帝的庙号和谥号。明代宗这个庙号是后来南明的弘光帝给的，谥号是明宪宗和弘光帝定的。朱祁镇甚至把朱祁钰建好的帝陵都给拆了，就按亲王的规格给埋了。这就导致明朝在北京的皇帝有14个，可只有明十三陵，明代宗朱祁钰当然也进不了太庙。
明朝第二位生前称帝，死后不能进太庙的，是明英宗的儿子。明宪宗朱见深去世后，太子朱祐樘登基，给他定庙号为宪宗，打算按常规把他的神主牌位升祔太庙。可这时出了状况，太庙没地儿了。为啥会这样呢？周代礼法说天子七庙，对此有不一样的讲法，一种是一个王朝的宗庙只能供奉该王朝的七代祖先；另一种是因有功绩而得到祖宗庙号的帝王，不在七庙的固定数目里。后来不同的王朝各自有所发展，弄出了具有本朝特色的太庙庙数制度。朱元璋创建明朝太庙制度时，采用了第二种说法，因而明朝太庙能供奉九代祖先。当时，明朝太庙已经供奉了德祖、翼祖、熙祖、仁祖、太祖、太宗、仁宗、宣宗、英宗这九个人，德祖在正中间，其他人按照昭穆之制排列，这样一来，到明宪宗的时候就没地方了。
【如何解决】
那咋解决呢？碰到这种状况，周代礼法有个办法，叫“迁祧”。这就是把供奉的九代帝王里的远祖神主给迁走，好给后面的帝王腾出地方。古人定这个规矩，是因为要是不限制一下，宗庙供奉的人就太多了，祭祀会特别麻烦。再从感情方面说，远祖跟现任帝王的血缘关系已经很淡了。通常从自己开始算，五代以后就出了五服，差不多没啥血缘关系了。
那要迁走哪位祖先呢？依传统规矩，一个王朝的开创者功劳极大、意义非凡，是不能迁走的，这叫“百世不祧”或者“万世不祧”。在明朝，生来就有这待遇的是明太祖朱元璋。明朝的君臣依据礼法进行探讨，最后决定依照周礼来办。周朝推行天子七庙的制度，三昭三穆，再加上太祖的庙，一共是七庙。周文王、周武王是宗，不在七庙的数量限制内，实际上是九庙。
后稷乃周朝之始祖，周文王与周武王乃世世相传，其宗庙世世不毁。此三位皆百世不移，其余周王之宗庙则依次迁祧。于明朝而言，德祖系朱元璋高祖父，为明朝始祖，恰似周朝之后稷；太祖之事毋庸置疑；太宗功德卓著，仿若周朝之周文王、周武王。此三人万世不祧，其余自义祖（朱元璋曾祖父）起始依次迁祧。另外，在太庙寝殿后侧修筑一座祧庙，用以存放被祧之皇帝神主。至此，明朝皇帝宗庙的迁祧制度得以正式确立，与此同时，太庙形成了享殿、寝殿、祧庙的建筑布局。
【建筑格局】
这就是咱们现在看到的北京太庙的建筑布局，有三座大殿。前殿是举行大型祭祀活动的地方，也叫享殿；中殿是供奉历代皇帝、皇后牌位的，也叫寝殿；后殿是供奉被祧的皇帝、皇后牌位的，也叫祧庙。就这样，朱祐樘让把义祖的神主从太庙寝殿挪到祧庙，把明宪宗的神主放进太庙寝殿。后来朱祐樘去世了，太子朱厚照当了皇帝，给他的庙号是孝宗，把他的神主升祔到太庙，祧迁了熙祖。朱厚照死了以后，庙号是武宗，他的神主也升祔到太庙，祧迁了仁祖。
若事情一直如此发展，后续便无甚可讲，无非是依照明朝皇帝即位顺序，进一位，祧一位。然而，偏偏此时出现了一位关键人物，他的出现引发了明朝历史上太庙制度乃至整个北京诸多坛庙制度的重大变革，并对后来的清朝产生了影响。此人是谁？想必很多人心中已有答案，他便是嘉靖皇帝，“嘉靖者，言家家皆净而无财用也”。
