咸丰十一年（1861年）至同治元年（1862年），扯旗反清的回民在陕西、甘肃作乱，战火沿着渭水迅速蔓延，关中回民大动乱随后爆发。
关中“回变”发生后，回军首先围攻大荔。接着，华州、华阴、耀州、长安、蓝田、高陵、泾阳、富平、咸阳、蒲城等地的回民纷纷起兵响应，自东向西迅速蔓延扩展，渭河南北燃遍烽火硝烟，参与作乱的回军达20万人，可谓声势浩大。
为了统一攻战步调，回众在起兵之初就组成18大营，主要首领除任武、郝明堂、洪兴外，还有白彦虎、马世贤、马正和、马四元、邸大魁等等。
参与暴动的回军杀死汉人民团首领，包围了省会西安。同治元年（1862年）秋，陕西回军与远征西北的太平军取得联系，整个西北的回民迅速响应起兵，攻城拔寨，杀戮吏民，陕西巡抚瑛棨（郑瑛桂）请求清廷派兵援助。清廷欲派达斡尔悍将多隆阿率黑龙江马队驰援，但当时多隆阿正在征剿太平军，于是改派胜保负责陕西军务。胜保无谋无勇，接连败北，人送绰号“败保”，被清廷革职赐死。同治二年（1863年）初由多隆阿取代胜保赴陕剿回。
多隆阿质朴刚毅，勇猛善战，与霆军虎将鲍超齐名，在军中素有“多龙鲍虎”之说。他率部入陕后发动了一次猛烈袭击，攻占了许多回军据点，击斩回众甚多。太平天国派去帮助指导回军作战的军官，有两个被擒杀，其余的向清军投降。
呼尔拉特・多隆阿
清军遏制了陕西回军的势头，但其胜利却是短暂的。同治三年（1864年），剽悍善战的多隆阿被流入陕西的滇川回民军设伏打死，西北回军趁机迅速发展。“时胜保入陕督师，移多隆阿赴南阳防剿，连败贼于樊城、唐县。寻复命赴陕。十一月，入潼关。胜保以罪逮，诏授多隆阿钦差大臣，督办军务。回匪方炽，遍扰东西北三路，陕南则为粤、捻、川匪所出没。多隆阿令雷正绾任西路，自剿东路，克韩村、背坡诸贼营，同州解围。二年春，督军并攻王阁村、羌白镇，破之。回匪自倡乱，至是始被痛创，遂进攻仓头镇。多隆阿积劳致病，将士亦多染疫，遣将分攻庞谷、雷化、乔千、孝义诸镇，皆克，惟仓头为老巢，负嵎未下。四月，移营进逼，挥军纵击，破其土城，贼大奔，追杀无算，东路肃清。令曹克忠一军赴西安护运道，自率穆图善等攻高陵，分路夹击，八月，克之，扫荡附近贼巢。关辅略定，而汉南诸贼纷扰。川匪蓝朝柱近踞盩厔，三年春，亲督兵力攻，城小而固，多隆阿愤甚，临高指挥督战，城已垂破，忽中枪，伤头目，将士攻城益力，旋克之。事闻，温诏慰劳，赐上方药，遣其子驰驿省视。寻命督办陕、甘两省军务。四月，创甚，卒于军。赠太子太保，予一等轻车都尉世职，入祀京师昭忠祠，立功地建专祠，谥忠勇。未几，江宁复，加一云骑尉，并为一等男爵。子双全袭，官头等侍卫。”新教（哲赫忍耶）的主要领袖马化龙控制了宁夏到秦安（今甘肃天水秦安县）一带，其中包括平凉和他的家乡金积堡（今宁夏吴忠金积镇）。此外，再往西还有马占鳌、马桂源、马文禄等人领导的回民武装。几年间，回军占据了宁夏府（当时属甘肃，今宁夏北部）、肃州（今甘肃酒泉）、兰州和众多小城镇，形势日益恶化。
当时参与暴乱的陕甘各回民武装集团的领导权均掌握在回族封建主和宗教头目（阿訇）的手中，这些人仅有宗教野心，却提不出任何明确的斗争纲领和口号，相反还有意识地模糊阶级界限，热衷于煽动民族仇恨，把带有盲目性、自发性的起兵变成他们统治、愚弄普通回众，从而达到割据一方乃至建立单一穆斯林宗教政权的工具。
同治五年（1866年），左宗棠受命出任陕甘总督后，根据“进兵甘肃，必先请陕西之贼”的计划，将主要精力先放在剿灭入陕的西捻军上，他平定西北回民之乱的计划直到同治七年（1868）9月才获得清廷的批准。
9月25日，左宗棠奉诏入京，“赐紫禁城骑马”，自出仕以来首次进京上殿觐见东、西二后。左宗棠说：“陕甘之事，筹饷难于筹兵，筹粮难于筹饷，筹转运尤难于筹粮”，并说要平定西北回乱至少需5年时间。
两宫太后将左宗棠的意见下发讨论。户部决定从各海关六成洋税下，划拨陕甘军饷100万两。
10月4日，左宗棠离开北京，返回陕西。10月23日，他带着亲兵队取道景州来到河南彰德府。11月11日，于孟津渡过黄河，26日抵达西安。随征的刘松山率领8000名湘军老兵在河南洛阳抓紧时间休整，准备择日西行。
左宗棠
在进入陕甘前，左宗棠对两地的回民情况和回汉纷争做了一番深入探究。来自中亚、西域的回族最早于元代进入陕西，后逐渐遍布西北各地。回族有自己的文字，但同时也使用汉字，只是在宗教信仰和风俗习惯上与汉族有所差别。在清代，回族可以参加科考，也有不少人做官；回、汉在短期内和局部地区发生过矛盾以致械斗，但未曾扩大。直到同治元年（1862年）到同治三年（1864年）间，陕甘一代的回、汉矛盾逐步激化，回民、汉民纠纷不断，互相仇杀，清朝官员又袒护回族老教，打击、贬斥新教（马明心所创哲赫忍耶教派），致使回众群情激奋，以致酿成动乱。
同治元年（1862年），狄道州（今甘肃临洮）发生民团屠杀回民事件，民团武装焚毁狄道州城内的清真寺和500余间回民屋舍，并屠杀了回民妇孺老幼数千人；同年，回民军攻破了陕西长安县（今西安市长安区）六村堡，将村堡中的汉民诛戮殆尽。同治二年（1863年），回民军攻入平凉，占领宁夏府城，城中数万汉民遭到残酷屠杀，仅少数人幸免罹难。
左宗棠率军击败并驱逐西捻军后，于同治七年（1868年）11月26日返抵西安，遂开始全力攻打回民军。左宗棠采取“节节剿洗”、步步进逼的作战方法，逐步消灭被分割包围的回民军，并将其活动之地向西压缩。复夺陕西后，左宗棠指挥得力干将刘松山从陕北经定边、花马池向宁夏进攻；黄鼎、徐占彪、马德顺、周兰亭、杨世俊等各率所部进攻陇东，矛头对准溃至董志塬的陕西回军十八大营残部。回军也不怂，与老湘军针锋相对，十八大营倾巢而出，“以陈林、冯均福居前，崔伟、禹彦禄、马正和、蓝明泰等继之，其余逆首随后策应，合悍党三、四万，各裹十余日干粮，于同治八年正月初六日分道窜出，屯踞正宁南北两塬及永乐堡、白吉塬、官河塬一带，势将进犯邠州、三水，并力以扰秦川”。
白彦虎
在这场激战中，回民军与黄鼎的川军以及其余各军恶战于白吉塬，回军战力不及捻军，很快遭挫败，马正和等回目负伤，遂败回董志塬。3月间，回军首领在萧金镇集会，将十八大营缩编为四大营，凶悍善战的白彦虎被推为主要首领，回军中称他“虎元帅”。左宗棠素恨杀人如麻的凶酋白彦虎，视其为头号劲敌，必欲除之而后快，他曾说：“贼中所称虎元帅即白彦虎，盖贼中十八酋之一，凶悍素著者也”。左宗棠将滥杀无辜的白彦虎视为必欲诛除的凶逆之首，只可惜最终未能成功将其擒杀。
白彦虎教名穆罕穆德・阿尤布，陕西大荔（一说泾阳）人。早年加入清军，同治元年（1862年）利用陕甘回民之乱起事。他善于设伏，曾多次挫败清军，尤其憎恨汉人，转战中常对汉民村庄烧杀抢掠，在陕西、甘肃屠戮汉民难计其数，欠下累累血债，造成了极大破坏。后在左宗棠不依不饶的讨伐下窜入新疆，与中亚军阀阿古柏联手作恶，屡次被左宗棠军击败，最终和阿古柏之子伯克胡里一道率余部逃入已被俄罗斯占领统治的中亚境内，后老死于俄境，这支陕西回民残匪的后人成为东干人，至今仍生活在吉尔吉斯斯坦、哈萨克斯坦境内，已繁衍至十万余人。
