转录组测序，那么多差异基因应该怎么筛选❓
下辈子做只猪
2025-11-27 17:19:32
测序结果返回后筛选差异基因的详细流程看以上图片中的总结哦～[棒R]
🌟大致流程包括：
➡️1、实验设计
对照组和实验组各三个重复（细胞或动物）
送公司做转录组测序（细胞沉淀用Trizol重悬，不建议自己提取RNA）
➡️2、公司做样本鉴定，质控鉴定，测序，分析结果
公司鉴定标本是否合格，检测基因表达情况，最终给出数据，给出分析结果
➡️3、数据处理
拿到结果开始筛选，进一步处理数据（看图片中的详细流程❗️）
对差异基因数据Excel表进行预处理，筛除“无效基因”
➡️4、第一轮筛选
根据FC值、p值、FDR值筛选出差异较大的基因，筛选范围可适当扩大
➡️5、第二轮筛选
根据GO、KEGG等功能富集分析筛选强相关通路涉及基因（建议根据实验表型筛选可能的相关通路）
➡️6、第三轮筛选
结合公共数据库，例如：coremine medical，查找与实验表型或筛选出的通路有关的基因，寻找有交集的基因
➡️7、其他筛选
文献挖掘（Pubmed、GeneCards）寻找与表型相关基因；CTD数据库的使用
此时建议候选基因为5个以上，不超10个‼️
➡️8、第四轮筛选
湿实验初步验证，qPCR验证测序结果，差异基因趋势，排除无趋势的和趋势不明显的
➡️9、第五轮筛选
进一步验证，采用WB实验检测蛋白水平有无差异❓蛋白有明显差异，再根据文献调研，即可确定最终靶蛋白❗️
确认靶蛋白后，接下来就能开始做功能实验➕阐明机制啦，功能是最重要的，有明显的表型，功能变化再做下一步～功能实验也可以做很多
接下来的具体课题走向，之后整理一个详细的思路给大家[捂嘴笑R]
0
阅读：0
