当年秦始皇一心想要长生，寻药制丹，最大的一次寻找仙药行动便是派徐福出海。然而，徐福去了哪里找仙药，多数人都认为他去的地方就是今天的日本，甚至有人提出，徐福到日本后建立了日本王朝，徐福就是神武天皇；当然，也有一些学者对此说法提出质疑。

据《史记·淮南衡山列传》中的记载："徐福得平原广泽，止王不来。"如果是这样，徐福登陆的地方就应该是平原。日本是一个由本州、九州、四国与北海道四个大岛和一干小岛组成，有24%的面积为平原。除日本列岛外，其它岛屿没有与“平原广泽”这一地理特征相符的。

在《三国志·吴书·吴主传》中也有记载：“长老传言秦始皇遣方士徐福将童男女数千人入海，求蓬莱神山及仙药，止此洲不还。”《后汉书》中，把徐福入海求仙事件附在倭国之后。五代时期义楚和尚所写《义楚六贴》中提到：“日本亦名倭国，在东海中，秦时，徐福将五百童男，五百童女止此国。” 在日本也有《神皇正统记》、《林罗山文集》、《异称日本传》、《同文通考》等不少史料记述徐福到日本的事迹。

在日本民间，徐福被尊称为农神、蚕桑神、医药神。还一些日本人认为自己是徐福的后裔，他们的根据是：在日语中，秦与羽田的发音相同。日本前首相羽田孜就称自己是徐福的后裔。他说：“我是秦人的后裔，我的姓在很早以前写作“秦”，我当首相时，考古学家和历史学家对我的家族进行了调查，并在祖墓碑上发现了“秦”字。”

有些学者却不这么认为，认为徐福东渡日本只是传说，并没有实证。日本古文献中记载有关徐福的以《神皇正统记》为最早，其它大约是十七八世纪的记载，是受了宋元以来中国文献的影响。隋唐时期，日本与中国交往是最频繁的时期，可是，在文献之中很难找到“徐福”的字样。还有学者认为，徐福东渡去的是美洲，因为东渡的时间与美洲玛雅文明的兴起吻合。台湾学者卫聚贤在《中国人发现美洲》考证，美洲特产四十多种动植物矿产为先秦人民所知。卫聚贤认为哥伦布在发现美洲之前，已有中国人到过美洲，故徐福后来很有可能东渡美洲。吴人《外国图》指出“亶洲去琅琊万里”，根据距离分析根本不是日本，而是美洲。最早记述倭国的《后汉书》是把亶洲与日本区别开来的。"亶"字有大岛的涵义，美洲大陆像"亶"字。故以字形命名。现在檀香山还遗有带有中国篆书刻字的方形岩石，旧金山附近也有刻存中国篆文的古箭等文物出土，所有这些都是徐福东渡美洲的明证。

关于秦始皇派徐福海外求仙药的事，也被提出质疑，有一些人认为，以秦始皇的雄才大略，绝不会轻信长生仙药的话，他派徐福出海，可能是去海外探索的。《吕氏春秋·为欲篇》指出了秦国统治者的理想：“北至大夏，南至北户，西至三危，东至扶木，不敢乱矣。”“扶木”就是“扶桑”，即后来所说的日本。秦始皇派徐福等入海寻找三神山，决不是单纯为了采神药，而是为了把东方疆土开拓至日本。

秦始皇在统一天下后的十二年里，四次到东方沿海巡视，说明他对东方诸岛的极大兴趣。有学者提出：始皇东巡的目的就是想向东扩展至扶木，徐福东渡就是探路。秦始皇曾琅琊刻石中说："西涉流沙，南尽北户。东有东海，北过大夏，人迹所至，无不臣者。"从中可以看出，秦始皇早有吞并日本之意。

说了徐福东渡的原因，还有一个问题，船队从哪里启航的，有人认为是河北盐山县出海的，之所以这么说，是因为，至今犹存的古秦台旧址就是见证。公元前219年(秦始皇二十八年)，秦始皇东巡至琅琊，徐福第一次请求入海。因入海地点选择不当，中途受阻而归。公元前210年(秦始皇三十七年)，秦始皇再次来到琅琊，徐福请求再次入海。他根据秦始皇的旨意，更换了出海地点，在原齐国旧地饶安(今盐山县旧县镇)，经无棣沟入海。这次东渡到达日本一直未归。

还有人认为最有可能是在琅琊出海。秦始皇巡视天下曾三此去琅琊，两次召见徐福。其出海准备工作和入海地点自然就是琅琊。司马迁的《史记》明确的指出，秦始皇与徐福自琅琊启航北上，绕成山至之罘，射杀一巨鱼后，秦始皇返回至平原津而病，不日逝世。而徐福则自之罘射巨鱼后即远航异域，从中可以看到，徐福船队的启航港应是琅琊港。

秦始皇派徐福出海这件事谜团重重，只能等以后随着历史的发掘和技术的进步来揭开了。