提起收复台湾的民族英雄郑成功在中国可谓家喻户晓，可再大的英雄也是从哇哇乱哭的婴儿成长起来的。郑成功在很多人心目中可能只是历史教科书上的一个样板人物，然而在当年郑成功也和普通人一样是有血有肉活生生的人。郑成功并不是生来就命中注定会成为民族英雄的。郑成功之所以会成为英雄其实有着他自己的心路成长历程。郑成功的传奇在某种程度上要从他的父亲郑芝龙说起。

郑芝龙是福建泉州南安石井镇人。他早年曾在荷兰舰队中担任通事（翻译）。当时的荷兰人做梦也不会想到正是这个郑芝龙和他的儿子郑成功一手颠覆了荷兰在东亚海域的霸权。当时的荷兰拥有一支比葡萄牙、西班牙、法兰西、英格兰、苏格兰和德意志诸国加起来更为庞大的舰队。郑芝龙在荷兰舰队担任通事期间主要有两大收获：一是学会了荷兰语、葡萄牙语、西班牙语、日语、卢西塔尼亚语五种外语，二是知道了西方人是如何航海经商的。

能熟练使用多种语言便利了郑芝龙与外商的交流，航海经商的经验则为他日后的崛起壮大埋下了伏笔。天启三年（1623年）郑芝龙远赴日本长崎投奔当地的华人领袖李旦。李旦把自己手下一支从事海外贸易船队交给了郑芝龙打理。数年之间郑芝龙就建立起了一个庞大的“商业-军事复合体”：郑芝龙的船队既经营海外贸易，同时也是一支不容忽视的海上武装力量。横行于世界海洋的荷兰舰队在遇到郑芝龙舰队后才算是遇到了真正的对手。

郑芝龙牢牢控制着北至日本、南至今天的新加坡、西至印度洋的航线。他的舰队规模一度达到三千艘之多。世人皆知郑成功从荷兰人手中收复台湾，殊不知早在荷兰人到来以前郑芝龙就在台湾建立了根据地。其实早在郑芝龙之前颜思齐、李旦等人已对台湾进行了一定的开发建设。天启五年（1625年）颜思齐、李旦这两大华商领袖去世后他们留在台湾的基地就由郑芝龙所继承。郑芝龙以台湾为大本营招兵买马：他与17个闽南海上豪强结拜为“十八芝”。

“十八芝”其实就是18支武装船队的先锋首领。郑芝龙效仿明朝制度在台湾设官建制，从而在事实上形成了台湾第一任政府。郑芝龙屯兵台湾、经营海上、纵横闽粤，一时间福建沿海地区大批民众投奔而来。郑芝龙在台湾的大本营很快就达到了“聚艇数百、聚徒数万”的规模。一个以汉人为主的政权雏形就此在台湾出现。这时台湾南部已形成了众多闽粤海上武装集团屯聚基地。这些海上武装既是商人又是海盗。

这些人既从事合法的贸易也参与非法的走私劫掠。因此这些人在明朝政府眼中是一支不受自己控制的力量。颜思齐、郑芝龙以台湾为基地发展海上武装促使明朝官方对台湾的战略地位越发重视起来。至少从明朝中叶起朝廷已将台湾视为大陆沿海漳泉一带的重要门户，同时也是东南海防的最前线。朝廷曾先后三次派兵深入台湾追剿海盗集团。福建巡抚黄承玄在《题琉球咨报倭情疏》及《条陈海防事宜疏》等奏折中也一再强调台澎地位之重要。《题琉球咨报倭情疏》说：“看得倭酋狡谋非一日矣。服中山以为役、饵吾民以为用、市吾舟以为资，包藏祸心，由来有渐；而荐食上国，羽翼既成。故臣自入闽受事以来，夙夜拮据，无日不讨军寔而申儆之。盖逆知豺狼之不可迩、而宴安之不可怀也。今果以协取鸡笼见告矣。夫倭岂真有利于鸡笼哉？其地荒落，其人鹿豕，夫宁有子女玉帛可中倭之欲也者？而顾耽耽何之也？盖往者倭虽深入，然主客劳逸之势与我不敌也。今鸡笼实逼我东鄙，距汛地仅数更水程，鸡笼在琉球之南，东番诸山在鸡笼之南，倭若得此，而益旁收东番诸山以固其巢穴，然后蹈瑕伺间，惟所欲为，指台礵以犯福宁，则闽之上游危。越东涌以趋五虎，则闽之门户危。薄彭湖以瞷泉漳，则闽之右臂危。即吾幸有备无可乘也。海寇入犯非其得已，其意本欲通市，彼且挟互市以要我，或介吾濒海奸民以耳目我，彼为主而我为客，彼反逸而我反劳。彼进可以攻，退可以守；而我无处非受敌之地、无日非防汛之时。此岂惟八闽患之，两浙之间，恐未得安枕而卧也。及查倭之入闽，必借径取水于南麂而后分舟宗南发。西北风则径指鸡笼诸岛，东北风则虑右突福宁。故南麂实上游之要冲。前抚臣金学会曾请改设副总兵于此，如南澚故事，诚见及此也。若过南麂，直下猎外洋以趋鸡笼。则我台礵东澚之哨或远不及侦。即侦及之，而一哨船兵势难望番远蹑。又不敢轻撤烽火嵛埕诸哨，舍门户而预逆之藩篱也。闻警之后，臣业檄南中二路，各借调十舟协防北路，而复移咨浙抚，亟督温处将领，设备南麂。但隔省望援，一时未能使臂；而千里征发，往返未必如期，容再伺其缓急，以为之备耳。若夫琉球之告，有谓借以相恐吓者，有谓假以温贡道者，又有谓中山不能自专、直狡倭遣以窥我虚实者，臣不能逆睹，抑不必深求。总之倭必不能一日忘我，毋问属夷之告不告也。我必不可一日忘备，毋问倭夷之来不来也。”《条陈海防事宜疏》认为“臣惟各省海防，独闽为最急；而各省武备，则独闽为最弛。臣自入疆以来，即不胜过计，欲及是时，一振刷之，而倭警已至矣。今虽仰仗天威，小丑潜遁。顾狼心未厌，难忘绸户之谋。虎视方耽，应抱处堂之虑。则夫慎守其一，而备其不虞，诚疆场所当亟讲者也。谨条为八欵，据实上闻，乞敕下兵部，复议上请，着实举行。计开一饬寨游以定经制、福建海防。萦纡二千余里。初设五寨。后添五游。今复益其二。制亦綦密矣。乃一遇小警。皇皇焉若不足恃者何也。闻之陆贽云：兵以气胜，为用者也。气聚则盛。散则销。势合则威。分则弱。故前抚臣谭纶、镇臣戚继光、经画水寨之制：每寨必结聚二舟宗。每舟宗必上扼外险。盖合大舟宗则兵力自倍。扼外险则门户自固。据上游则建瓴之势自便。其制不可易也。迨后增设五游。以寨为正兵。以游为奇兵。寨屯于游之内。游廵于寨之中。盖寨藉游以共声其援。非得游而可互卸其责也。乃今日之事有大谬不然者，寨既渐移内澚，尽非建置之初，游亦画守疆隅，全失立名之义。且向止五寨。犹必合为二舟宗。今加七游复各分为四哨。舟宗零则气弱。备多则力分。且散泊便于偷安。哨近易于影射。此皆近日之陋规也。今合参考前摹，仍复旧制，寨兵必令合舟宗据险。游兵必令隔哨互援。小敌则一军当之。大敌则并力犄之。在上风者追之必穷所往。在下风者邀之使无所逃。庶寨游之设可收实效乎？或谓防倭利于合，防贼利于分。汛时专主防倭，应于上游合舟宗，汛后专主防贼。不妨便宜分布。此则在事将领，自可随时变通，要以分而合之则难，合而分之则易，故分之总不如合也。至于寨游统制疏密之宜，尚有未尽善者，小埕近连省城而远隶北路，其事非便也，请改属于标游，而节制易矣。嵛山仅烽火寨一哨，地又非极冲，而特设一游，为烽火卸责，其制非宜也。请裁其十二船为北路标船，余船改为礵山游、兼哨马砌芙蓉等处，而设险均矣，海坛游。海坛游是许敬斋先生作抚时所立，亦南日寨一哨地，地非寥远。而设以多船，守以钦总，且南日既哨苦屿苏澚，而该游驻札炼东出守塩埕东庠之船，不能越苦屿而飞渡，又不能舍苏澚以他泊，其设非均也，合裁其十船为总镇标船，责守东西二路，而并裁钦总，改设于浯铜，另立一名色把总管领其事，仍割南日之苦屿改入海坛，就近汛守，而并听节制于标游，盖海坛专蔽福清。南日全障兴化，而守御专矣。又湄洲游亦系南日中汛地，前以一哨守之，不见其不足；今以一游守之，不见其有余。南日既上分苦屿一哨归海坛，则下有余力，合径裁去湄洲一游，以十船协南日海坛分哨信地，以余船改为中路标船，内则分守三江门户，外则周游一路要冲，庶缓急得宜乎？一设标游以备策应、夫用兵之法，有正兵、有奇兵、有应兵。今者议复寨游旧制，奇正之用得矣，惟是营寨相距、每数百里而遥、其地各有专司、其力仅能自保，若寇合舟宗突犯，则众寡有不敌之形。分舟宗四窥，则彼此无相顾之势。以故各路将领，动请增兵增船。顾多增则势有不能。少增则于事无益，纵无所不增，犹之无所不寡耳。计莫如另设游兵一枝，往来策应，使沿海常余一游之师以待其急。而随处得借一游之势以壮其援。此今日万全之备也。查得此中原有北标左翼二游。至二十五年前抚臣金学曾复题设应援一枝，为船四十，为兵三千，此闽中往例也。又查得浙江二十九年，题设洋游舟师三千，以两游击分统，此邻省近例也。闽省业已裁革，而浙省见在遵行，乃今日闽中事势，较之有更急者。臣不敢厚援浙中之例，亦不敢求复往日之规，但请增水兵千名、战船二十四艘、略仿洋游之制，仍系标游之名，汛期则分游南北，遍历寨游。汛毕则收入南台。时加操练。闻调即发，遇警即援。合舟宗而行。可张寨游之声势。遇哨而会。可鼓将卒之偷安。乃请于标下增设游击一员领之、以见在游击专管陆营、以新设游击、专统舟师、而小埕海坛二寨游、俱听其节制，庶几全省相应，势同率然，卒有不虞，可恃以无恐乎？至于近日所复标游十船，原非初制，不过量割台山埕南之船，以为省城门户计耳。顾内之澚港未易绸缪。而外之汛地率多推诿，不如径改为五虎游专责守石以外至五虎门一带，亦付水标游击领之。其自石以内另设一营，半水半陆，使二哨以舟师巡游内洋。二哨以陆兵扼塞澚港。俱付陆标游击领之。舟不必另造，取之没官之船。兵不必他求。取之营伍之选。如是而内地之缓急有赖矣。一重要防以杜窥伺、闽海中绝岛以数十计、而彭湖最大。设防诸岛以十余计。而彭湖最险远。其地内直漳泉，外邻东番。环山而列者三十六岛，其中可容千艘，其口不得方舟。我据之可以制倭，倭据之亦得以制我。此兵法所谓必争之地也。往年平酋作难、有谋犯鸡笼淡水之耗、当事者始建议戍之，镇以二游，列以四十艘，屯以千六百余兵，而今裁其大半矣。一旅偏师，穷荒远戍，居常则内外辽绝，声息不得相通；遇敌则众寡莫支，应援不得相及。以故守其地者往往畏途视之，后汛而往，先汛而归，至有以风潮不顺为辞而偷泊别澚者、则有守之名，无守之实矣。鸡笼地属东番，倭既狡焉思逞。则此彭湖一岛，正其所垂涎者。万一乘我之隙，据而有之，彼进可分道内讧，退可结巢假息。全闽其得安枕乎？近有议设参将以镇守者，有议添设一游互相救援者，臣以为皆不必也。彭湖之险，患在寡援。而浯铜一游，实与彭湖东西对峙。地分为二，则秦越相视，事联为一，则唇齿相依。今合以彭湖并隶浯铜。改为浯彭游。请设钦依把总一员，专一面而兼统焉。浯铜原设二十二船，彭湖原设十六船，邻寨协守四船，今议再添造一十二船，增兵四百名，俱统之于钦总，而另设协总二人，一领二十舟，札守彭湖，一领十二舟，往来巡哨，遇有警息，表里应援，臂指之势既联，犄角之功可奏矣。夫浯铜系漳泉门户，彭湖为列郡籓篱，今一设重镇，而有虎豹在山之形。一得内援，而无蛇豕荐食之患。其便一也。顷者越贩奸民，往往托引东番，输货日本。今增防设备，扼要诘奸。重门之柝既严，一苇之航可察。其便二也。兹岛故称沃野，向者委而弃之，不无遗利之惜。今若令该总率舟师屯种其间，且耕且守，将数年以后，胥原有积仓之富，而三单无糇粮之虞。其便三也。至于濒海之民以渔为业。其采捕于彭湖北港之间者，岁无虑数十百艘。倭若夺而驾之，则踪影可混。我若好而抚之，则喙息可闻。此不可任其自为出没者。宜并令该总、会同有司。联以什伍、结以恩义、约以号帜、无警听其合舟宗佃渔、有警令其举号飞报、则惟耳目有寄，抑且声势愈张。兹险之设，永为海上干城矣。一饬战舰以备冲犂。夫海上之战，先鬪船、次鬪器与人、无船则人与器皆无所用之矣。乃今日造船之弊有不可胜言者，兵方倚船为命。而官胥匠役且倚船为家。出之帑者十，而用之船者五。且费不时给，役不预鸠。料不必中程，工不必中度。及仓皇无措，则又科贴众兵。至科之兵而亦不必用之船也。积弊至此，求船之实用。得乎？船不可用，求兵之出洋得乎？幸而海不扬波，泄泄偷安者二十余载。而今当其穷矣。可复因循旧辙不破格一更新之乎？为今之计，一曰缩汛当议也。约法、每船限十二汛而准拆造、未满汛而敝者，照汛于各兵扣赔，今之船自七八汛以外，皆成虚具矣。此不敢暂试风涛，况望其效冲犂之用乎？乃官拘于成例，兵惮于赔汛，苟延岁月，隐澚偷安，计每寨四十余船，实不得二十船之用。则千余兵而不得五六百兵之用矣。图省一船数十金之费，而致虚糜二三百金之兵饷，岂不以小失大耶？且迩来将领每以船多兵少为辞。则何不缩其汛而量减其船，免其赔而量增其值？减一船而得九船之用，减一船之兵益之九船而九船咸得其济。不尤为两便耶？今请将各寨游船只，不论年汛久近，但有不堪出洋者，尽行改造，暂免赔汛。要自今日鼎新之会，即为各路更始之初。自此以后，断以十汛为期。有不及格者，仍得以赔汛之例绳之矣。一曰估费当宽也。昔刘晏之造船，计其公并计其私，曰去半焉，犹得坚船，此知与之为取也。今不问时有贵贱、地有远近、价有官民、既以成例格之，夫上吝其直，下吝其材，所啬者正足相当，而所损者乃在公事，亦何利之有焉？一曰责任当专也。向来汛船，造于各路者，有海防佐领监之；造于省河者，则一听他人之为政焉。文吏非用船之人则得置身于利害之外，将领无专造之责则得置身于功罪之外。徒使经历数手，侵渔百端，多一受事之人，即多一染指之弊。增一防奸之寄，反增一卸过之门。盖今日阃外之事，往往如此。今请以其责专属路将，凡鸠工庀材，赋庸受直。悉听路将与总哨捕盗自为之谋。而有司自省成外。一切勿掣其肘。如是而犹有不可战之船。则臣得执而问之矣。一恤水兵以起凋敝。夫闽海之御倭，其用则水兵急而陆兵缓。其事则陆兵逸而水兵劳。乃其饷则陆兵厚而水兵独薄。彼其出没波涛之中，身试鲸觬之窟，即使尽沾实惠，尚虑勇壮者褁足不前也。乃见面有例、公费有例、赔汛有例，又代为称贷息、扣偿月饷、所余十不得其三四，且近年有免汰减饷之议、收汛又既啬其一钱，彼又何苦以躯命所博之微饷，徒为债帅充囊，债主生利哉？老弱者计无复之，姑寄粮糊口，壮勇者势不能忍，有相率掉臂而去耳，乃总哨捕盗、复通同隐匿、既避逃伍之罚。又冐悬额之粮。是免汰之说徒割见在之食以饱虚冐之腹也。吾方虑无饷之兵，难与救死。而彼且利无兵之饷，可以自肥。大非立法初意矣。请自今挑选之后，仍复其原饷九钱，而每次汛毕，不妨仍核其懦怯者而简汰之，第向之汰。惟其数不惟其人。今之汰，惟其人不惟其数。盖与其啬于给饷。而宽于冐饷。固不如丰于养士。而严于选士也。顾饷增矣。而不严禁掊克、则所谓九钱者犹委之溪壑耳、欲严掊克之禁、当清科派之源、向来锢弊、难以尽举、即一哨官之补，而费以百计。一色总之补，而费以数百计。此非事科敛，将焉取之？况染指一尝，扬眉难冀，即有不法，谁能过而问焉？故今日一切陋规，必大将谢绝不行。而后路将以下可禁也。必路将防馆谢绝不行。而后总哨以下可禁也。一严巡督以鼓偷惰。昔人云：致勇有术，致勇莫善乎倡，未有已安于帷幄之中、而可责人以犯风涛之险者也。国家沿海列职、文武相制，全省则镇臣统督而抚臣监之，诸路则参游统督而道臣监之，寨游则把总统督而海防官监之，各分其责而亦递相为制，总非无事之官也。乃承平二十年以来，恬嬉成习、偷惰成风、由上及下，鲜有不溺其职者。以总镇言之，向者屯札镇东，为急漳泉耳。今倭寇要冲，首在北路。而大将坐镇，反居下游。不但逆风苦转戗之难。抑且长鞭无及腹之势矣。以路将言之，移札信地，非不勉循故事也。而智昏于程席之交、舌翕于汛例之入、往来似同于收责，上下竟归于共眠矣。以海防官言之，督汛散粮，非不犹存虚名也，一欵宴而陋规相沿。一祭河而故事已了。胥徒鼓腹而属厌。利弊充耳而罔闻矣。至于各道分一而提衡则地有专属。巡海奉简书以从事。则职有专司。乃迩来视师之规遂成希觏之典。总哨以下，又何责焉？今欲收防海之效，非兵尽出洋不可。欲兵尽出洋，非将领躬率不可。欲将领出洋，非院镇道馆亲督不可。请严旨申饬，先自臣始，每汛视敌之要冲。或将之少弱者，单骑巡行，不时督阅，以为列职之倡。各驻札道。则汛前十日亲历海口，简阅舟师，核散粮饷。汛内五月，早暮督察，精神无弗周也。巡海道则往来沿海上下督巡，总诸路之纲维，核将领之勤怠，阅历无弗遍也。各海防馆则同寨游把总一体出洋。无事戒其偷安，遇警鼓其敌忾，有功为之纪录，有过为之核查，须臾无相离也。此皆文吏之责也。总镇则往来镇东定海。随在督师。或亲驭楼船，当机应变。毋仍一隅之株守也。路将则躬驾标船，遍历游寨。每视风汛南北，各期会于岛屿之间，毋仍信地之自画也。各寨游把总，则身先出海，远据要冲。时时存待战之心，人人励敢战之气。毋仍内港之偷安也。凡此皆武臣之责也。一议征军以收实用。旧例每汛舟师出洋，以额兵不足驾用，故于沿海各卫所军丁，选其惯海者助之，谓之贴驾征军。大约一舟之中，兵居其十，军居其五。月粮之外，优以行粮。所赖以同舟共济，非苟取备数已也。乃卫所各官，往往因之为利，有力者买闲，老弱者应役，非不严行申饬，而积玩相因，终成虚应、如有缓急、将焉赖之？近各处借口增兵，纷纷见告。有谓其骇浪而面若死灰，见敌而隐匿重板。无望同仇之助，反为先奔之倡者，夫有军而不得军之用，犹可言也；有军而反受军之累，此可不亟为之图乎？近该道有扣征军月粮，为另募民兵之议。是不可酌而行之乎？或谓各卫所征军，有惯海精壮，胜于募兵者，不可更也。则何妨择其堪驾者仍之，而不堪驾者易之乎？或又谓乌合之兵，旋募旋汰，犹之乎不习也。然暂募之壮兵，不犹胜暂役之弱军乎？且一汛之内，勇怯已试。额兵之懦弱者可汰。而新募之惯勇者可留也。是又不可通融乎？今计征军每月共行月粮八钱。视汛兵之饷。所少仅一钱耳。查两汛之期。不满五月。而征军自汛前佥解。至汛毕撤归。常余半岁之役。今若扣其半岁之食以食二汛之兵。当不患饷之不足矣。”

明朝万历末年已有官员提出在台湾驻兵屯垦实行管理及设置郡县的计划。明万历四十五年（1617年）八月至明万历四十六年（1618年）九月间漳浦（今属福建漳州）籍的明朝水师军官赵秉鉴（又名赵若思）在台湾筑城“赤勘”（今属台南）。赵秉鉴以明朝军官身份筑城赤勘之举表明中国军方早在万历四十六年（1618年）之前就已在台湾岛设置了城堡。这实际上也代表着中国政府的管辖权已正式及于台湾岛。

早在荷兰人到来之前颜思齐、郑芝龙、赵秉鉴等人早已对台湾进行了开发建设。历史事实无比清晰地证明是中国人最早开拓建设了台湾，因此台湾自古以来就是中国的神圣领土。崇祯元年（1628年）郑芝龙正式接受明王朝的招抚。崇祯五年（1632年）九月海盗刘香率数千人、一百七十艘船劫掠福建。此时已接受明朝招安的郑芝龙以明朝将领的身份出兵抵御。当时刘香的船上装备有红夷大炮十多门。

郑芝龙则率精兵三千、战舰四十、火铳五百门迎战并最终迫使刘香遁走。崇祯六年（1633年）10月22日，身为明朝将领的郑芝龙又在位于金门东南海岸的料罗湾与荷兰海军交锋。此战中荷兰人与海盗刘香的联合舰队损失50艘战船、被俘百余人。料罗湾海战后郑芝龙乘胜追击，将荷兰舰队逐出中国沿海。崇祯八年（1635年）郑芝龙与刘香在广岛海域决战并取得决定性胜利。郑芝龙在此战中一举歼灭刘香舰队，刘香本人也在此战中自尽身亡。

崇祯十二年（1639年），9艘荷兰战舰再次侵袭中国沿海，郑芝龙舰队以火船及携带火药筒的水手击沉其中5艘。至此郑芝龙完全掌握了南中国海的制海权：任何船只要通过南中国海域必须事先取得郑家授予的令旗，否则就会遭遇迎头痛击。郑家本质上是一个兼具军事和商业职能的海商-军事复合体集团。正是凭借强大的军力作为支撑使郑芝龙得以垄断占城、吕宋、北港、平户、长崎、孟买、万丹、旧港、马六甲、柬埔寨、暹罗等地的贸易。

郑芝龙

此时郑家旗下已拥有包括汉人、日本人、李朝人、越南人乃至非洲黑人各不同种族的士兵二万人，拥有超过三千艘大小舰船组成的舰队。郑芝龙在势力发展壮大的同时也解决自己的终身大事：天启三年（1623年）郑芝龙到日本做贸易时与当地女子田川氏结为夫妻。天启四年七月十五（1624年8月28日），郑芝龙的长子郑成功出生于日本肥前国平户岛上的川内浦千里滨。

顺治元年（1644年）闯王李自成攻破北京、崇祯帝自缢于煤山，随后山海关总兵吴三桂引清军入关击败李自成。明朝遗臣在南京拥立福王朱由崧建立了南明弘光政权。顺治二年（1645年）五月十五日清军南下攻破扬州、攻占南京。弘光帝朱由崧被清军俘获后惨遭杀害。弘光政权灭亡后明福建巡抚张肯堂、礼部尚书黄道周、南安伯郑芝龙、靖虏伯郑鸿逵等人拥戴唐王朱聿键在福州称帝，改元隆武。手握重兵的郑芝龙成为了南明隆武政权所依赖的主要军事力量。

郑芝龙从他个人的角度看是一个从小人物白手起家的励志典型，然而郑芝龙在政治上却是一个只关心自己利益的投机者。崛起于海上的郑芝龙本就对明王朝没多少忠诚度可言。在天下巨变之时郑芝龙并没守护大明江山社稷的决心——事实上他更多还是想的如何保住自己的家业和政治待遇。当年降明就是郑芝龙的一次成功的政治投机，而当清军大举南下时郑芝龙又想故技重施再次投机。

郑芝龙开始与清廷就自己降清后的待遇条件开始秘密谈判。郑芝龙与清廷的接触在郑氏家族内部遭到了儿子郑成功、弟弟郑鸿逵等人的反对，然而郑芝龙无视这些人的反对意见执意北上降清。郑芝龙降清后郑成功、郑鸿逵等人带着一部分郑氏旧部继续在东南沿海坚持抗清斗争。郑芝龙降清时并没将他的海上武装势力全交给清政府，而是交给了自己不愿投降的儿子郑成功。郑成功从父亲手中继承的旧部实际上是当时东亚最强大的海军力量。

顺治十八年（1661年）郑成功就是靠着这样一支强大的海上武装力量从荷兰殖民者手中收复了台湾。郑芝龙降清后被执送京师编入汉军正红旗。顺治五年（1648年）八月清廷封郑芝龙为一等精奇尼哈番。顺治十年（1653年）五月又晋封他为同安侯。清廷想利用郑芝龙作为人质招降郑成功，但郑成功却一门心思抗清矢志不渝。清廷见郑芝龙已失去利用价值就于顺治十八年（1661年）十月初三将郑芝龙及其亲族斩杀于北京菜市口。