昌吉回族自治州古称“仰吉八里”，意为新城。“昌吉”本为“仰吉”之转音，原系突厥语，涵义是“新”的意思。以下是昌吉州下辖县区的古称及历史信息：
昌吉市
昌吉市在西汉时为山北六国中劫国地，晋属高车，北魏属柔然，北周属突厥，隋为西突厥铁勒部，唐为北庭大都护府所辖，宋为高昌国，元属别失八里，明代为瓦剌的牧地，明末清初为准噶尔部游牧地。清乾隆二十七年（1762年）筑宁边城，设巡检。乾隆三十八年（1773年）置昌吉县，属甘肃镇西府，辖区范围为今昌吉市和呼图壁县。光绪十三年（1887年）属迪化府。
奇台县
奇台县在新石器时代已有人类活动。西汉前期，南北匈奴各部落控制着西域，西汉王朝设置西域都护府后曾一度统辖天山以北的乌孙和天山以南的于阗等地。清乾隆二十四年（1759年），清政府平定准噶尔部后，在东吉尔玛台（今东城镇）建奇台堡，设管粮巡检一员。乾隆三十八年（1773年），设奇台县，隶属巴里坤镇西府。光绪十五年（1889年），清政府设奇台县隶属迪化府。
吉木萨尔县
吉木萨尔历史上地名多次更改，曾有汉语的“金满城”、突厥语的“别失八里”、引自梵语的“可汗浮图城”等称呼。东汉派戊尉耿恭统领数百人屯田于今吉木萨尔县北庭故城。唐贞观十四年（640年），唐政府在今吉木萨尔县境内设立庭州。唐长安二年（702年），在庭州基础上置北庭大都护府，府治北庭城（金满城），统天山以北诸游牧部落。清乾隆设济木萨巡检，清光绪重建恺安城，改名孚远城。1952年，孚远县更名为吉木萨尔县。
阜康市
阜康市历史悠久，早在汉唐时期，就是丝绸之路新北道的重要驿站。唐代属庭州蒲类县，是北庭都护府的辖地。清乾隆四十一年（1776年）建县，取“物阜民康”之意，定名阜康，属迪化府。
呼图壁县
呼图壁，在历史上曾有“景化”等称呼。清乾隆二十七年（1762年），清政府开始在呼图壁筑城驻军，乾隆三十八年（1773年），属昌吉县，当时的昌吉县辖区范围包括今昌吉市和呼图壁县。光绪十二年（1886年），设呼图壁巡检，隶属迪化府昌吉县。民国七年（1918年），呼图壁县分设，属迪化道管辖。
玛纳斯县
玛纳斯县旧称绥来县。西汉神爵二年（公元前60年），属西域都护府管辖。唐显庆三年（658年），属昆陵都护府管辖。清乾隆二十七年（1762年），开始在玛纳斯筑城，乾隆四十三年（1778年），置绥来县，属迪化府。1954年，绥来县改称玛纳斯县。
木垒哈萨克自治县
木垒，似为蒲类的音转，一说系蒙古语“马”“大草原”或“弯曲的河流”之意。西汉时期，木垒属蒲类后国，归西域都护管辖。唐代，木垒属蒲类县，归庭州管辖。清康熙五十七年（1718年）从今巴里坤至木垒沿途修筑城堡。雍正十三年（1735年），清政府定名木垒为“穆垒”，后又改为木垒。民国六年（1917年）设木垒河县佐。民国十九年（1930年），木垒升格为县。1954年，木垒哈萨克自治县正式成立。
昌吉州及下辖县区的古称反映了其在不同历史时期的政治、经济、文化等方面的发展和变迁，见证了这片土地上各民族的交流、融合与发展，是研究中国边疆历史和文化的重要组成部分。
