袁世凯虽然是靠着编练北洋新军一路发迹的，但他身为淮军旁支却能够被慈禧太后、荣禄等满清权贵信赖而手握兵权，不得不说与他在“戊戌政变”时出卖维新派有很大关系。1898年谭嗣同等“戊戌六君子”喋血菜场口后的第二年，清廷论功行赏，40岁的袁世凯被调往山东署理巡抚，后来被正式任命巡抚，平生第一次成为封疆大吏。

袁世凯新军进驻山东，遏制外国侵略

早在袁世凯在天津小站练兵开始，其率领的武卫右军就是清末新军中最先进的。因为当时的武卫军前、后、左、右四军中，聂士成的前军沿用淮军旧制，董福祥的后军和宋庆的左军则完全是勇营旧规。而袁世凯的右军则完全采用德国军队的编制和训练方法，装备也是最精良的，除了1895年生产、能够发射发射无烟火药弹的新式步枪，还拥有最新式的格鲁森57毫米山炮和克虏伯75毫米野炮。

袁世凯赴任山东的同时，德国霸占了胶州湾，并妄图控制整个山东；为了抵抗德国侵略，山东各地百姓纷纷参加义和团，与传教士和教民频频发生冲突。为此，袁世凯这支装备精良的武卫右军也移防山东，当时在山东尚有旧式勇营34队，袁世凯奏报清廷后对勇营进行整编，裁强留弱，按照新军营制，改编为武卫右军先锋队20营，驻防济南，作为武卫右军的后盾。面对袁世凯的强大实力，德国人止于保守胶州湾，不再向山东内陆深入。

武力镇压义和团，将其赶至京津

对德国人的侵略，袁世凯只是武力对峙，但对遍及山东全省的义和团，袁世凯却直接挥起了屠刀。袁此前的两任巡抚李秉衡和毓贤，因为自己手里没有军事力量，害怕激起民变，所以只能默许甚至纵容义和团发展，甚至倡言民意可用，刻意诱导其针对洋人。但此番袁世凯则依靠手中的强大武力，开始施以铁腕镇压，令其在山东无法立足，只能逃往直隶、天津、北京一带。

随着义和团在京畿重地的势力不断膨胀，以慈禧太后为首的清廷开始逐渐转变思路，索性支持义和团对抗西方列强的侵略。很快，义和团拳民在朝廷的默许和怂恿下四处围攻使馆、攻打教堂，杀戮洋人和教民，恼羞成怒的各国列强纷纷出兵，组成“八国联军”，从天津各国租界出发向北京进攻。

“八国联军”攻入北京，袁世凯部硕果仅存

在抵抗“八国联军”的过程中，驻扎京津地区的北洋武卫各部新军均遭到了沉重打击。聂士成率武卫前军在天津力战败亡，所部溃散。董福祥的武卫后军，先在北京配合义和团围攻各国使馆所在的东交民巷，后护送慈禧和光绪辗转逃亡西安。《辛丑条约》签订后，该军留归陕甘总督节制，后演化为西北马家军。宋庆的武卫左军则在天津战役中遭到重创，后来只能长期跟随袁世凯的北洋系，充当附庸。

至此，清廷耗尽天下钱粮，精心编练的新军各部中仅有袁世凯武卫右军远远躲在山东，非但毫发无损，其实力还因收编了赴援山东的江南自强军11营马步军而大幅扩充。待“八国联军”撤出北京，慈禧太后和光绪皇帝从西安返回，袁世凯的军事实力已从原武卫右军的7千人，陡增到2万余人，一跃成为华北硕果仅存的清军重兵集团。