根据国共建立抗日统一战线的协定，在编制上，新四军属于第三战区司令长官顾祝同领导。
但是，为了保持独立性，更好地开展抗战工作，新四军事实上听命于延安的中共中央。
1939年底，国民党顽固派发动第一次反共高潮，进攻在华北的八路军和山西新军，进攻失败后，他们又酝酿发动第二次反共高潮。
其重点是企图以突然袭击的方式消灭活跃在大江南北的新四军。
可是，主持新四军工作的中共中央东南局书记项英，没有坚决执行党中央的一系列重要指示，对国民党进攻的严重性估计不足，存在严重的右倾错误，这就使得新四军处于十分危险的地位。
为此，中共中央政治局讨论通过毛泽东5月4日起草的《放手发展抗日力量，抵抗反共顽固派的进攻》的指示。
其中，对项英的错误提出批评：
新四军应当不受国民党的限制，独立自主地放手地扩大军队，坚决地建立根据地，建立共产党领导的抗日统一战线的政权，向一切敌人占领区域发展。
在国民党反共顽固派坚决执行反共政策的时候，应该强调斗争，不应强调统一，否则就会是绝大的错误；而这种斗争，应从“有理、有利、有节”的原则出发。
指示提出：
在国民党统治区域的工作方针应该是“长期埋伏，积蓄力量，以待时机”，要隐蔽精干，反对急性和暴露。
随后，周恩来赶往重庆，处理这些紧急而又棘手的问题。
一到重庆，周恩来先同正在这里的新四军军长叶挺、政治部主任袁国平会面，对新四军今后的发展，作了进一步的指示。
当时，项英和叶挺没有处理好关系，蒋介石方面传出风来，叶挺已经离开新四军，新四军需要整编，并重新委派军长。
周恩来在重庆旧照 图片来自网络
对此，周恩来向叶挺表示，党中央确定他在新四军中的实际地位和职权，请他向蒋介石表示愿回新四军工作，坚决反对蒋介石另外委派。
此外，作为中共中央代表，周恩来还同以蒋介石为首的国民党当局进行正式谈判。
在会见蒋介石时，周恩来说：
“中共诚意抗战并拥护蒋介石，而国民党却在抗战中实行反共溶共剿共，这只能帮助敌伪。所谓中共要举行暴动推翻国民党，完全是造谣。
中共是要发展的，但主要是在敌占区同敌伪争取群众。中共诚意希望合作到底，而有人却想分裂，准备投降。”
蒋介石指出：
“抗战团结都是有决心的，任何困难决不畏惧，国共间的一切问题都可以解决，但军事上必须服从命令。”
周恩来说：
“这要从两方面看，一方面服从，另一方面不应拿命令来胁迫。”
蒋介石则推托说：
“这已是过去的事了。”
谈判过后，周恩来立即向中共中央作了报告。他认为:
蒋介石对国共破裂尚未下最后决心，但投降的危险日益严重。
接着，周恩来同国民党当局的正副参谋总长何应钦、白崇禧进行多次商谈。
在谈及划分作战区域问题时，国民党要求八路军、新四军全都开往原黄河故道北岸，其目的是限制八路军、新四军在敌后的发展，陷入日军的四面包围之中。
7月16日，国民党方面发表“提示案”，要求取消陕甘宁边区，缩编八路军和新四军，并限制其防地。事实上，拒绝了中国共产党提出的各项要求。
于是，在重庆的谈判陷入僵持状态。面对近两个月内遇到的新情况和新问题，7月27日，周恩来坐飞机返回延安，向中共中央汇报。
随后，中共中央举行一系列会议，听取他的报告并进行讨论，突出强调了争取中间势力的问题，对南方局在新环境下的工作起了重要的指导作用。
接着，周恩来返回重庆。9月6日，周恩来、叶剑英急电延安：
确悉，国民党军令部已向第三战区司令长官顾祝同发出“扫荡”长江南北新四军的命令。
当日，中共中央、中央军委即将此情报转发中原局、新四军，并指出：
请叶挺、项英、刘少奇准备自卫行动，“皖南尤须防备”。
除了向中央汇报国民党顽固派的最新动向外，关于国民党统治区的党的工作，周恩来也作出了新的部署，加紧把整个党的组织转入地下。
同时，根据周恩来的提议，南方局设立统一战线工作委员会，董必武任书记，叶剑英任副书记，王梓木任秘书，下分军政、党派、社会、青年、妇女五组。
为了应付可能发生的突然事变，南方局还采取一个重要措施：
在它的领导下，设立两个地域性的工作委员会，使地下党的领导工作同南方局领导的公开合法活动分开。
这两个工作委员会，一个是南方工作委员会，简称南委，管理广东、广西、江西、福建、浙江、香港、澳门等地区的工作，书记是方方，副书记是张文彬。
另一个是西南工作委员会，简称西南工委，管理川东、川康、云南、贵州、鄂西、湖南等地区的工作，书记先是孔原，后是钱瑛，副书记是廖志高。
两个工委的工作，都由周恩来直接领导。
皖南事变之前，周恩来的未雨绸缪，提前采取一系列有效措施，对国民党统治区的党的工作实行了初步转变，党的工作效率也有了很大的提高。
更为重要的是，周恩来的这一系列的工作，使皖南事变突然到来时，各级党组织在精神上、组织上和工作上都已有所准备，大大减少了事变可能带来的巨大损失。
李仙洲旧照 图片来自网络
1940年9月，中共中央再次得到消息：
皖豫交界处李仙洲的3个师，准备东进援助黄桥的韩德勤，有渡河向砀山前进的迹象。
同时，作为总预备队的汤恩伯部，已派出3个团组成3个侦察支队，10月初就要向豫东、皖西的太和、阜阳一带前进。
并且，其主力正在豫西整训，准备东进。
据西安消息，蒋桂军对华中的进攻是有决心的。
9月19日，毛泽东同朱德、王稼祥致电彭德怀等，提出我们的对策是：
以打击李仙洲为目的，望彭德怀、左权令八路军第二纵队司令杨得志率部南下，须于一个半月内到达彭雪枫地区，望陈光、罗荣桓令五旅迅即南下，不可再推迟，应于半个月内到达张爱萍地区。
电报还指出：
望叶挺、项英率部迅即渡江，应于两星期内渡毕，增援皖东。
9月22日，叶挺、项英又向中央报告，国民党第三战区派遣部队，贴近新四军，形成包围。
此外，停发弹药、器材，构筑工事，截断新四军与第三支队的联系。
毛泽东立即致电叶挺、项英，告以蒋桂军向我彭雪枫，张云逸地区攻击的时间在下月中旬左右。
到那时，我部除令彭雪枫，张云逸以游击战争暂时支持皖东与淮北两地外，苏北主力即须动手解决韩德勤。
电报还提出:
皖南部队及军部以在动手解决韩德勤之前移至苏南为有利，并询问准备情形如何，几天可以开完。
黄桥战役打响后，皖南的新四军仍没有移动。
为此，焦急的毛泽东等于10月8日再电叶挺、项英，指出目前的形势是：
“蒋令顾、韩扫荡大江南北新四军，大江南北比较大的武装磨擦是可能的。”
中央最担心“最困难的是在皖南的战争与军部，我们意见军部应移动到三支地区，如顽军来攻不易长期抵抗时则北渡长江，如移苏南尚有可能，也可移苏南”。
如:“决心移皖北，则四支应派一部到无为接应”。
电报还指出：
“向南深入黄山山脉游击，无论在政治上、军事上都是最不利的。”
10月12日，毛泽东同朱德、王稼祥，就新四军行动方针再电叶挺、项英等，再次指出:
因蒋介石站在反日立场上，我们不能在南方国民党地区进行任何游击战争，曾生部队在东江失败就是明证。
电报强调：
“军部应乘此时速速渡江，以皖东为根据地，绝对不要再迟延。皖南战斗部队，亦应以一部北移，留一部坚持游击战争。”
局势以及万分危急，项英依然没有撤离皖南的意思。
他只是希望在重庆的周恩来，向蒋介石、何应钦提出抗议，并划分出彼此的作战地境，以避免冲突。
就在这时，国内外的局势发生巨大变化。
在国外方面，德、意、日在柏林签订协定，正式结成三国同盟。在此前后，英、美也签订了协定。这两大集团都在争取蒋介石。
德、意、日要求国民党政府放弃抗日，加入他们的同盟，德国劝和，日本诱降。
英、美则要求国民党政府加入英美同盟，美国愿给以大笔借款，英国则允许重开滇缅公路。
与此同时，蒋介石还继续得到苏联的援助。国际上的三大力量都在拉蒋介石，使其自感身价陡增。
在国内方面，在陈毅、粟裕发起的“黄桥战役”中，国民党被歼灭主力部队近2万人，一个中将军长（李守维）和一个中将旅长阵亡。
项英旧照 图片来自网络
10月19日，蒋介石令何应钦、白崇禧以国民政府军事委员会正副参谋长的名义，向八路军正副司令朱德、彭德怀和新四军军长叶挺、副军长项英发出“皓电”:
综观过去陕甘冀察晋绥鲁苏皖等地历次不幸事件，及所谓人多钢少之妄说，其症结所在，皆缘于新四军所属部队：
一、不守战区范围自由行动；
二、不遵编制数量自由扩充；
三、不服从中央命令破坏行政系统；
四、不打敌人专事吞并友军。
以上四端，实为所谓磨擦事件发生之根本，亦即新四军非法行动之事实，若不予以纠正，其将何之成为国民革命军之革命部队？
除苏北事件委座已另有命令希切实遵照外，兹奉谢将前经会商并奉核定之中央提示案正式抄达，关于新四军之各部队，限于电到一个月内，全部开到中央提示案第三问题所规定作战地境内，并对本问题所示其他各项规定，切实遵行，静候中央颁发对于执行提示案其他各问题之命令。
这份“皓电”，实际上就是国民党顽固派发出的内战檄文。
从“皓电”可以看出，这一次蒋介石的胃口很大，打算把共产党的军队赶到旧黄河以北，而不仅仅局限于江南敌后的新四军。
