朱棣起兵造反的根本原因，仍然是贯穿整个中国古代历史的，中央集权和地方分权的矛盾所激化而爆发。具体是由于建文帝朱允炆削藩所导致。
朱元璋取得天下之，他认为：
天下之大，必建藩屏，上卫国家，下安生民。今诸子既长，宜各有爵封，分镇诸国。
所以，洪武年间朱元璋分三次共分了二十五个藩王，其中有二十四子和一个从孙都得到封赐。这些藩王都有自己的地盘，有自己的军队，起初对安定国家的局面起到了一定的积极作用，特别是在北部戍边的燕王朱棣，长期指挥数万军队和北元作战。不过，早有人提醒过朱元璋，边患、河患、藩患是大明王朝的三大威胁。不过这藩患毕竟都是朱元璋自己的儿子，在他的心里不会作为优先级来处理。但他也不是什么都没有做，他立下了相当严厉的规矩，藩王无昭不得进京，禁止互相访问，即便进京，一个朝贡完走了，另一个才能来。也就是说这些藩王，自从到自己的地盘上上任之后，从此天各一方，老死不相往来，亲兄弟间根本没有机会见面。朱元璋认为，定下这样的祖制，皇族之间就可以太平了，没想到他刚死，建文帝就大刀阔斧地，展开了削藩行动，骨肉相残。这真是莫大的讽刺。
一、其实朱棣窥视帝位已经有一段时间了
原本朱元璋法定的接班人是太子朱标，没想到这太子朱标去了一趟西安，可能是这长安城王气大盛，他没压得住，回来就一命呜呼了！你说这也怪了，当年蒋介石到那儿，直接碰上了西安事变，差点把命搁那儿。没在那儿建都的帝王啊，还真不敢随便往那儿去。这朱元璋啊，欲哭无泪，一盘棋全给打乱了。为了稳定皇权为大明的江山着想，朱元璋定下了有嫡立嫡，无嫡立长的规矩，将朱标的儿子朱允炆立为皇太孙。
朱元璋有那么多儿子，但是老大老二老三相继都不在了，朱棣排行老四。这朱老四是个能力很强的人，本来在众多皇子中间就是个佼佼者。他一看机会来了，就想尽一切办法来表现自己，没想到的是，老爷子根本没有给他机会，直接立了他这个侄子继承大统。朱棣这心里老不舒服了，他就觉得朱元璋这个决定一定是错的。曾经有一次，燕王朱棣进京，拍着朱允文的肩膀说，“不意儿乃有今日！”，就凭朱老四的智商，这话哪能随便乱说呀！可见当时他已意外到了极点。也该他倒霉，这话当时就被朱元璋听到了，狠狠的把他给收拾了一顿，作为小孩儿的朱允炆，不想得罪这些叔叔们，他一边帮朱棣开脱，一边暗下了决心，宗藩势力不得不削。
二、建文帝削藩
朱元璋为了给孙子铺路，大肆打压朝中重臣的势力，制造了如蓝玉案等一系列的冤狱。这时候他就需要得到藩王的支持，故而藩王不但没事，地位还更加稳固了。朱元璋活着的时候，没有哪个藩王敢有异心，等朱允炆当了皇帝之后，他就感觉到了这些叔叔们的威胁。
朱允炆登基之后，任用黄子澄、齐泰、方孝孺等人，展开了对藩王的行动。齐泰认为：燕王朱棣势力最大，应该先从他下手，其他的藩王即使有意见，恐怕也没有造反的能力。而黄子澄认为：直接从朱棣下手，太过冒险，应该先从容易的开始，打得朱棣孤军无援，他自然也会服软。建文帝也认为直接针对朱棣，心里没底，于是采用了黄子澄的意见。实际上后来的过程证明了这真是一招臭棋。
建文帝第一个下手是和朱棣关系非常近的同母兄弟周王朱橚，由于周王内部的家庭矛盾，被人揭发有异谋。于是，建文帝以北边战事需要之名出兵到开封，冷不丁抓了周王，把他贬到云南后有抓回来囚禁起来。后来，建文帝又以湘王朱柏破坏印钞制度为由，派兵抓捕。其实，滥印钞票最多的就是建文帝本人，朱柏就因为是建文帝的叔叔，威胁了皇权嘛！但这湘王确实很有骨气的，不愿受侄子的凌辱，直接自焚身亡。齐王朱榑也是被告发谋反，而被召至京城囚禁起来。后来，建文帝又将代王朱桂和岷王朱楩贬为庶人。这些进行的倒还顺利，但是，实力和智力都最为强大的朱棣已经被打草惊蛇，天天睡觉都会梦到自己被侄子吊着打。
三、靖难之役
朱老四知道自己这样拖下去没有好结果，干脆一不做二不休，直接起兵造反了。1399年，因朱棣装病，诱使朝廷放回质子之后，被人告发，这可是犯有欺君之罪的。朝廷立即密旨抓捕燕王，不想朱棣早有准备，诱杀朝廷官员，起兵攻打北平城。这北平地区本就是燕王的势力范围，周边不少府地主动归服。燕军势力大增，开始打着“靖国难，清君侧”的旗号正式和明朝政府展开了军事对抗。
起初，朱棣打得也没有那么顺利，史书上记载几次都差点儿被围剿了，不知道哪儿刮过来一阵神风给就了。天不亡朱棣，让他打到了南京城。建文帝自焚身亡这事儿估计没那么简单，真抓个活得，朱老四这“清君侧”的旗号还要打下去吗？最大的可能就是被燕军杀掉后，再放火烧。干干净净，查都没办法查。从此，大明还是大明，永乐盛世正式开启。
朱棣反建文帝确实是被逼出来的，不过这些祸根确实朱元璋埋下的，如果朱元璋可以提前处理好这些宗藩问题，恐怕朱老四是没有机会的。再者，建文帝朱允炆没有汉武帝刘彻的智商，或者他身边要是也有个主父偃，或许就没有靖难之役。
