督抚职衔最早源于明朝，属于中央委派到地方的工作的临时官员，职衔不定，出身不定。清朝建立后，基本承袭了明朝的官制，而督抚则变成了地方官员，品级也成了定制。

明朝建立后，承袭前朝的官制，中央设置中书省/内阁、六部、督察院、国子监、通政使司等，地方则设置三司及下属机构。

洪武十三年，朱元璋借着胡惟庸案废除了中书省，结束了皇权、相权之争，六部直接向皇上汇报工作。而在地方，布政使归中央六部统管,按察使归刑部、都察院统管,都指挥使归兵部、五军都督府统管,三司互不隶属，工作之间难免出现推诿扯皮，久而久之越演越烈，严重掣肘了地方政务。

洪武二十四年，朱元璋开始在中央设立临时官职，统一协调巡查地方军政事务，称巡抚。由于巡抚不仅管着地方军事、民政等事务，也兼管着地方税收，地位越来重要，很快巡抚就成了地方的固定官职。明朝中后期，由于外患严重，战事不断，需要各省之间相互配合支持，而作为一省之巡抚无法完成数省的军政事务的协调。于是，正统年间开始设立中央外派官员，总体协调一省或数省的军政事务，称总督。总督同样为临时官职，在明朝也一直没有完全固定下来，通常在起战事时才设置总督。

明朝时期，巡抚总督没有固定品级，可能是二品，也可能是三品。电视剧《张居正》中有一个片段，两广总督李延自称自己是三品大员。到了清朝，巡抚总督官制和品级都成了定制，巡抚为从二品，加兵部侍郎衔后为正二品，总督为正二品，加兵部尚书衔后为从一品。

从临时官制到定制，是时代的需要，也是事务发展的规律使然，存在即为合理。