义和团借势在流民中壮大势力，开始北上进入直隶、天津等地。他们在反教传单中说“天无雨、地焦干、全是教堂止住天”，并扬言“扫平洋人，自然得雨”。

1899年秋天，朱红灯带领义和团开始全面出击，打着“神助灭洋义和团”的旗帜，在山东全境展开对教会和教民的无差别攻击。他们洗劫教会和教民财产，并用绑架的方式勒索教民赎“跟从洋教罪”，还要求教民写下“背教文约”，对于不从的牧师和教民，一律砍头甚至活活烧死。甚至面对前去阻拦他们的清军也照打不误。

山东的教会求救地方无望，就开始向列强驻北京公使求救。就连一向不太多事的美国公使康格也向总理衙门提出强烈抗议，要求惩处毓贤以“擅杀之罪”。在各国公使的压力下，清廷终于让步，由已经声名鹊起的袁世凯接替毓贤。

袁世凯不愧是一世枭雄，眼光和毓贤完全不同。他认为降神附体的玩意实为邪术，认定打家劫舍的义和团是邪教，主张严格取缔，一到任就下令解散义和团。同时，还找来笔杆子，写了一本《义和拳教门源流考》，指斥义和团为白莲教余孽，从教义根基上摧垮义和团。

袁世凯在给朝廷的奏章中对装神弄鬼、打家劫舍的义和团的本质可谓一针见血：“其用以惑人者，谓能避枪炮。然……一遇枪炮，辄伤毙多人，瓦解鼠窜……其藉以动人者，谓图灭洋教。然……掠教民亦掠及平民……直与盗匪无异。”

1900年1月11日，慈禧颁布上谕，要求地方官只需查拿滋事的匪徒，无须过问练拳的和平乡民，这份上谕承认义和团是“安分良民”、“习技艺以自卫身家”，而不是“邪教”，无须查拿。

慈禧不是不知道义和团的所作所为，此时却发出这样的信号，是为了什么呢？