1946年1月，民国方面迫于无奈，承认外蒙古独立，成为“蒙古人民共和国”。虽然蒙古独立，但是民国和蒙古之间的划界工作，却迟迟没能得到落实。为此蒙古方面对民国方面不满，甚至还担心民国会不会对蒙古有其他的想法。

终于到了1947年的6月，民国和蒙古之间爆发了冲突，而这冲突演变成了北塔山事件，或者说北塔山战役。

1942年6月，民国新疆奇台县边防部队的连长马希珍发现边境一带有比较可疑的马蹄痕迹，于是指挥战士在边境一带搜索。而在这之前，民国的阿山地区专员乌斯曼因为流亡的因素，误入蒙古境内。乌斯曼带着几百人的队伍，在进入蒙古境内的时候，还俘虏了八个蒙古士兵。

所以在马连长搜查可疑马蹄痕迹的时候，正好遭遇出来寻找丢失士兵的蒙古军队，结果双方爆发遭遇战。蒙古那边认为，失踪的八个蒙古士兵大概是被马希珍给绑票了，所以蒙古军方在之后向马希珍发布通牒，要求马希珍在48小时以内交出失踪的八个蒙古士兵，并且撤掉周边的中方的野营。

马希珍一个连长哪敢做主？于是逐级上报，最终事件呈报到了西北行辕主任张治中那里。张治中了解事情经过以后，要求马希珍把从乌斯曼那里接收的八个蒙古兵释放回蒙古。但是此时蒙古军的援兵已经赶到，所以中蒙双方再度爆发武装冲突。蒙古方面在这期间也出动飞机支援前线。

随着交火完毕，事态也相对平息。这其实就是中蒙北塔山战役的经过。当然，这一事件到底是偶发事件还是蒙古蓄谋已久，在后世的互联网上是存在争议的。

民国的《中央日报》关于中蒙之间的武装冲突，首先声称，蒙古骑兵向中方进攻，取得了苏联飞机的支持。并且在苏联飞机的轰炸之下，中方有士兵存在伤亡情况，蒙古骑兵还一度侵入我国境内600华里。

之后几日，《中央日报》认为，北塔山事件可以视为翻版的“九一八事变”，如果不是新疆守军的拼死抵抗，那么苏联、蒙古的阴谋就会得逞。

于是当时中国民间反苏情绪高涨：毕竟蒙古的体量和国力很弱，单靠蒙古自己，不具备对中国动手的胆量和底气。甚至从实际角度出发，在1990年代苏联解体以前，蒙古一直是苏联的卫星国。所以当时中国的民间人士认为，北塔山事件背后，苏联才是真正的操纵者。所以北塔山事件也在民国民间带动了一轮反苏舆论高峰。

不过，当时处于一线的张治中在给南京方面的电文中也提出了自己的看法：那就是关于北塔山冲突到底是偶发事件还是苏联、蒙古预谋已久的事件，以及轰炸中方的飞机到底是不是苏联飞机，其实需要弄清楚。言外之意就是，身为一线长官的他尚且不清楚这些细节，所以报纸率先认为是苏联飞机介入、蓄谋已久，似乎言之过早。

同时张治中建议：如果没有实际证据证明苏联直接介入，那么外交方面，只能向蒙古抗议，而不应该向苏联抗议，避免事态扩大、外交被动——毕竟外交也讲究一个证据。

当然南京方面没有采纳张治中的主张，并在6月11日这天，向苏联和蒙古提出抗议，同时勒令蒙古军队撤离中国境内。

而苏联方面也打算把苏联驻华大使召回国内。为此，南京方面的一些要员也借此参与了该大使举报的离别酒会。这个酒会很大程度上缓和了中苏关系，并且之后报纸还表示，类似北塔山事件，在近期应该不至于再度发生了。

之后中苏中蒙双方也产生了一些后续的外交交涉，其中包括苏联否认派遣飞机帮助蒙古，并要求中方拿出证据。而蒙古则向中国提出领土要求，但都被南京方面驳回。

后世一般认为，北塔山事件并无证据证明苏联介入此事，因此民国方面对苏联的指责，也恶化了民国和苏联的关系，并且之后苏联加大了对我西域地区的渗透力度。但是，也因为这一事件，民国方面也开始重视对中蒙边境地带进行管理。