同治元年（1862年）5月，清军攻陷镇海，向宁波逼近。5月10日，在英、法战舰的火力配合下，清军沿被炸塌的城墙缺口蜂拥而入，与太平军进行残酷而激烈的巷战，太平军逐渐不支，从南门、西门败逃，宁波被清军收复。

5月14日，英、法军队炮轰慈溪城，守城太平军死伤颇重，守将何文庆被迫率残部弃城西逃，慈溪克复。

在浙江南部，闽浙总督庆瑞派总兵林文察率闽军进入处州（今浙江丽水），控扼太平军由浙入闽的要道；另遣总兵秦如虎率部进驻温州。在林文察、秦如虎等军的进逼、夹攻下，浙南太平军节节败退，所据城池也屡被清军攻陷。最终，处州（丽水）被林文察部闽军攻克，重新被清军所占。

浙东、浙南局势好转，使左宗棠对收复浙江全境又充满信心。此后，他专心策划北上，准备攻金华，取严州（今浙江建德梅城），最终进图杭州。

经一系列苦战，左宗棠派部将魏喻义率2000楚勇北上攻打严州，12月30日夜半时分，魏喻义率军偷袭，一举攻破严州府城，太平军守将谭富率守军与清军巷战，寡不敌众，死伤惨烈，谭富率残部溃围而出，退往浦江。严州被收复。

同治二年（1863年）2月8日，楚军将领刘典率水陆各营进攻兰溪县城，李世贤麾下大将、沛王谭星部下张成功率500守军投降。随后，在太平军叛徒彭禹兰的协助下，楚军将领蒋益澧设计生擒太平天国宗王李尚扬等人，一举克复汤溪。至此，汤溪、兰溪、龙游三城皆被清军复夺。

紧接着，清军在法国雇佣军“常捷军”和英国雇佣军“常安军”“定胜军”的协攻下于3月15日攻取绍兴，20日再克萧山。至此，清军收复了浙东地区。

3月17日，刘培元率水师与魏喻义的陆师遵左宗棠的命令，合力攻下桐庐。随后，左宗棠将大营移往严州，令蒋益澧督军西渡，其余水陆各营顺江东下，设法攻取富阳，最终剑指杭州。

富阳是杭州上游门户，背江面山，易守难攻。太平军夺占杭州后，在富阳挖壕筑垒，加固城防，完善了防御设施。桐庐被清军攻陷后，大批太平军溃兵撤入富阳，从绍兴突围而出的太平军也纷纷来到此城。驻守杭州的太平军得知清军大举来袭，也乘船溯江而上，帮助富阳守军阻抗清军。

从4月份开始，蒋益澧率1万水陆向富阳发起进攻，由于后勤不济，粮饷匮乏，加上又闹起了瘟疫，蒋部清军伤病极多，士气低落，双方打打停停，直到9月仍未取得重大进展。清军染上疾疫者甚多，能提枪作战者不到一半，最后连左宗棠也不幸感染疟疾，全军进退维谷，一筹莫展。

为了摆脱困境，左宗棠只得求助于器械精良的法籍雇佣兵洋枪队。不久，法国雇佣兵“常捷军”携带先进的洋枪洋炮赶至富阳。刘典、徐文秀等将太平军黄文金部逐出江西后也陆续抵达富阳，左宗棠让他们与蒋益澧部合军攻城。9月19日，徐文秀等率军进攻富阳城北的太平军壕垒；杨正谟率水师登陆与“常捷军”猛攻绕城而筑的太平军营垒；刘清亮负责率部正面出击，牵制太平军兵力。在清军与雇佣军的合力打击下，富阳城北的太平军堡垒很快被一一拔除，倚城各营垒与清军血战一昼夜，死伤惨重，余部退入城内，双方激战至9月20日，富阳城终被清军攻破。

攻取富阳后，左宗棠下一步计划就是收复 省城杭州，继而收复整个浙江省。他出任浙江巡抚已经快两年了，擢升闽浙总督也已近半年，一直忙于与太平军周旋、作战，至今连浙江巡抚衙门都没进去过，更遑论闽浙总督府了。眼看浙东平复，形势喜人、收复整个浙江有望，他夺取杭州的迫切心情不难想象。他缜密部署，仔细分析敌我形势，谨防功亏一篑。

得知左宗棠率清军即将进攻杭州，驻防皖南的太平军急速驰援浙江，首先攻克昌化，继而连破淳安、遂安， 企图从背后牵制左宗棠大军的行动。左宗棠知道等待他的将是一场恶战。遂毫不犹豫地从杭州外围抽调大量兵力回防严州、金华、衢州、遂安等重镇，确保后路万无一失。一场你死我活的恶战很快铺展开来.......

楚军在法籍雇佣军“常捷军（花头勇）”的协助下攻克富阳后，左宗棠的下一步作战计划就是收复浙江首善之地杭州城。他并未被一系列的胜利冲昏头脑，而是分析敌我形势，缜密部署，并开始紧锣密鼓地做各项战前准备，调集军队向杭州方向聚集。

左宗棠

得知左宗棠率清军即将对杭州发起进攻，驻扎皖南的太平军急速回防浙江，连克昌化、淳安、遂安，企图抄左宗棠军的后路。左宗棠与太平军周旋已久，岂会看不出其动机，遂果断将进至杭州外围的大量军队抽调出来回防严州（今建德）、金华、遂安等地，以确保自家后路不被太平军截断。

左宗棠令蒋益澧率水陆各军顺江而下直趋杭州，另又派军由富阳驰奔余杭；魏喻义则率部夹击，以掐住杭州咽喉。同治二年（1863年）10月7日，蒋益澧侦知太平军将领汪海洋（后封康王） 率军偷偷潜往余杭，命令部下高连升带兵攻击十里长街，并由“常捷军”接应。一场激战后，太平军败退撤入城中。10月8日，太平军悍将邓光明（归王）、陈炳文（听王）率1万余名装备新式西洋枪械的精兵从江边分4路猛扑清军，均被清军击退。

10月25日，太平军在杨家桥扎下营盘，蒋益澧命徐文秀率军乘夜踹营，将太平营垒攻破。11月28日，扼守杭州的太平军突然开城大举出击，被早有防备的楚军将领高连升及器械精良、训练有素的 “花头勇”（法籍雇佣军，亦称常捷军）合力击退。

12月10日， 升任闽浙总督不久的左宗棠进驻富阳，并于20日亲赴余杭察看情势，旋增调朱明亮、黄少春等率部增援余杭，与太平军在余杭至杭州一线展开了激烈的争夺战。对于收复杭州，左宗棠很有信心，按他拟定的循序渐进的作战计划，此时驻守杭州的太平军已经被清军团团包围。而且随着湘军主力曾国荃吉字营已完成对天京的围困，太平军军心不稳，一些后来加入太平军的人意志动摇，献城降清之事接连发生，其战斗力逐日递减。

守杭州、余杭的太平军孤立无援，内部各怀鬼胎、分崩离析，溃败已成定局。在这种较有利的形势下，左宗棠决定先集结重兵全力攻打杭州西面的余杭，斩断杭州太平军之羽翼，最大限度地孤立盘踞杭州的大股太平军，然后将其剿灭。

汪海洋

12月17日，余杭太平军守军主动出城迎战，被清军猛烈阻击，不得不扔下数百具尸体败回城内。双方连日展开恶战，互有伤亡。太平军在悍将汪海洋的指挥下，改变打法，在余杭城西北挖掘长濠，又日夜轮番施工，在城北门外构筑了三座堆石堡垒。清军日夜挑战，太平军却坚守不出，一时很难找到突破口。

同治二年十一月二十四日（1864年1月3日），蒋益澧、张声恒、黄少春等军分别从城池西、北两路发起攻城。因太平军顽强抵抗，加上其在城外构筑的壕垒起了牵制作用，又很难攻破，清军进攻受挫。左宗棠见硬攻难以奏效，便同蒋益澧商议，议定分兵袭夺余杭东北面的瓶窑镇，断绝太平军的粮道。蒋益澧奉命率军偷袭瓶窑镇，以切断杭州和余杭之间的联系，他察觉到太平军将防守重心放在余杭，主力皆部署在余杭城里，杭州守军反而不多，力量也不强。于是他率军直接向杭州发起猛攻，还命水师与“常捷军”用火力掩护，以压制城头守军。左宗棠则移驻横溪督战，此地距余杭仅数里，方便统筹指挥。

2月3日，清军分路进攻杭州，汪海洋早已在城池外围设下伏兵，在清军专注进攻时，突然发起截击，混乱中击杀300多名兵勇，左宗棠的表侄余佩玉被流弹击伤，掉入河中溺死，左宗棠得知后深感忧愤。2月10日，皖南太平军南下淳安、遂安，对清军后路构成极大威胁。左宗棠立刻命黄少春率8营将士前去阻抗，还抽调魏喻义率3营人马回防严州，同时命喻德成率部扼守金华、戴奉聘军守衢州，以防太平军乘虚而入，同时确保大军后路万无一失。

2月底，清军在遂安击败皖南太平军，俘斩甚多，旋即将其残部驱离浙江。此后，左宗棠加紧对各军的节制、督率，用重兵围攻杭城、余杭，尽全力强化对二城的攻势。

3月3日，高连升、刘连升统水陆各军会同法籍雇佣兵常捷军发起猛攻，步炮结合， 轮番冲击，攻破了太平军在望江门外构筑的3座军堡 。3月28日，蒋益澧又命高连升、周廷瑞等督军继续进攻太平军营垒，随后让常捷军架炮轰击杭州城垣。太平军则猛烈还击，双方正相持不下时，常捷军用威力巨大的西洋造后膛开花炮将城墙轰塌一大段，轰出一道宽约3丈多的缺口，清军突击队乘势沿缺口蜂拥登城。太平军拼死抵抗，击退了清军，城墙内外尸骸狼藉，脓血飞溅，触目惊心。清军转攻葛岭，接连攻破两座太平军石垒。

3月30日，蒋益澧派水陆各军分头进攻十里街、武林门、钱塘、凤山等处。清军前仆后继，死战不退，太平军拼死抵抗，在清军的优势火力覆盖下死伤惨重。天黑后，早有投降之意的太平军杭州守将陈炳文率数万人马从武林门仓惶撤出，清军并未追击，而是从各门蜂拥而入，冲入城内。

3月31日，太平军苦守了两年零三个月的杭州城被清军攻下。正率部在余杭与清军血战的汪海洋闻讯，斗志顿消，急忙率守军余部从东门匆匆撤出，余杭也被清军克复。

4月7日，左宗棠进驻杭州，在卫队前呼后拥下直奔原先的清巡抚衙门。他率麾下将士浴血奋战了两年多，终于大获全胜，也算“有志者，事竟成”。4月17日，清廷上谕送达杭州，以左宗棠调度有方“恩赏加太子少保衔，并赏穿黄马褂”；同时发布上谕，赏蒋益澧云骑都尉世职，高连升赏穿黄马褂，其余将领也各有赏赐。随后清廷敦促左宗棠，命他“督率各军乘胜进攻湖州郡县，迅速扫清逆贼，廓清全浙，毋留余孽”。左氏率军收复浙江的战争已进入尾声。

清军收复杭州后，整个浙江战役已经进入尾声。不久，左宗棠派蒋益澧、杨昌濬、刘明灯、李耀南等楚军将领率队出征，预备将仍盘踞浙省部分地区的太平军残余势力全部肃清。左宗棠在奏表中向清廷表决心：“贼在浙境则围攻，贼出浙境则追剿 ，务将积年逋诛剧寇聚而歼旃”。

在清军的步步紧逼下，驻守武康的太平军守将派人向清军乞降 ，并约为内应。同治三年（1864年）4月9日，在城内太平军降兵的接应下，杨昌濬军轻取武康。次日，高连升率部猛攻德清，守城太平军力战不支，被迫弃城而逃，高连升率军入城。太平军诸将率残余兵众西窜安吉、孝丰，取路逃回皖南；辅王杨辅清、堵王黄文金等则损失较轻微的几支精锐部队坚守湖州。左宗棠遂派蒋益澧督军进攻湖州、杨昌濬率各营进屯武康以为策应，驻遂安等地的清军则伺机围堵。

杨金生

死守湖州的杨辅清、黄文金都是太平军猛将，皆非等闲之辈， 所部能征善战，虽然屡屡被楚军挫败，但未伤根本，建制基本完整。他们在湖州挖深濠、筑高垒， 凭险固守，与西北方向的长兴、安吉等地太平军互为犄角，共抗清军。左宗棠命水师炮舰开赴德清；蒋益澧部将高连升、蔡元吉等率军自德清进入湖州西南；刘树元、何培章则率军直趋湖州东南，对湖州形成夹攻之势。除此之外，左宗棠还安排外籍雇佣军“常捷军”（民间称“花头勇”）在旁协助进攻。

从4月18日起，清军连续发起进攻，枪炮轰鸣，兵卒接力冲锋，架云梯登城，太平军则坚决抵抗，击退了清军一次次进攻，战斗一时进入胶着状态。正在僵持之际，李鸿章派装备精良的淮军南下，与左宗棠的楚军联手进攻湖州。5月，高连升、蔡元吉率军攻克菱湖、东林镇等地的太平军营垒。潘鼎新、郭松林、刘秉璋等督率列装清一色西式装备的淮军连破太平军坚垒，并一鼓作气攻下长兴，守城太平军溃往泗安、梅溪一带。杨昌濬率军进至铜岭堵击太平军溃兵，并分兵一部偷袭孝丰。7月7日，在楚军的猛攻下，孝丰被攻破，太平守军被击杀殆尽，生擒太平天国感王陈荣。至此，浙省大部分州、府、县已被清军收复，仅有湖州、安吉还在太平军手中。

清军在浙江势如破竹，节节推进，太平军丧师失地，节节败退，除了左宗棠的运筹帷幄、李鸿章淮军的支援如虎添翼外，还与天京方面的惊天变故有关。因清军长期围困，同治三年（1864年）6月1日，坐困愁城、以甜露（一种野草）充饥的天王洪秀全死于营养不良症，太平军群龙无首，军心愈发涣散。

7月19日，在城外苦战两年的湘军曾国荃吉字营轰塌龙脖子城墙一段，一举攻陷天京城，被太平天国定为王都的金陵城重新回归清朝。国都沦陷，坚持15年（定都南京11年）之久的太平天国也随之宣告覆灭。太平天国的统治核心被摧毁，分散各地的数十万太平军残余势力仍在坚持战斗，做着悲壮而绝望的挣扎。天京城破时，忠王李秀成率千余化妆成清军模样的太平军保护幼天王洪天贵福趁乱出走，在城外被清军冲散，李秀成被人识破擒送湘军将领萧孚泗。7月24日，干王洪仁玕等护送幼主到达浙江广德，29日，堵王黄文金派人将幼主一行迎入湖州城。黄文金、洪仁玕等人计划将洪天贵福送往江西， 投奔侍王李世贤，再相机北上另图发展。

8月3日，蒋益澧派部将率军进攻思溪、双福桥；7日，遣高连升等军进攻荻港，因遭遇黄文金部太平军拼死抵抗，楚军未能得手。9日，英、法军舰赶来助战，用舰炮猛轰荻港太平军守兵，清军趁势攻占荻港。清军与太平军数次交战，愈战愈勇，太平军因大势已去，则败多胜少，死伤惨重，士气低迷，士卒逃散或投降者日益增多。

左宗棠

8月21日，清军再度发起进攻，太平军迎击，却不敌士气正盛的清军，将士伤亡颇多。5日后，守南门的太平军将领率部降清，长超山（今湖州南浔区和孚镇以北）守将随后也率部缴械投降，清军未经激战便收复两地。随后，洪仁玕、黄文金等率军弃城出逃，清军入城，克复湖州。几乎与此同时，杨昌濬、周廷瑞等军分路猛扑安吉，太平军守兵无意坚守，稍事抵抗即开城逃逸，随后与从湖州逃出的黄文金军会合。随后，浙江太平军余部辗转撤往江西。这样一来，太平军在浙江的据点全被清军攻克，左宗棠果然没有食言，经一系列鏖战，终于肃清、夺回了浙江全境。

同治三年（1864年）11月9日，清廷发布谕旨称赞左宗棠的功绩：“督师入浙，恢复浙东各郡县，进取浙西，攻克杭州省城及湖州等府县，肃清全浙，并派兵截剿皖南窜贼，荡平巨股，卓著勋猷”。

清廷赐封左宗棠为一等伯爵。同治帝还特地赐名左宗棠“恪靖”。自咸丰十一年（1861年）左宗棠奉命督办浙江军务以来，3年间，他专心致志处理军务，逐次剿灭盘踞浙江各地的太平军。如今浙江全境虽已收复，但仍有许多遗留问题亟待解决，其中两项最为紧要：一是搜剿流落、藏匿于川泽草莽间的太平军余孽，巩固浙江全省的秩序安定；而是重振因饱经战乱而凋零衰蔽、千疮百孔的经济，尽力恢复农耕、商贸，为下一步开赴福建追剿太平军余部的楚军筹集、提供粮饷。