公元1856年（清咸丰六年）初秋，执掌太平天国朝政的东王杨秀清逼天王洪秀全封他为“万岁” ，对杨骄横跋扈、野心勃勃、觊觎天朝最高权力的悖逆之举隐忍已久的洪天王终于忍无可忍，心中的小宇宙瞬间爆发，但他玩了个心眼，先假意应允， 又使出拖延安抚之计，托辞在两个月后的东王诞辰日（杨生日）时予以正式敕封。

随后，洪天王秘密派遣心腹拿着自己的亲笔信分头出京，密召在江西战场指挥作战的北王韦昌辉、在湖北武昌坐镇督军的翼王石达开、在江苏丹阳统兵与清妖鏖战的燕王秦日纲三人率部返回天京，携手诛除阴谋夺权的凶逆杨秀清。

据记载，燕王秦日纲最先抵达天京，但因实力不济，未敢轻举妄动。9月1日午夜时分，北王韦昌辉率战舰200余艘，亲信将士3000多人从江西南昌秘密驶抵天京沿江码头，随即从南门入城，随机与秦日纲、陈氶镕、胡以晃、赖汉英等王开了个简短的“碰头会” ，据说他们也向天王洪秀全做了请示。得到天王的回应后，这几位早就对杨秀清独霸朝堂心怀不满的王爷分头部署，准备“诛杨”。

9月2日凌晨，韦昌辉分兵控制住城中各处险关要隘以及13座城门，并沿街设置障碍派兵据守，截断了城内所有通向东王府的道路，然后亲率精锐将士突然捣入府内，冲入东王卧室将呼呼大睡的杨秀清斩杀。随后北府将士大开杀戒，将东王眷属诛戮殆尽。昔日庄严肃穆的东王府，如今已成污血横流的屠宰场。

韦昌辉命人将杨秀清枭首，悬挂在东府前街道旁的一根灯杆上示众。因事起突然，东王府里的官员将吏、侍从卫士猝不及防，等醒悟过来后仓促应战，全部被北府官兵围杀一空。

由于天京之变的当事人均先后死去，故历史文献大都是道听途说或移花接木，对事件的具体描述得含混不清甚至颇有出入，反倒是当时在场的几个外籍“洋兄弟” ，即参加太平军的外国人，在事后以回忆的形式对当时的惨烈场景作描述，倒也颇为客观、详细。

约翰·肯恩是爱尔兰人，据说他出身贫寒，未受过正规教育，识字不多，成人后的他对古老而神秘的东方大国怀有强烈的好奇心，于是随英国远征军漂洋过海、不远万里来到中国。肯 恩参加过中英鸦片战争，退伍后，他并未归国，而是在开埠不久的上海滩鬼混，并受雇于戈登的“洋枪队”，替李鸿章效力，在清军中混碗饭吃，后离开雇佣军独自闯荡，期间竟然参加了刘丽川领导的上海小刀会起义。清军平定小刀会起义、夺回上海后， 肯恩侥幸逃脱，旋即溯江西上，辗转至镇江参加了太平军，因他精通各种枪械的使用，作战又颇勇猛，立过几次功，经秦日纲举荐，获杨秀清召见、青睐，特地将他从前线调回天京，在东王府里任职。肯 恩的日常工作是教授、调校各类西洋枪炮的使用以及保养，也帮助训练东府将士如何使用火器协同作战，类似于军事教官，算是个闲差。

肯恩回忆，他效命东王期间，借居在东王杨秀清的小舅子家中，与主人相处融洽，两人常在一块饮酒解闷。众所周知，太平天国严禁用粮食酿酒，并颁布过禁酒令，一旦发现有人偷饮，处罚很是严厉。但约翰 · 肯恩寄居的人家是东王妻舅，无人敢惹，所以经常破戒招待他畅饮作乐。因工作关系， 肯恩与杨秀清多有接触，但关系不深。他最后一次见到活着的杨秀清时，是他正在一处校场上严厉训斥东府3000多太平军两广老兵，说他们有厌战、畏战情绪，必须振作精神，重拾高昂士气。

肯恩回忆，9月2日凌晨4点多，正在酣睡中的他被窗外一阵激烈的枪炮声惊醒，急忙披衣起床，和另外一个美籍“洋弟兄”冲到大门口想一探究竟，但被秦日纲布置的警戒哨持枪恐吓，警告他们退回屋内，不得外出，否则后果自负。二人只好怏怏回到屋里，内心惊惧不安。

直到拂晓时分，天已蒙蒙亮，枪炮声变的稀疏，他俩壮胆结伴跑到东王府去查探实情，发现大门两侧、沿街各处到处是横七竖八的尸体， 东王府内更是伏尸如麻，血流漂杵，这些倒毙的僵尸大都是东府属官以及卫士，仔细一看，其中还有不少熟悉的面孔， 肯恩等这才知道昨夜发生了一场惊天屠杀，或曰内讧，行凶作恶的是北王、燕王的人马，东王府被满门抄斩，就连府中的书吏、杂役、乐师、马夫都没有放过。

同室操戈、自相残杀的悲剧发生后，平日里深居简出、从不露面的洪天王总算出来收拾残局了。

在天王府前，几个女官张贴了一张足有两米多长的黄绢布告，内容用朱砂写就，措辞严厉地谴责了韦昌辉、秦日纲在东府里滥杀无辜、抢掠财物的严重罪责，并宣布对二王各杖责500下。所有东府将士以及“东王余党” 都去现场观刑，受刑场就设在天王宫大院内的一座宽敞的空仓房 里。

当日，韦昌辉与秦日纲、陈氶镕密议，索性一不做、二不休，利用东王余党前来观刑的机会，设伏兵将其全部诛灭，以斩草除根。

杨秀清虽然为人骄横跋扈，但他毕竟是太平天国的元勋，且足智多谋、军事才能出众，史载他执掌天朝军政期间，指挥太平军开疆拓土 ，屡屡奏捷，据说日均开疆百余里，还是颇有人望的。他被韦昌辉等残杀灭门后，天京军民大多还是对他寄予同情和哀悼的，尤其是东府将士，这些人大多数都是参加过金田首义的两广老战士，他们尤其义愤填膺，听说天王出面主持公道，惩罚元凶，都很欣慰，因此受刑当日都纷纷相率前往天王府后院观看。

由于刑场设在天王府内，入场观刑的人都被要求交出武器，他们都自觉地照办。然而，众人先后进入大院后，院门突然紧闭，大伙面面相觑，现场也不见受刑的二王，许多人心生不祥预感，正在狐疑时，一大群全副武装的北府、燕府士兵从四面围将过来 ，将“东王余党”分割包围，分批押到两座大仓房中关押起来。

肯恩虽也在东王府里混过，但他担任的是闲职，加上他高鼻深目、金发碧眼，遂被网开一面，没有被算在“东王余党”里。事发时， 肯恩和把守天王府大门的卫兵们混在一起，因此逃过一劫， 并亲眼目睹了这场惨绝人寰、令亲痛仇快的大屠杀，事后他对人口述道：

“次日黎明时分，关押东王余党的大厅门窗被打开了，几个被点燃的炸药包被抛进人群里，屋内的可怜人被炸得血肉横飞，一些幸存者绝望地欲夺门而出，却发现出口被堵死并有士兵严密把守。北王的兵卒没遇到什么反抗就冲进其中一座大仓库内，被押者手无寸铁，只能徒手拆下隔断墙壁上的砖块拼死抵抗了六个多钟头才被全部剿杀。北王的人除了用步枪射杀反抗者外，还向被关押者发射了一枚重达两磅的葡萄弹（即霰弹 ）——这些可怜人被打得像筛子一样，许多人都脱掉上衣拼死反抗，最终都力竭而死” 。

另一座仓房里的东府将士似乎没有进行激烈反抗，大多数人引颈就戮，仅少数人赤手空拳与北王、燕王的肉搏，均被一一斩杀。

肯恩事后回忆道，第一波屠杀后，北王、燕王的士兵挽起右边的衣袖（为避免自己人误杀），冲入大厅内大砍大杀 。兵器的砍斫声、伤者哀嚎声此起彼伏，令人不忍耳闻。屠杀结束后，肯恩战战兢兢地进去一看，发现两座大仓房里惨不忍睹：尸积如山，血流成河，有些位置尸体堆积达5、6层，许多尸骸被炸得残缺不全，或被烧焦，还有些东府将士自缢身亡，尸体挂在房梁上随风摇摆......

肯恩描述道，在接下来的数星期内，韦昌辉等在天京城内四处搜查东王余党，一些因故未到观刑现场的东府将士、官吏也纷纷落网，或数十人一队、或数百人一串，被分批押赴刑场处决，就连随军眷属 、老弱妇孺也不得幸免。据说共有3、4万身经百战、对天朝忠心耿耿的两广老将士死于天京之变。随后，太平天国不可避免地由盛而衰，并迅速滑向败亡的深渊。

肯恩回国后，把自己在太平天国的特殊经历口述给某作家并整理成书，天京事变的惨状从此广为人知。