早在1863年前后，太平军皖北根据地沦陷，太平天国后期两根“擎天柱”之一的英王陈玉成被反复无常的皖北团练头子苗沛霖诱捕 ，后被钦差大臣胜保凌迟处死。同治二年（1863），安徽太平军盟友捻军也遭清军沉重打击，其重要根据地雉河集失守， 捻军主要首领张洛行被俘后遭科尔沁亲王僧格林沁残忍肢解。
捻子主要首领张洛行被俘死难后， 虽然僧格林沁的满蒙骑兵奉调至山东、直隶（今河北）一带，捻军另一位重要首领张宗禹又一度收复雉河集大本营，但当年冬季僧格林沁大军再次南下剿捻，张宗禹不得不放弃雉河集，率队西撤。
同治三年（1864）夏季，张宗禹、任柱（任化邦 ）等率军与太平军西征部队会师河南，旋即合兵东进，欲救援正遭湘军围攻、岌岌可危的天京。联军东进途中，遭到僧格林沁满蒙骑兵 、湖广总督官文指挥的湖北绿营的夹击，湘军精锐亦闻讯赶至加入战团，太平军、捻军屡遭大败，陈得才所率的太平军西征部队几乎全军覆没。太平天国遵王赖文光深感势单力孤，旋与突出重围的张宗禹会合后，两支残军再次抱团北入河南。
过去活动于华北平原的捻军虽然奉太平天国为正朔，多个首领均接受天王封爵，甚至经常联合行动、协同作战，但这种结盟是松散型的，捻军仍然保持很大的独立性。据记载，捻军分为几部，几大支各自为政，平时分头行动，作战不利或形势所逼时才联手对敌，不像太平军那样组织严密，令出必行。 捻军令出多门，捻众“居则为民，出则为军”，这是其固有缺点，也一直未能克服。从之前的天下大势看，全国反清运动此起彼伏，太平军是绝对主力，吸引并阻抗了清军的主要力量，从而使捻军有较为宽松的活动空间与发展余地，才使其屡仆屡起，并逐渐壮大。但现在太平军主力已经基本被剿灭殆尽，捻军也遭到沉重打击，而且清军以及更凶悍的湘淮地方武装集团正从四面八方大举袭来。
在这种险恶形势下，张宗禹、任柱等捻军将领，终于感到独木难支，必须与更富有作战经验的太平军余部紧密团结在一起，必须彻底改变捻子的“流寇思想”及自身固有的诸多缺点，才能生存下去。为此，他们愿意听从太平天国遵王赖文光的领导。（头条铁马冰河wu ）赖文光也意识到必须与捻众抱团抵御清军，才能生存发展，图谋复兴天国。正如赖文光后来在其自述中所说：
“其时江北兵士无所归依者共有数万，皆是蒙亳（今安徽蒙城、亳州）之众，其头目任化帮、牛宏升、张宗禹、李蕴泰等誓同生死，万苦不辞，请予领带以期报效”。
反清意志坚强的赖文光是参加过金田首义的两广老兵，在太平天国覆亡的前夜，他也想保住并发展这支反清武装，以实现他“复国于指日”的愿望，遂临危受命，慨然允诺，当仁不让地挑起这副重担。
经赖文光、张宗禹等人的大力整饬、改编，这支半民半军的游杂武装呈现出前所未有的新面貌，正如时人王韬在其著述《瓮牗余谈》 中所说：
“几于发捻不分，故捻逆所作为与发逆无稍异 ”。
因这支经过赖文光重新整训的军队打着太平军旗号，其行军作战方式与太平军一样，所以时人弄不懂他们到底是捻子还是太平军。李鸿章也在呈给清廷的奏稿中说：
“蒙、亳捻匪向以掳掠为生，性多蠢顽，本无大志，（但）自粤逆赖文光与之合伙，以洪、杨各逆军法诡谋部勒其众后，状貌大不相同，患几不测”。
意思是本以劫掠为生的捻子“游匪”经赖文光重新打造，面貌焕然一新，俨然已对清军构成严重威胁，成为清廷的心腹大患，“患几不测”就是这个意思。
可见，捻军已经完全丢弃半兵半民的旧传统，脱胎换骨成为一支正规军队， 甚至已经被改编成“高配版”的太平军。许多被湘淮军打散的太平军兵卒，也闻讯纷纷前来投效，譬如侍王李世贤麾下悍将、首王范汝增就率所部千里来投。
这支以皖北捻众为主的军队在外形方面也模仿太平军将士，披长发，头裹红巾，打黄旗，从外表看就是一支太平军队伍，他们还根据当时敌我兵力对比强弱多寡悬殊的新情况，采取了两项应对措施：一是扩大骑兵，二是采取新的战略战术。 以运动战、长途奔袭战来对付在各方面均占据优势的清军，军事经验丰富的新首领赖文光决定抛弃过去的打法，一意从事运动战，将清军拖疲、拖垮、拖死，再寻机予以歼灭，并在实践中总结经验教训，不断提升将士作战效率和战斗力......经赖文光的精心打磨，新捻军早已脱胎换骨，很快就让参与围追堵截的清军领教了他们的厉害。
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zyr17
僧格林沁的精锐在1860年北京通州八里桥被英法联军扫光了，北方能打的都被打光了，曾国藩又不肯北上勤王，因为去了北方就算能打赢部队也回不去了，1864年曾国荃攻克天京。