日本这个国家，古代多数时候中央政权旁落，但各地藩主大体还是名义上服从天皇的统治。尽管中国元末明初的时候，日本也曾短暂进入过“南北朝”的阶段，但不论南朝还是北朝的天皇都是货真价实的正品，而且拥护双方的各藩在地理上也没有南北之分，处在一种相互掺杂的状态，这一时期的日本不能理解为两个国家。真正公然打出旗号，并与天皇分庭抗礼的还是十九世纪的虾夷共和国，日本也在这一时期成为隔津轻海峡分治的南北两部。

虾夷共和国的疆域相当于今北海道，与明治政府控制的本州隔海相望，其诞生的过程与加拿大颇为相似，加拿大是由北美独立战争中北逃的保王党组成，虾夷共和国同样是由戊辰战争中失败的“拥幕派”建立。不过两者的结局却大不相同，北美“独立派”和日本“倒幕派”建国之后均向北进攻，但美军却被加拿大打得落荒而逃，甚至白宫也被反推过来的加拿大民兵一把火烧毁；而虾夷共和国却在随后的战争中归于覆灭。

戊辰战争之前，日本已经由德川幕府统治了两百多年，累世承平而又暮气沉沉，与隔壁的大清帝国一样，幕府在应对骤然袭来的欧美冲击时毫无招架之力。

尤其美国东印度舰队佩里两度率黑船叩关，更让日本举国上下大为震惊，许多有识之士逐渐意识到再不结束幕府统治，日本恐有亡国之虞，于是这些人开始向天皇靠拢，并鼓动天皇废黜幕府，亲揽大权。彼时的天皇并无直辖军队，倒幕的力量主要来自萨摩、长州二藩，在时年十五岁的明治天皇支持下，萨、长二藩发动兵变，实行“王政复古”。

倒幕派要求德川将军“辞官纳地”，交出统治权，而后者则对应地发出《讨萨表》，以“清君侧”的名义向倒幕派展开进攻。双方军队在伏见、鸟羽两地遭遇，结果原本占据优势兵力的幕府军被萨、长二藩杀得片甲不留，德川氏狼狈逃回江户（今东京），准备据城坚守。

幕府的失败并非偶然，一方面是时代大势所致，另一方面是倒幕军队很早就进行了军事改革，尤其在英国的支持下购置大量新式武器，而幕府依旧抱着陈旧的武士传统不肯放弃。

在失败已成定局的情况下，幕府与天皇展开谈判，最终的结果是江户“无血开城”，也就是和平解放，而皇室在静冈为德川氏留下70万石的封地。

不过老话说“良言难劝该死的鬼”，在家主德川氏都已经决定投降的时候，幕府中的死硬分子仍旧不肯就此落幕。当时的幕府军虽然在陆上不敌萨、长二藩，但海军实力却不容小觑，尤其旗舰“回天号”更是当时日本最强的蒸汽巡洋舰。于是在海军将领等一众顽固分子的带领下，幕府残军四千余人北上占领北海道，妄图东山再起。

北海道气候寒冷，人口稀少，统治中心长期位于南端的函馆。为了抵御俄国对日本北方的领土企图，幕府曾在函馆附近修建西洋模式的星形要塞五棱郭，此时五棱郭就成为幕府残军力拒明治政府的大本营。

登陆北海道之后，残军一面加紧整修城防，一面向欧美国家寻求承认，甚至选举出了自己的总统和政府机构，对外称为“虾夷共和国”。不过明治政府显然不会容忍这样一个分裂势力的存在，于是一支8000人左右的北海道远征军旋即成立，目标直指函馆。

要攻克北海道，首先要渡过津轻海峡，单凭陆军的力量显然不够，而幕府海军又具备吨位优势，明治政府只能斥资从国外购买军舰。巨大的力量悬殊之下，幕府残军的失败已无可挽回，最终倒幕派以海陆协同的进兵方式逼降五棱郭，1869年，存在一百多天的虾夷共和国宣告灭亡。

明治政府对战败者的处置极为宽容，许多首领甚至后来在东京担任要职，而陆海协同的模式也被日军所继承，此后不论是甲午战争，还是日俄战场都能见到日军的此类行动。

此时清朝也开始意识到需要变革，但力度远不如日本，为二十几年后的甲午战争的结果，埋下了伏笔。