日军油轮的部署策略及其确切位置，对于整体作战行动而言，具有至关重要的影响。在栗田健男舰队抵达文莱湾后，补给燃油成为其两大核心军事活动之一，另一项活动将另外阐述。

栗田健男的舰队于10月20日接近文莱湾海域。上午9时18分，他下令舰队在港内锚地自主停泊。所有舰船均在11时至12时30分这一时间段内，顺利完成了驻港停靠。由于“八纮丸”号、“雄凤丸”号及其护航舰艇尚未抵达，栗田健男作出了灵活调整：命令重巡洋舰向驱逐舰提供燃油，同时战列舰向重巡洋舰输送燃油。其中，战列舰为每艘重巡洋舰补给约五六百吨燃油，而重巡洋舰则向每艘驱逐舰提供约200吨燃油。整个舰队总计需要约16000吨油料。

在“八纮丸”号和“雄凤丸”号抵达后，它们分别优先为战列舰“武藏”号和“大和”号补充油料，随后再为重巡洋舰“最上”号和“利根”号进行补给。整个补给过程于10月22日早上5时结束，约三小时后，日军舰队便启程离开。从表面上看，日军的行动似乎有条不紊，且舰船燃油充足。但实际上，若日军舰队选择通过圣伯纳迪诺海峡前往莱特岛，则需航行1400海里。尽管夕云级驱逐舰在理论上能以18节航速航行5000海里，看似足以覆盖这一距离，但在实际作战中，与美舰正面冲突时往往需要提高航速。因此，萨马岛和莱特岛几乎构成了舰队航程的极限。栗田健男在向联合舰队总部汇报时指出，若他的舰队希望在10月24日入夜前抵达莱特湾，航速必须维持在16节，且油料需剩余约五分之三。为确保舰队能在10月24日早晨准时抵达莱特湾，日军舰队必须加速至20节航速，但是，这一举措将直接导致舰队油料消耗过半，意味着在返航途中，舰队可能需要在科伦湾或乌卢甘湾进行油料补给。尽管栗田健男有能力调配额外的油轮，但一个不容忽视的事实是，其舰队已不具备在萨马岛和莱特岛相关海域执行高速作战行动的能力。舰队重新集结后收到了捷号作战的最终命令，在出发前的夜晚，栗田健男与高阶军官的会议。舰队定于10月25日早晨抵达莱特岛和萨马岛海域，执行预定作战任务。栗田健男的部队被拆分为两个独立舰队，其中他亲自指挥第一和第二部队，而西村祥治则指挥第三部队。第三部队实力相对薄弱，仅包括2艘战列舰、3艘重巡洋舰和3艘驱逐舰，将通过苏里高海峡前往莱特岛。与此同时，栗田健男的舰队则穿越米沙鄢群岛北部，经圣伯纳迪诺海峡抵达莱特岛。鉴于小泽治三郎的舰载航空兵损失惨重，已无法执行原定任务，转而承担诱骗美舰的职责。而志摩清英的游击部队则与小泽部队脱离，归入南西方面舰队，通过苏里高海峡进入莱特岛附近的作战区域。10月21日17时至20时，栗田健男与海军高阶军官在“爱宕”号重巡洋舰上举行了至关重要的会议，这是作战前的最后一次简报陈述。会议中，各阶海军军官对最终命令持不同观点，形成了明显的三派意见分歧。尤为令人惊讶的是，原本在夜战方面经过严格训练的打击舰队，竟在油料补给问题上陷入困境。更为现实的是，日军亟需搜寻并摧毁位于莱特岛附近的美军运输舰队及两栖登陆部队。但这一任务也被部分人士视为对海军尊严的损害，他们认为，海军追求的“决战”应是与美军主力舰队，即航母战斗群的正面交锋。针对这一疑虑，栗田健男将军在演讲中阐述了战斗细节，并给出回应。他深知众多官兵对此部署方案持有异议，但强调战事之紧迫远超众人想象。他指出，在国家危难之际，舰队完好无损却未能发挥作用，这无疑是莫大的耻辱。栗田坚信，本国大本营赋予了他们一次光荣的作战机遇，并明确表示，尽管战况严峻，他仍愿接受这一使命，即便意味着直捣莱特湾。他激励官兵铭记，世间存在奇迹，不应轻易放弃通过“决战”扭转局势的可能性。栗田强调，必须主动创造与敌人接触的机会，打击其特遣舰队。他要求官兵切勿轻视自身职责，坚信他们定能忠实履行使命，凯旋而归。此次演讲有效消除了官兵的疑虑，赢得了经久不息的掌声。实际上，日军陷入如此困境的原因不难理解，但在栗田健男的听众中，或许仍有少数军官心存疑虑。1941年，日本帝国海军凭借其航母与战列舰的卓越表现，一度被誉为当时世界上最强大的海军。然而，时至1944年，面对美军全面且压倒性的作战能力，日军已无力扭转双方力量对比的巨大差距。即便取得局部胜利，也难以对美军造成实质性影响。日军在最终作战计划中重组舰队，目的在于通过两支舰队分别穿越圣伯纳迪诺海峡与苏里高海峡，包围莱特湾并在此合并，形成战略包围态势。具体而言，西村祥治指挥的舰队被指过于谨慎，即便占据有利条件，其作战效能亦令人怀疑。特别是在穿越苏禄海这一美军陆基侦察机密集区域时，所谓的“天时地利”几乎不复存在。此外，栗田健男原有指挥权的分割，在人事管理和战术层面均显失当。尽管将“扶桑”号和“山城”号战列舰分离出去看似有助于提升舰队整体航速，但“长门”号战列舰的留存却成为新的拖累。西村祥治的战列舰自1942年起便承担训练任务，对于即将展开的舰队行动准备显然不足。因此，将其纳入主力舰队进行战略规划，缺乏充分依据。至于栗田健男舰队的完整性，则更令人费解。西村祥治的舰队在出发前才得知具体组成和任务，显然缺乏足够的准备时间。同时，西村舰队所配备的重巡洋舰和驱逐舰，在前往莱特湾的途中，难以有效应对美军潜艇和空中力量的威胁。类似的问题也存在于第16战队的部署中，该战队虽包含重巡洋舰“青叶”号等舰艇，但在面对复杂战场环境时，其作战效能同样令人担忧。轻巡洋舰“鬼怒”号与驱逐舰“浦波”号，连同另一未提及的舰船，于10月18日自林加岛锚地启航，为栗田健男指挥的编队提供伴航支持。同时，联合舰队司令部亦赋予其任务，即为驶向莱特岛的陆军运输舰群提供必要的海上支援。然而，战事进展并不顺利。10月24日，重巡洋舰“青叶”号在马尼拉海域外围不幸遭到美军潜艇“欧鳊鱼”号发射的鱼雷重创。紧接着，在10月26日，“青叶”号的护航舰艇也相继在美军舰载航空兵的打击下沉没，其中“鬼怒”号在马斯巴特岛附近海域沉没，“浦波”号则在班乃岛附近遭遇同样命运。

尽管这些舰艇的任务对协调两大军种间的行动至关重要，但有观点认为，若它们能留在栗田健男的舰队中，或许能在更为关键的战役中发挥更大作用，而非在次要任务中白白牺牲。志摩清英指挥的舰队同样面临着协同作战的困境。若西村祥治的舰队能作为诱饵，在栗田舰队穿越锡布延海、进入圣伯纳迪诺海峡时，有效吸引并牵制美军，则日军本无需另组诱敌部队。按日军常规战术，此任务仅需一定数量的驱逐舰即可完成。关于志摩清英与西村祥治两支舰队间缺乏协同的问题，外界普遍归因于两人性格不合，导致双方不愿相互配合。西村祥治不愿受志摩清英指挥的传言，更是加剧了这一矛盾。事实上，志摩清英的部队在战果上并未显著优于西村祥治的舰队。一旦西村舰队遭遇不幸，志摩舰队亦难以独自应对。此外，穿过苏里高海峡前往莱特湾的两支舰队之间缺乏协同，还可归因于西村祥治与栗田健男之间的配合失当。尽管两人为老友，但在战场上却各自为战。除确定10月25日早晨向莱特岛进发的时间外，舰队间再无其他有效沟通与协同安排。日军原计划将打击舰队派往萨马岛和莱特岛附近海域，这些区域频繁受到吕宋岛美军航空兵的侦察与打击。鉴于此，日军选择让主力舰队穿越锡布延海和圣伯纳迪诺海峡，次要舰队和诱敌舰队则通过苏禄海的部署方案，其是否可行，还存在很多疑点。有两种潜在的调整策略值得考虑：一是调整部署顺序，二是保持栗田健男舰队的完整性，并让其穿越苏里高海峡，同时让志摩清英的巡洋舰和护航舰艇挂靠其旗下。后者虽看似可行，但当栗田舰队于10月25日穿越圣伯纳迪诺海峡时，并未展现出比原计划更明显的优势。而颠倒部署则可能引发美军6艘老式战列舰在先进雷达辅助下，于更佳位置与日军7艘战列舰（含“大和”号与“武藏”号）的对决。在栗田舰队从文莱湾补充燃油、志摩舰队向南航行的过程中，美军方面存在两大关键因素。首先，美军侦察机虽在栗田舰队前往文莱湾途中发现了其踪迹，但侦察报告残缺不全，且被美军统帅部忽视，导致美军对日军打击舰队的具体位置一无所知。其次，这一情报疏漏并非偶然，而是由于美国海军情报部门对日军打击舰队行踪的完全不了解所致。随着美军成功截获并解读了日军无线电通信内容，其中明确提及了日舰离开台湾岛、停靠科伦湾及驻留文莱湾等关键行动信息，其特种侦察飞机迅速锁定并跟踪了日军舰队的行踪。1944年10月20日清晨，栗田健男指挥的日军舰队在文莱湾现身，此情况随即被美军侦察力量发现，并即时上报至总部。而日军方面也至少截获了9份涉及此侦察行动的报告，这些电报在瓦胡岛与阿德默勒尔蒂群岛的无线电站间传递，导致日军高层误认为其舰队行踪已完全暴露。

实际上，美军侦察报告中仅识别出1艘战列舰、3艘轻巡洋舰、3艘驱逐舰及6艘其他类型战舰，这份不完整的情报并未引起足够重视。美军方面似乎并未急于确认日舰的具体型号与数量，因此未增派侦察机进行进一步核查。实际上，第七舰队情报部门及其专业人员更为关注的，是此前派往文莱湾的侦察机为何未能按时传回侦察报告，明确告知日舰的具体位置或大致活动范围。尽管报告中关于日军舰队编制与规模的信息可能存在误差，但根据常识判断，日军舰队中至少应包含一艘战列舰。