清朝在统一全国的过程中，与准噶尔汗国的战争持续的时间最长，从康熙二十七年（1688年）开始，到乾隆二十三年（1758年）才结束，长达七十年。
康雍时期，清朝为了保护漠南、漠北、新疆、西藏和青海等地的安全，与准噶尔进行了多次大规模战争，比如三征噶尔丹、驱准入藏、和通泊之战，等等，可以说双方互有胜负。
雍正十年（1732年）正月，准噶尔大汗噶尔丹策零派遣小策凌敦多布率领三万精锐入侵喀尔喀蒙古，却大败于清军，几乎全军覆没。
经此一战，准噶尔元气大伤，被迫与清朝议和，刚好清朝也打得很疲惫，需要休养生息，于是双方达成和解，以杭爱山为界，同时划分了喀尔喀蒙古与准噶尔的游牧地边界，准噶尔继续向清朝称臣，清朝则恢复与准噶尔的贸易，即肃州互市。
此后，准噶尔与清朝的战争告一段落，转而全面发展农业和经济，国力因此达到鼎盛。
此后二十余年，准噶尔与清朝一直都很和平，但在乾隆二十年（1755年）的时候，乾隆帝却突然向准噶尔大举用兵，一举将准噶尔消灭。
不过，乾隆帝考虑到新疆的稳定，并未对准噶尔故土进行直接占领，而是将准噶尔汗国分为四个部落，分别任命了大汗。
如果不出意外，准噶尔将与漠南、漠北一样，成为清朝内藩，但仅仅两年之后，乾隆帝就再次对住准噶尔用兵，将其彻底消灭，并实施了恐怖的灭族政策。
乾隆帝为何要这么做？
其实，乾隆帝也是没办法，只怪准噶尔太作死。
一、准噶尔汗国的衰落自噶尔丹策零与清朝议和之后，他就专注于对抗沙俄的入侵，有时候还与清朝一起携手，守护了国土安全，这是准噶尔人在历史上的功绩。
但是，准噶尔的运气很不好，在乾隆十年（1745年）的时候，准噶尔爆发了非常严重的瘟疫，这场瘟疫持续的时间很长，无数准噶尔人死于瘟疫。
就连噶尔丹策零本人，也不幸感染上了瘟疫，于当年十月在伊犁去世，死时五十岁。
噶尔丹策零是准噶尔汗国最后一位英主，以他的死作为标志，准噶尔汗国开始走向衰落。
当时，噶尔丹策零一共有三子一女：长子喇嘛达尔札，次子策安多尔济那木札勒，幼子策安达什，以及女儿乌兰巴雅尔。
按照噶尔丹策零的遗嘱，由嫡子策安多尔济那木札勒继位，称阿占汗。
不过，阿占汗继位之后暴虐荒淫，不理政务，导致国家出现混乱，引起了准噶尔贵族们的不满，他们希望改立更贤明的喇嘛达尔札为大汗。
但是，准噶尔贵族们的谋划，被大策凌敦多布的孙子达瓦齐报告给了阿占汗。
于是，一场汗位争夺战就此爆发，阿占汗率军与支持喇嘛达尔札的准噶尔贵族爆发激战，最终阿占汗战败，喇嘛达尔札成为准噶尔大汗。
对于这个结果，达瓦齐和辉特部台吉阿睦尔撒纳都感到不满，首先，喇嘛达尔札是庶子，不是汗位最佳继承人；其次，二人被排除在核心决策层之外，于是二人打算推翻喇嘛达尔札，改立策安达什为大汗。
阿睦尔撒纳的身份可不简单，他是策妄阿拉布坦的外孙，他的母亲曾嫁给拉藏汗的大儿子，准噶尔入拉萨灭和硕特汗国之后，被改嫁给他的父亲，这才有了他。
不过，消息不幸走漏，喇嘛达尔札先发制人，杀掉了策安达什，达瓦齐和阿睦尔撒纳被迫率部逃亡至哈萨克。
乾隆十七年（1752年）年底，达瓦齐和阿睦尔撒纳带着一千五百名精锐士兵，沿着山间小道偷偷回到伊犁，通过买通内奸和突然袭击等手段，一举杀死喇嘛达尔札，由达瓦齐继承汗位。
至此，为了争夺汗位，噶尔丹策零的三个儿子全部被杀，但内乱并未就此停止，准噶尔早已人心不齐，贵族们只图自保，不愿意接受达瓦齐的领导。
达瓦齐继位之后，为了表彰阿睦尔撒纳，将塔尔巴哈台赐给他，同时对清朝继续表示臣服。
但是，阿睦尔撒纳野心极大，表面上对达瓦齐恭恭敬敬，实则暗中扩充实力，四处抢夺地盘，妄图取代达瓦齐。
达瓦齐
1753年，阿睦尔撒纳提出分辖准噶尔，遭到了达瓦齐的拒绝，于是出兵攻打达瓦齐，却反被达瓦齐击败，只得带着两万人投降乾隆帝。
那时候，清朝统一战争基本结束，唯独新疆没有纳入版图，阿睦尔撒纳的到来，让乾隆帝将目光投向准噶尔，他知道这是一个好机会。
于是，乾隆帝以超高规格接纳了阿睦尔撒纳，还册封阿睦尔撒纳为双亲王，而阿睦尔撒纳则向他解说了准噶尔内乱的来龙去脉，并报告了准噶尔的情况。
乾隆帝从阿睦尔撒纳处得知，准噶尔在经历了长久的瘟疫和内乱之后，实力大为削弱，其内部早已四分五裂。
并且，达瓦齐也是个荒淫无道之人，对内实施了残暴统治，所以天山南北人民纷纷逃走，或投奔哈萨克，或投降沙俄。
乾隆帝认为，攻打准噶尔的时机已经成熟，只需要拟定具体的计划就可以行动了。
二、阿睦尔撒纳的阴谋阿睦尔撒纳投降清朝，其实不是真心实意的，而是为了借乾隆帝的手铲除达瓦齐，从而为争夺准噶尔汗位创造机会。
阿睦尔撒纳
阿睦尔撒纳知道，清朝在对待其他蒙古部落的时候，比如漠南蒙古和喀尔喀蒙古，都没有采取直接占领的方式，而是继续用蒙古人治理蒙古人。
因此，阿睦尔撒纳认为，只要乾隆帝灭了达瓦齐，自己成为准噶尔大汗的机会还是很大的。
为了达到这个目的，阿睦尔撒纳有意引导乾隆帝出兵准噶尔，乾隆帝完全没有看出任何端倪。
最终，在阿睦尔撒纳的建议下，乾隆帝于1754年春天发兵5万、战马14万匹，分两路大军出征准噶尔。
北路军以班第为定北将军，阿睦尔撒纳为副，由乌里雅苏台进军；西路军以永常为定西将军，萨喇尔为副，由巴里坤向伊犁地区进发。
大军出征之前，乾隆帝做了充分准备，除了军事部署之外，还在民族政策上进行了反复推敲。
乾隆帝认为，既然卫拉特四部和西域人民都对达瓦齐的统治感到不满，希望早日回归宁静，那就以讨伐达瓦齐为借口出兵准噶尔，为此他亲自书写了檄文。
并且，乾隆帝还有针对性地制定了优待政策，只要投降清朝即可享受一定待遇，比如税负减免和保障游牧地，等等。
2月，清朝两路大军出发了，乾隆帝的策略取得了很好的效果，许多牧民都拿着食物和牛奶送给清军将士。
阿睦尔撒纳也起到了很大的作用，在他的劝说和感召之下，大量准噶尔贵族不战而降。
因此，在进军伊犁的一路上，清军几乎没遇到像样抵抗，就连达瓦齐身边的许多封建领主，也都临阵倒戈，投降了清军。
5月23日夜，清军夜袭了达瓦齐的大营，混乱之中达瓦齐只带着2000逃走，余部都投降了清军。
达瓦齐一路南逃，但越往南走，身边的士兵就越少，等他抵达天山以南的乌什时，身边只剩下70名亲信了。
乌什城的伯克（类似于土司）是霍集斯，霍集斯得知清军已经攻占准噶尔，就感到很害怕，为了不得罪清军，他诓骗达瓦齐入城，然后将其逮捕，派人送给了清军，不久又被转送到北京。
随着达瓦齐的被捕，准噶尔也宣告平定，正如阿睦尔撒纳所料，乾隆帝为了稳定新疆局势，并没有武力占领新疆，而是将清军主力撤回，只留下500人驻守伊犁。
但是，阿睦尔撒纳还是低估了乾隆帝，乾隆帝知道准噶尔人能跟清朝抗衡近七十年，根本不是省油的灯，为了防止一家独大，乾隆帝决定将将准噶尔一分为四，重设卫拉特四部，即所谓的“众建以分其势”。
具体而言，乾隆帝封车凌为杜尔伯特汗，阿睦尔撒纳为辉特汗，班珠尔为和硕特汗，噶勒藏多尔济为绰罗斯汗，四位大汗一起统治准噶尔汗国故地，接受清朝管理。
阿睦尔撒纳的目的是成为准噶尔大汗、卫拉特四部总汗，现在目的没达到，他当然不满意了。
事实上，为了夺取准噶尔汗位，阿睦尔撒纳早就开始暗中做准备了，在他出征准噶尔的一路上，就暗中招纳了不少准噶尔降兵。
等到清军从新疆撤走，阿睦尔撒纳就开始不穿清朝官服，不戴清廷所授黄带孔雀翎，不用清朝所颁官印，并启用准噶尔大汗旧印。
这还没完，阿睦尔撒纳还广结党羽，拉拢准噶尔贵族为己所用，并四处招兵买马，竟然招到了九千士兵，被他调遣到布鲁特、哈萨克边境，试图拥兵自重。
阿睦尔撒纳又故意制造舆论，说准噶尔上下都要推举他当大汗，于是他堂而皇之地上书乾隆帝，要求乾隆帝册封他为大汗。
到这个时候，乾隆帝这才完全意识到阿睦尔撒纳的野心，为此感到十分生气，于是以述职的名义诏令阿睦尔撒纳入京，准备借机将其除掉。
阿睦尔撒纳接到诏书后，为了争取时间，便跟着使者一起入境，等他抵达乌隆古河之时，得知同伙准备得差不多了，于是纵兵抢掠清军驿站粮草之后，一路狂奔回伊犁，将驻守在伊犁的500清军全部杀死，定边将军班第、参赞大臣鄂容安等人也都战死。
至此，阿睦尔撒纳正式公开造反，他自称准噶尔大汗，胁迫准噶尔贵族屈服，准噶尔汗国因此恢复。
三、乾隆帝的怒火阿睦尔撒纳叛乱的消息传来，乾隆帝怒不可遏，但让他没想到的是，更让他头疼的事情还在后面。
事情是这样的，清军出征准噶尔的时候，已经归属清朝的喀尔喀蒙古亲王青衮咱卜也在军中，是北路军的参赞大臣。
在与阿睦尔撒纳朝夕相处的过程中，青衮咱卜深受其反清思想熏陶，于是也产生了在喀尔喀蒙古独立建国的想法。
阿睦尔撒纳起兵反清之后，青衮咱卜也偷偷回到喀尔喀蒙古，他充分利用清军在平准战争中向喀尔喀人民强征兵马的不满情绪，鼓动人民跟着他造反，派兵袭击了清军的驿站，加入到阿睦尔撒纳叛军之中，史称撤驿之变。
至此，准噶尔的叛乱呈现扩大化的趋势，就连准噶尔汗国原来的属国哈萨克汗国，也选择支持阿睦尔撒纳。
这下子，乾隆帝就遇到大麻烦了，这一切都是因阿睦尔撒纳而起，他坐在金銮宝殿上，回想起准噶尔与清朝斗争的历史，一个可怕的想法浮现在他脑海，他决定彻底灭掉准噶尔，让准噶尔这个民族从地球上消失！
1755年9月，乾隆帝开始出手了，他做的第一件事情，就是重新册封卫拉特四部汗王，将亲近清朝的噶勒藏多尔济为绰罗斯汗，车凌为杜尔伯特汗，沙克都尔曼济为和硕特汗，巴雅尔为辉特汗。
并且，乾隆帝还大封准噶尔贵族，一共册封了19人为封建领主或者大臣。
乾隆帝此举是为了拉拢准噶尔贵族，稳定卫拉特四部人心，为即将进行得战争做好准备。
同样的做法，乾隆帝还用在了喀尔喀蒙古。
1756年2月，乾隆帝开始用兵了，他分两路大军攻打准噶尔的同时，让喀尔喀蒙古亲王、定边左副将军成衮扎布攻打青衮咱卜。
乾隆帝的这一次用人非常好，成衮扎布表现亮眼，采取军事和政治攻势相结合的方式，迫使喀尔喀诸汗、亲王归顺朝廷，青衮咱卜失去支持者，被迫逃往沙俄境内，却被成衮扎布追上逮捕，后被处死。
比较难对付的依然是阿睦尔撒纳，他很狡猾，见清朝大军压境，自己那点人根本不是对手，于是实施诈降计策。
阿睦尔撒纳究竟是如何诈降的，史书没有明确记载，但结果是他取得了清军将领策楞的信任，使得清军在将近一年时间里徒劳无功，这就给了他喘息之机。
在此期间，阿睦尔撒纳召集了兵力，同时积极联系哈萨克汗国，取得了阿布赉汗的支持，反过来攻打清军，清军遭受了不小的损失。
阿布赉汗
1757年2月，乾隆帝得知了前线情况，当即勃然大怒，将数万大军从新疆撤回，重新调整了军事部署，任命成衮扎布为定边将军，兆惠为定边右副将军，调集满洲、索伦、蒙古、察哈尔、吉林等处兵马，分两路大军再次征讨准噶尔。
清军来势汹汹，引起了阿睦尔撒纳叛乱集团的震动，他的许多亲信及被迫胁从者纷纷倒戈，甚至有人出兵攻打他，想要逮捕他之后向清朝请功。
于是，在清军抵达伊犁之前，准噶尔内部就陷入了混战，阿睦尔撒纳的势力大为削弱，只剩下几千人可以调遣。
恰在此时，瘟疫又在伊犁大规模爆发，这一次来得十分猛烈，人畜大量死亡，阿睦尔撒纳本人也感染上了天花。
无奈之下，阿睦尔撒纳只得带着率部进入哈萨克，寻求阿布赉汗的庇护，被阿布赉汗接纳，清军则不费吹灰之力就占领了伊犁。
至此，准噶尔再次平定，但乾隆帝却不打算收兵，而是下令出兵哈萨克，一定要抓住阿睦尔撒纳这个祸害！
四、恐怖的灭族政策清军占领准噶尔之后，没有像之前那样撤军而还，而是将主力驻扎在伊犁等地，另外派遣了一支数千人的部队进入哈萨克。
阿布赉汗见清军人数不多，于是派遣了一支军队前去抵抗，没想到刚一交手，就被清军打得毫无还手之力，他这才意识到乾隆帝这是要动真格的了。
为了不被灭国，阿布赉汗很识时务地派人告诉清军，表示愿意捉拿阿睦尔撒纳，并向清朝臣服。
经过多次磋商，清军决定护送哈萨克使者前往北京面见乾隆帝，递交成为清朝藩属国的国书。
在搞定清军之后，阿布赉汗开始着手对付阿睦尔撒纳了，但阿睦尔撒纳嗅觉很敏锐，意识到阿睦尔撒纳可能对自己下手，于是带着8名亲属连夜逃离哈萨克，投奔了沙俄。
为什么是沙俄？
早在1750年的时候，沙俄就对阿睦尔撒纳和达瓦齐进行了重金贿赂，让他们推翻喇嘛达尔札，然后取而代之，继而成为沙俄在准噶尔的代言人，帮助沙俄入侵清朝，蚕食清朝领土。
后来，阿睦尔撒纳和达瓦齐分道扬镳，之后又投降清朝，沙俄的阴谋因此落空。
等到阿睦尔撒纳反叛清朝了，沙俄就一直在关注准噶尔的局势，多次派人告诉阿睦尔撒纳，将会为其提供军事支援以对抗清朝，必要的时候可以为其提供退路。
只不过，乾隆帝为了避免沙俄介入准噶尔局势，对其进行了严厉警告，导致其没有给予阿睦尔撒纳以实际支持。
阿睦尔撒纳逃入哈萨克之后，沙俄仍不死心，与他保持了密切联系，最终促成他逃入沙俄。
阿睦尔撒纳来到沙俄之后，沙俄给他办了户籍，并为他提供了住所，还给了他一笔钱。
沙俄为何这么做？
原因其实很简单，就是以扶持阿睦尔撒纳的方式来威胁准噶尔的安全，继而在大国交往中增加谈判筹码。
乾隆帝当然清楚沙俄的意图了，于是数次与沙俄交涉，要求沙俄交出阿睦尔撒纳，但沙俄屡次借故拖延。
1757年9月，阿睦尔撒纳因天花去世，沙俄这才将他的尸体交给清朝，乾隆帝派人验明正身，确认其身份之后，这才长舒了一口气。
接下来，乾隆帝就要着手处理准噶尔问题了，考虑到准噶尔历代统治者都是假意归顺清朝，而且反复无常，多次降而复叛，还与外敌沙俄进行勾结，准噶尔各部首领也都是墙头草、见风倒，留下来迟早是个祸害，不如将其彻底灭掉。
再加上，准噶尔的地理位置十分重要，与沙俄和哈萨克接壤，是维护清朝国土安全的重要地带，必须掌握在清朝自己手里，不能再让准噶尔部继续留在这里了。
于是，乾隆帝在准噶尔实施了灭族政策，几乎杀光了准噶尔人。
平定阿睦尔撒纳后之乱
不过，当时准噶尔的 人口数量并不多，因为很多人都死于瘟疫和战乱，还有很多人逃到哈萨克和沙俄去了，被杀的人也只是十分之二三。
计数十万户中，先痘死者十之四，继窜入俄罗斯哈萨克者十之二，卒歼于大兵者十之三。除妇孺充赏外，至今惟来降受屯之厄鲁特若干户，缩设佐领昂吉，此外数干里间，无瓦刺一毡帐。
另外，还有不少人投降了清朝，比如前文提到的达瓦齐，他被俘之后就选择了投降，而且结局还不错，被封为亲王，并娶宗室女为妻，其部下也得到了善待。
不管怎么说，经过了乾隆帝的屠杀之后，准噶尔这个民族就此消失，只以准噶尔盆地这个名字继续被人们所熟知，幸存下来的人也不敢再称准噶尔人，而是以厄鲁特人自称。
准噶尔的灭亡，可以说是作死，它严重违背历史洪流，阻扰国家统一大计，还跟沙俄勾结，乾隆帝只得下死手了。
准噶尔灭亡之后，乾隆帝对其进行了直接统治，派遣兆惠驻扎伊犁，等到大小和卓平定，清朝取得全疆的控制权后，又设置了伊犁将军，并对新疆进行了行政划分，稳固了对新疆的统治。
