明清时，蒙古族活动于长城以北，东起黑龙江、西抵阿尔泰山的辽阔土地。按其游牧地域划分为三大部分：以瀚海为界，其南部被称为漠南蒙古，即内蒙古：北部称为漠北蒙古，即外蒙古；西部被称为漠西蒙古，即厄鲁特蒙古。其中漠南蒙古东部与后金接壤，与后金关系最为错综复杂，与后金斗争常年白热化，其中以察哈尔部为了确立在漠南蒙古霸主地位与后金的斗争最为激烈。清太宗皇太极通过一系列政治和军事手段最后击败察哈尔林丹汗，完成了对漠南蒙古的最后统一。

漠南蒙古自达延汗巴图蒙克之后，左、右翼蒙古就分成了互不统属的数个政治实体，其中达延汗的嫡系子孙掌握了察哈尔部，诸子则分掌诸部，如内喀尔喀五部（扎鲁特、巴林、翁吉喇、巴岳特、乌济叶特）、鄂尔多斯、土默特、喀喇沁等部落。各部之间自分家后，彼此互相攻杀，又与明朝不断战争，各部落处于衰弱状态。

而林丹汗（明人称“虎墩兔憨”）做为漠南蒙古察哈尔部的首领，按血统他是达延汗的嫡系子孙，诸部之中，唯独他奋然恢复祖先功业之志。他所掌控的察哈尔部在达赉逊汗（林丹汗的四世祖）时期，为了回避蒙古土默特部俺答汗，徙账于辽东。经过数代经营，“士马强盛，横行漠南”，成为漠南蒙古甚或整个蒙古部中最为强大的部落，“东起辽东、西尽洮河，皆受插要约”，威行河套以西矣”，其自称“统领四十万众蒙古国主巴图鲁青吉思汗”。

林丹汗不能满足蒙古现状，其部落实力又强，就开始利用武力开启了对蒙古诸部的统一战争。但是其在统一蒙古各部的过程中，政策极其失当，所过之处烧杀抢掠，逼得一些部落四处奔逃，“有宋康武乙之暴”。其为人有贪婪好货，对各部索求无厌。科尔沁部首领土谢图汗有一匹叫“杭爱”的名马，林丹汗只用一胄就想换取这匹名马，搞得土谢图汗敢怒不敢言。其后又以一胄换取阿鲁科尔沁部落马匹一千，此部济农大骂：“岂有一胄可值马千匹之理耶。是无故起衅，欲来侵我耳。”最后只得忍气吞声，送五百匹马了事。

林丹汗甚至纵容手下压榨所属部落。林丹汗纵容宠臣贵英恰霸占了兀鲁特首领明安的妻子，明安气不过，但确实实力不济，一怒之下只得出走，先投奔了内喀尔喀蒙古，再投奔后金。

林丹巴图尔

蒙古各部对林丹汗的作为十分愤怒，但以自身的力量又无法与察哈尔部相对抗，他们纷纷投向后金寻求庇护。而此时的清太祖努尔哈赤为了扩充自己的实力，对投向后金的蒙古封建主实行优待、保护政策，对来归之蒙古以礼相待，就比如说脱离察哈尔的兀鲁特部，归附后金后，努尔哈赤给予他们马二百匹、牛四百头，并配给兀鲁特贝勒园户、庄丁。

努尔哈赤的措施很明显挑战了察哈尔部统一蒙古的意图，引起了林丹汗的恐惧和嫉恨。他先于万历四十八年（1620年）对努尔哈赤发出军事威胁，自称四十万之蒙古国主，嘲笑努尔哈赤是水滨三万诸申之主，警告努尔哈赤不准取广宁城，否则就给他点颜色看看。

面对林丹汗的威胁，努尔哈赤丝毫不慌，于是写信“恶言以报之”。他在回信中道出了蒙古分裂的实际情况，所谓的四十万蒙古主仅仅是虚张声势而已，又毫不留情地大揭其短处，帮助林丹汗回忆过去的历史，从其祖宗被赶出北京，直到他数次失败，在最后希望林丹汗和其联合对付明朝才是“正途”。

林丹汗被努尔哈赤的回信气得恼羞成怒，遂逮捕使者，囚禁起来。努尔哈赤并没有理睬林丹汗的威胁，于天启二年（1622年）发兵攻克广宁，林丹汗慑于后金的强大并未轻举妄动，其威信大为下降。努尔哈赤遂与科尔沁、内喀尔喀五部建立军事同盟关系，林丹汗又一次怒了，他于天启五年（1625年）率部进攻科尔沁蒙古，努尔哈赤接到科尔沁的求援，立刻履行盟约，命莽古尔泰、皇太极等贝勒立刻率八旗兵5000驰援，察哈尔部兵仓皇逃亡。

后金形势图

就在天启六年（1626年），林丹汗又干出了一件失当的事，内喀尔喀蒙古背弃与努尔哈赤的盟约，努尔哈赤亲率八旗军八路疾驰攻打内喀尔喀蒙古，内喀尔喀部在后金的打击下遭到重创，林丹汗不仅不给予援助，反而趁人之危，兼并内喀尔喀部，“炒率其部宰赛西逃而依于虎，虎利炒人畜遂并之”。

林丹汗对抗后金落于严重下风，已经让其蒙古诸部中威望下降。其趁人之危的做法又让蒙古各部冷齿，内喀尔喀五部残余扎鲁特部和巴林部举部依附科尔沁，并最终归顺后金。至此，林丹汗陷入孤家寡人的处境，而后金在蒙古草原倒是威望日增。

皇太极即位后，为了能集中精力对明作战，决定先集中解决察哈尔问题，收伏漠南蒙古诸部。而林丹汗眼见在后金的干预下，不能征服左翼蒙古诸部以及成吉思汗诸弟部落，将锋芒转向西方，讨伐蒙古右翼土默特、鄂尔多斯、喀喇沁诸部，通过兼并人口，获得明朝市赏来增强自己的实力。天启七年（1627年），林丹汗西进，察哈尔内部发生二次分裂，敖汉部首领索诺木杜稜及塞臣卓里克图，“初皆服属于察哈尔，以林丹汗不道，天聪元年偕奈曼部长衮楚克率属来归”。

同年十一月，察哈尔部贝勒昂坤杜棱等人来归，向皇太极控诉林丹汗“背弃兄弟，败坏道统”。由此可见，林丹汗已经众叛亲离，后金大举进攻察哈尔部的时机已经成熟。

崇祯元年（1628年）初，林丹汗率部西进，遭到了右翼蒙古的强烈抵抗。右翼诸部被迫联合自卫，据喀喇沁部塔布囊给皇太极中的信声称在赵城（归化城，今呼和浩特）斩杀察哈尔兵4万，并击杀了察哈尔汗赴明求赏的3000多人（两项数据过于夸大），指出“察哈尔根本动摇”，并委婉地希望皇太极出兵拉自己一把，“如不发兵，亦由尔便”。

爱新觉罗​・皇太极

崇祯元年（1628年）二月，察哈尔的阿喇克绰忒部和多罗特部截杀后金派往喀喇沁处的使者。皇太极得知此信，怒不可遏，他召集诸贝勒，亲自领军，率精锐之师奇袭多罗特部。通过侦察得知多罗特部在敖木伦一带，八旗军疾驰前进突袭，多罗特部猝不及防，大败亏输，被俘获“一万一千二百人”。

同年五月，有从察哈尔逃出的古特塔布囊来到阿喇克绰忒部旧驻地敖木林游牧，截杀归降后金的蒙古人，于是后金派济尔哈朗、豪格率兵600讨伐，杀死古特塔布囊，“尽收其民”，俘获牲畜一万余头。《国榷》也记载了此次战役，所谓“插汉失利，杀伤万余人”。

崇祯元年（1628年）八月，右翼联军在艾不哈战役中被林丹汗击败，损失惨重，“西人皆望风溃”，林丹汗“更遣精兵骑入套，吉囊子孙皆俯首属之”。同月，右翼蒙古在此战前后派遣534人的大型使团来到后金求援，再次恳求皇太极出兵拉他一把，“为了汗之声名，请速率兵前来出征。此恶人之阴谋，是想与大明联合，以增强双方的力量。请汗降旨”。并称皇太极为“世界君主彻辰汗”，看来是真急了，不然不会写得这么肉麻。

一征察哈尔

崇祯元年（1628年）九月，在右翼蒙古的强烈要求下，皇太极下定决心讨伐林丹汗，他以盟主身份命令“西北降附外藩蒙古科尔沁国诸贝勒，喀喇沁部落塔布囊等，敖汉、奈曼及喀尔喀部落诸贝勒，令各率所部兵会于所约之地”。

九月初六，皇太极统八旗兵西征。十八日，敖汉部、扎鲁特部、喀喇沁部、奈曼部陆续率兵来会，惟有科尔沁部蒙古兵不见踪影。据笔帖式希福禀报，土谢图汗奥巴、满珠习礼等虽然已经率兵启行。但“自行侵掠”察哈尔，掠毕，然后再让军队与大军会齐。

爱新觉罗・皇太极

皇太极大为恼怒，让希福催促科尔沁兵前来。不待科尔沁兵前来。十九日，连夜进发。二十日早上，皇太极令大军突袭，“驰击席尔哈、席伯图、英、汤图四路，俱克之”，打了林丹汗一个猝不及防。二十一日，一直追到兴安岭。十月，返回沈阳。

回到沈阳后，科尔沁部台吉满珠习礼、巴敦率众前来会师，受到了皇太极的嘉奖，赐号为“达尔汉巴图鲁”和“达尔汉卓礼克图”。而土谢图汗奥巴被皇太极严厉斥责，惊惧不已，想要跑到沈阳谢罪，最后其罪行被皇太极赦免，重归于好。总而言之，崇祯元年（1628年）的这次征伐，“获人畜无算”，而皇太极则进一步确立了后金与蒙古的臣属关系。

二征察哈尔

崇祯五年（1632年），皇太极决定再征察哈尔，此次出征，皇太极是打算彻底解决察哈尔问题的。四月初一，皇太极命贝勒阿巴泰、杜度等人留守沈阳，亲率大军西行。大军至辽河，正值水涨，皇太极与诸贝勒、辎重乘舟而过，其余人马皆涉水而过，“凡两昼夜始尽”。十二日，皇太极大军抵达昭乌达，科尔沁、土默特、扎鲁特、敖汉诸部纷纷率军来会，此次满蒙合兵，可谓是声势浩大，约有10万之众，尤其是土谢图汗奥巴，吸取上次的教训，受到了皇太极的嘉奖，“土谢图额驸率来军士甚多，又不惜所蓄马匹”，蒙古诸部首领聆听皇太极谕旨，“皆叩首受命”，皇太极已然是漠南蒙古的最高权威。

四月二十二日，满蒙联军跨越兴安岭，直公古里河驻营，此地距沈阳已经有1200里。二十三日，从察哈尔部逃来一人，归附后金大营，他带来了一个消息，满蒙联军中有两名蒙古人带六匹马逃往察哈尔，向林丹汗透露了后金军的行动。林丹汗很是恐惧，慌忙带领“二牛以上可带之人”逃跑，“弃本土西奔，遣人赴归化城，驱富民及牲畜尽渡黄河。察哈尔国人，仓卒逃遁，一切辎重皆委之而去”。

面对新的情况，皇太极显然非常不甘心，只好先中止对林丹汗的追击，伤亡归化城休整。两天后，后金军遣哨抓住察哈尔兵4人，得知林丹汗的部众在喀喇莽鼐左界一带，皇太极再度决定深入抓捕林丹汗，但由于林丹汗转进过快，还是失败。值得一提的是，五月初九，清军至布龙图，清将劳萨在前行侦察的时候，率领7人遇到察哈尔兵近100人，竟然将察哈尔兵击溃，可见察哈尔兵在战斗力、组织力上远不如八旗军。袁崇焕谓：“虎带甲可数十万，强与弱，奴非虎敌；然奴百战枭雄，虎无纪律，乱与整，虎又非奴敌。”对察哈尔和后金的比较可谓是一针见血。

爱新觉罗・皇太极

据劳萨前出侦察带回消息，“言未见踪迹，察哈尔已遁去”，皇太极只好又放弃进击察哈尔的计划，并召集诸贝勒、大臣商议下一步行动计划，经过讨论，决定把大军开往明边，获取林丹汗遗留下来的蒙古部众，并伺机进攻明朝。

时至五月，经过一个多月的跋涉，后金军已经远离后方，发生了缺粮问题。五月十九日，皇太极命全军打猎，“军中粮尽，可以打猎”，缓解了军粮问题。

五月二十三日，后金军至木鲁哈喇克沁。皇太极命兵分两翼，左翼以阿济格为统帅，统领科尔沁、土默特、喀喇沁等外藩蒙古兵1万，往掠宣府、大同一带的察哈尔部民；右翼命济尔哈朗、德格类、多尔衮、岳托、萨哈廉等贝勒率兵2万往掠归化城一带的察哈尔部民；皇太极与代善、莽古尔泰一道统大军前往归化城。二十七日，皇太极进驻归化城。

后金两翼军队“西至黄河木纳汉山，东至宣府，自归化城南及明国边境所在居民逃匿者，悉俘之，归附者编为户口”。黄河一带的蒙古部民本来已经随林丹汗西逃，但由于一时不见后金军的踪影，又返回故土，不料后金军杀至，被俘获数以千计。值得批判的是，皇太极此次为了弥补长途远征，没有达成找虐目的的遗憾，不再像以前一样强调军纪，命“俘获者多，可携则携之。不能尽携，则任诸将酌行。……。旋师时，可纵焚其庐舍粮糗”。纵容烧杀之意明显。

六月，科尔沁部向皇太极奏报，称邻近边界的察哈尔部众逃入沙河堡内，皇太极致信明朝编吏，要其交出察哈尔部众。明朝官吏惊恐，只好将察哈尔部众320人，牲畜1440头交出，并将原本给察哈尔部的抚赏布帛6490件也交给了后金军。后金军在归化城一带焚掠，俘获“人口、牲畜十万有余”，给当地造成了巨大的破坏。六月八日，皇太极率军出归化城，以军事恫吓的方式与明朝边境官员展开议和并互市。七月二十四日，回到沈阳。

后金形势图

此次长途远征，历时三月，虽然没有抓住林丹汗，但察哈尔部丢弃了几乎所有辎重，被迫远徙，陷入瓦解绝境，林丹汗在草原的影响力至此消失。

三征察哈尔

面对后金的西征，林丹汗毫无抵抗之力，率领部落日夜西奔，向西藏方向逃窜。逃跑过程中，昔日漠南霸主察哈尔部七零八落，逗留逃散的“十至七八”，林丹汗属下民众所剩无几，在粮草用尽后，出现了“杀人以食”的惨剧。崇祯七年（1634年），林丹汗病死于青海大草滩。

崇祯八年（1635年）二月二十六日，皇太极命令多尔衮、岳托等人率兵一万，寻找林丹汗之子额哲等人的踪迹。大军行至西喇珠尔格地方，林丹汗遗孀囊囊太后率1500户归降后金，并告知了额哲部驻地所在。多尔衮一面派人将囊囊太后一行护送至沈阳，一面渡过黄河招抚河套地区的察哈尔残部。多尔衮军于四月二十八日到达鄂尔多斯托图里，并派人劝降额哲，驻于此地的额哲与其母苏泰太后听到后金军至的消息，亦率部归降，至此，察哈尔部全部被清朝收伏。此次用兵清军还意外地获得了传国玉玺，极大鼓舞了后金政权上下，皇太极称帝，改元崇德，建国号为“清”就与此事有密切关联。随后，多尔衮继续带兵攻略明朝山西一带。直至九月返回沈阳。

清太宗皇太极经过三次用兵，完全收服了以察哈尔为首的漠南蒙古，不仅增强了自身实力，还从对明战略态势上获得了更加有利的地位，至此，清军可以屡次绕到蒙古，攻略中原，明朝北部边防压力陡增，对明朝的国力产生了极大的消耗。