一、犯罪的定义和行为表现不同：

1、假药罪：是指生产者、销售者违反药品管理法规，生产、销售假药的行为，或者药品使用单位的人员明知是假药而提供给他人使用的行为。这里的 “假药”，根据药品管理法规定，包括药品所含成份与国家药品标准规定的成份不符、以非药品冒充药品或者以他种药品冒充此种药品、变质的药品、药品所标明的适应症或者功能主治超出规定范围等情形。

2、妨害药品管理罪：是指违反药品管理法规，有生产、销售国务院药品监督管理部门禁止使用的药品、未取得药品相关批准证明文件生产、进口药品或者明知是上述药品而销售、药品申请注册中提供虚假的证明、数据、资料、样品或者采取其他欺骗手段、编造生产、检验记录等情形之一，并且足以严重危害人体健康的行为。

二、主观故意的侧重点不同：

1、假药罪：主观上主要表现为有意制造或销售假药，行为人对于假药足以危害人体健康是有认识的，并且对此持希望或放任的态度。例如，明知药品成分不符合标准或药品是变质的，仍然进行生产、销售。

2、妨害药品管理罪：主观上是故意违反药品管理法规，但对于危害人体健康的结果，并不一定是积极追求的，可能是由于疏忽或者过于自信等原因，导致其行为足以严重危害人体健康。

三、犯罪构成要件不同：

1、假药罪：属于行为犯，只要实施了生产、销售假药的行为，就可以构成犯罪，不需要出现实际的危害结果。当然，如果对人体健康造成严重危害或者有其他严重情节的，以及致人死亡或者有其他特别严重情节的，会加重处罚。

2、妨害药品管理罪：属于危险犯，不仅要求有违反药品管理法规的行为，还要求该行为足以严重危害人体健康，才构成犯罪。如果未达到足以严重危害人体健康的程度，则不构成此罪。

四、量刑标准不同：

1、假药罪：处罚相对较重。生产、销售假药的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；对人体健康造成严重危害或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；致人死亡或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑，并处罚金或者没收财产。

2、妨害药品管理罪：处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；对人体健康造成严重危害或者有其他严重情节的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。