乱如鼎沸的新疆：外部势力纷纷插手 同治三年（1864），在陕甘回乱的影响下，新疆的回、维等族也纷纷举兵响应。几个月之内，各族武装暴动席卷了新疆绝大部分地区。各族的上层人物，也先后割据称王，对民众进行暴虐的宗教统治。
南疆排素巴特（今喀什伽师）屯垦回民金相印和柯尔克孜族头人思的克伯克更是勾引中亚浩罕国（今乌兹别克斯坦） 失势军阀阿古柏带数十残兵败将助攻喀什噶尔城。阿古柏趁机招兵买马，扩充势力，先后攻占库车、阿克苏等八个南疆重镇，旋即建立了所谓的“哲德沙尔汗国” ，自称“毕条勒特汗”，译成汉语即“洪福齐天大王”的意思。
同治十年（1871），阿古柏又挥军攻占了北疆的乌鲁木齐、吐鲁番等地。在新疆有商业利益的英国也趁机插手，赠给阿古柏大量新式武器，还与阿古柏签订密约，以换取所谓在疆 “治外法权”， 进一步染指这片广袤无垠、资源丰富的西域地区。（铁马读史头条号）一向对新疆怀有领土野心的沙俄也闻风而至，甚至直接出兵占领伊犁地区。这样，新疆的问题就由原先中国的内部矛盾和斗争，转变为中国反击英俄及其“白手套”阿古柏外部势力入侵的战争。
要海防还是要塞防？左宗棠战胜李鸿章清军平定肃州马文禄回乱吼，清廷命金顺、张曜率部西进哈密。同治十三年（1874），又命伊犁参赞大臣景廉为钦差大臣，督办收复新疆军务。但这一部署还未来得及具体实施，同治帝即一命呜呼，随后又因海防、塞防之争而中断。李鸿章认为：
“新疆不复，于肢体之元气无伤，海疆不防，则腹心之大患愈棘”《李文忠公奏稿·筹议海防折》。
他认为大清所面临的直接威胁均来自海上，因此要把有限的国防军费都用在海防上，而新疆地广人稀，大多是荒寂苦寒的大漠戈壁，很难派兵收复并戍守，因此竭力主张收回用于新疆的军费 ， 改作加强东南沿海防务之用。左宗棠则认为“二者并重”，而当务之急是必须迅速收复新疆，否则就是——
“自撤藩篱，则我退寸寇进尺......若新疆不保，则陕甘等地也将岌岌可危”《左文襄公全集·奏稿》。
在权臣文祥等人的支持下，清廷的实际掌权者慈禧太后采纳了左宗棠的建议，并在光绪元年（1875）三月，命左宗棠取代景廉为钦差大臣，全权督办西征军务。
左宗棠
烈士暮年彼时左宗棠已经年满63周岁，在当时已经是高龄老人了，左宗棠在写给儿子左孝威的信中说：
“吾年已衰暮，久怀归志；特以西事大有关系，遽尔抽身，于心未尽，于义未可......”《左公家书》 。
他决心不顾年老多病，不畏艰难险阻，率军西征，与沙俄、英帝国及其代理人阿古柏周旋到底。
当时用兵西域，比鏊兵内地各省，要困难千百倍。后勤方面，作为西征基地的甘肃，原本就是地瘠民贫、经济落后的地域，加上回乱导致战争不断，田地荒芜，人民流离失所，生产遭受严重破坏，自保都难，更别说为大军远征提供人力物力支援了。 这样，军队所需巨额粮草以及其他作战物资，必须从其他省份采购，再经过数千里的长途运输，才能运至哈密等地，这样一来，仅运费一项就让人瞠目结舌了。
经世致用的左宗棠居然解决了西征大军的粮饷难题而当时清廷内忧外患频仍，国库早已耗空，几乎无款可拨，而指望各省转来的协饷更是不易如数解到，再加上政坛新贵李鸿章等海防论者和其他满蒙大吏从中作梗，就使得每年必须筹集数以百万计的巨额军款成了异常棘手的难题。对此，左宗棠除了大力争取各省协饷外，又让胡雪岩向洋行筹借500万两银子，加上清廷拆东补西凑了200万两直接拨付， 广东、湖南、江苏等省先后解来300余万两协款 ，就有上千万巨款了。
在开源的同时，他还在节流上狠下功夫。除原有的河西走廊运输线外，左宗棠又开辟了北线，即在归化、包头等地采购军粮，再向西穿越茫茫草原，辗转运往新疆巴里坤等地，并允许粮商包运。这既加快了粮草转运速度，还节省了大量运费。他还在哈密等地实施屯垦，不仅有军屯还有民屯，大力促进了粮食生产，也解决了前线部分军粮的供给问题。
到光绪二年（1876），转运至前线及囤积的粮食多达4000万斤。与此同时，左宗棠整饬军伍，训练士卒，准备正式西征。
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