由于太平天国的兴起以及英法两国的入侵，清廷不仅在第二次鸦片战争中陷入两线作战，财政负担以及军事压力也更甚于第一次鸦片战争。那么困境中的清廷是如何抉择和求生的呢？
以一系列天津条约的签订为标志，第二次鸦片战争可以分为“第一次全面作战、换约作战和第二次全面作战”三个阶段。
1856年10月到1858年6月为“第一次全面作战阶段”，双方的交战地主要在广州。虽然此阶段中清军屡战屡败，但不仅朝廷未派出援军，两广总督叶名琛也没有调集自己辖区的军事资源以加强广州的防御。
现在有些人把这归咎于叶名琛的懦弱惧战，鸵鸟般的选择“不战”奢求英法主动放过，这其实很没道理。1854年“红兵大起义”期间，面对广州外围十几城的沦陷和数万叛军围城，叶名琛一点也不怂，不仅组织近十万清军平叛，他也在平叛期间获取“广州屠夫”的名号。
叶名琛选择不战的主要原因，是他对英法两国的目的产生了误判。
叶名琛认为英法挑起事端是为了以武力恫吓，实现“入城”的目的。他觉得只要自己像前任总督徐广缙那样，以强硬态度和贸易威胁（关闭粤海关）就能消磨掉英法的意志从而“不战而屈人之兵”。
注：《中英南京条约》赋予了英国派遣代表常驻通商城市的权利，但传统的礼教观、天下观让清朝官民普遍接受不了洋夷入城混居，条约签订后这一条款一直未得到执行。
战争初期，英法联军由于兵力不足，战斗规模不大、持续时间也不长，又让叶名琛进一步肯定了自己的判断。所以他才会向朝廷奏报广州“足敷防守”，所以他才不愿意求援或者集中两广地区的军事资源，为因平叛（太平天国）而捉襟见肘的朝廷节约资源。
朝廷方面的态度和叶名琛差不多，也不觉得英法是来攻城掠地的。而且在朝廷看来即便最终广州“不可守”，同意西夷入城就可以解决争端。
1857年12月广州沦陷，次年5月英法联军北上以及第一次大沽之战失败后，清廷才明白英法美俄等国的核心目的不是“入城”而是“修约”。现今会觉得各国的修约要求本身就是不平等和屈辱，但不见得当时的清廷也这么认为。
清廷的视角下，各国的修约要求和第一次鸦片战争后签订的南京、望厦、黄埔等条约没有本质区别。而且相较于组织军队收复广州，先不说能不能打赢，相关战争开销清廷也觉得比修约带来的直接损失要大。
所以“攘外必先安内”，还是先集中力量镇压太平天国和捻军更重要。
1858年7月至1859年10月为“换约作战阶段”，此阶段清廷对战争的态度可以说是“割裂”的。
原本随着一系列天津条约的签订，清廷和列强完成换约后，就可专心弹压内乱。但是咸丰还是难以接受“公使驻京”这一款，“夷人驻京，则中国为外夷所监守，自古无此体制，万不可行”。
这期间朝堂官员（主要为清流、言官）大多态度强硬，“臣不知进京之后，我皇上以何礼见之”。地方督抚则更多顾虑太平天国的压力以及震惊于咸丰开出的交换条件（豁免关税），希望皇帝以大局为重“暂缓宣布”。
最终“重新修约”的意见还是占了上风，其后清廷和列强（主要是英法）因修约谈判而关系持续恶化，并最终爆发第二次大沽口之战（此役英法战败）。但这并不意味着清廷在两线作战中的重心发生了变化。
首先，面对将要重新集结并北上报复的英法联军，清廷并未抽调大军参与防御，驻防大沽口至天津一线的清军总数不到两万人。与之对比，几年前为应对太平天国的北伐军，清廷几乎抽调了北方的全部机动力量，近二十万兵力。
这其中的原因有清廷的盲目自信，认为洋夷只能逞强于海上；有判断失误，认为洋夷只是恫吓施压 … 但也有清廷认为列强的“危害”远不如太平天国的原因。
其次，即便获取第二次大沽口之战的胜利，清廷也没有乘胜收复广州的计划。而且为了不让矛盾继续升级，清廷还在继续联系英法并希望他们完成换约（前提是同意去除公使驻京、长江通商等四款）。
最后，清廷在“第二次全面作战阶段”（1859年11月至1860年10月）的表现也证明他们在主动约束战争规模以及更在意镇压内乱。
1860年4月，英法联军再次占领舟山、芝罘、大连湾等地，清军基本没有抵抗，只是静待敌军自退。福山、金州等地相持时，清军也仅有千余。而同一时期为对付山东、河南的捻军，朝廷调动兵马动辄以万计。
整个第二次鸦片战争最奇特的地方是，英法联军将前线基地和兵站设置在“敌国”自控的领土 – 上海。两江总督何桂清并未否认自己的“见敌不战”，他奏报给朝廷的理由主要有两条。
一是，江浙地区的军队和军事资源全投入到南京一带太平天国战场，无兵在上海战守，开战必败。二是，一旦开战必绝通商、贸易。若关税全无，江南、江北大营的粮饷该从何处筹集？咸丰深以为然。
1860年英法联军欲北上大举进犯京津时，因怕太平军东进时无力抵挡，何桂清还联系英法公使商谈“借师助剿”。当年8月留在上海的英法军队（英军1300人、法军600人）也协助清军击退了太平军向上海的进攻。
1860年9月22日，得知八里桥惨败的咸丰出奔热河，10月6日京师沦陷。但清廷并未号召天下勤王，咸丰也未直接从太平天国、捻军战场抽调兵力，他只是传令部分督抚、将军募集练勇后“克日赴京”。
一方面部分督抚反因冷淡。如漕运总督袁甲三只派出一千二百人，曾国藩因镇压太平军吃紧直接无视了诏令。另一方面，咸丰对于“自告奋勇”的督抚也很冷淡，如咸丰就回绝了河南巡抚庆廉带兵勤王的请求。
这不是朝廷已失去纲常，约束不了封疆，而是顾虑着内乱。从咸丰拒绝庆廉的理由就可以很清晰的看出这一点，“捻逆一闻此信，乘机北窜，尤为可虑”。
所以第二次鸦片战争中，清廷一直未将英法等列强视为首要敌人，也不愿意把军事重心从太平天国、捻军转移到英法联军身上。
因为清廷清楚，太平军、捻军的目的是摧毁朝廷和夺取皇权，除了“你死我活”没有其它选择。而英法等列强的核心要求是更多的获取商业利益，而不是覆灭大清夺取皇权。因此两害取其轻时，清廷的选择是不言而喻的。
