袁崇焕假诏处死毛文龙后，虽然明知主帅蒙冤，但东江镇并未出现什么过激反应，更别说叛乱了。因为袁崇焕此举并不是意气用事，而是谋划很久了。
首先，对于毛文龙的死，东江镇大部分人（包括毛文龙本人）是有心理预期的。毕竟毛总兵在崇祯元年和二年干的事（相关详情可翻阅笔者前文），轻了说是挟兵自重，重了说就是心怀谋叛之意了。
其次，袁崇焕暴起发难后，迅速就安定了东江人心。
袁督师先是召集在岛（双岛）全体官兵，宣布罪只涉毛文龙一人，这就卸去了东江将士心理包袱。接着袁崇焕祭出了明末大杀器 – 发饷和加饷，他宣布将为东江官兵派双饷并补发了崇祯元年十月以来的欠饷。
注：崇祯元年由于毛不同意按勘合的28000人派饷（每兵一月银七钱、米一斛折银六钱），跟朝廷矛盾激化，十月明廷以东江需退还天启朝冒领的军饷为由开始扣饷。袁崇焕收编东江镇的条件之一就是把士兵月饷提高到1.4两（米不变）。
看似很简单的两手，却平息、稳定了东江上下的情绪。接着袁崇焕就在东江镇展开了后续布置，他将东江镇分成四协，分别由陈继盛（暂代总兵官一职）、毛承禄、徐敷奏、刘兴祚四人统领。
为什么这么做？因为毛文龙在任时东江镇就不是铁板一块，可分为四股势力。
最核心的是以陈继盛、张盘为代表的旧属军官势力；接着是以毛承禄、沈世魁为代表的亲属势力（包含部分义子）。这两派虽然都是以毛文龙为核心，但彼此之间却也泾渭分明，各种明争暗斗。
刘兴祚和刘兴治兄弟则代表着从后金那边叛逃过来的夷人派（包括投降的女真人），虽然势力不是最大但最受朝廷重视，也是东江各派里最亲近朝廷的。袁崇焕杀毛时，刘兴治就率部属在旁维持秩序。最后是处在最底层，以三顺王为代表的辽东难民们。
可以说袁崇焕准确的把握了东江镇原本的权力分布，他在维系东江内部平衡的同时也安插进了自己（辽镇）的势力。这样东江内部各派的矛盾冲突不仅继续被压制，而且被压制的更死。
所以袁崇焕接掌东江镇是相当顺利，除了原属下层的孔有德、耿仲明、李九成、李应元等将自请调往登莱，东江主力在两个月内就完成了核兵改制，比关宁军还快。
崇焕斩文龙，编制其兵，核实其饷，东江正可有为。乃身即被戮，毛兵亦无所依赖，自相屠杀，相率降清。论者又以此为崇焕之罪，不以为杀崇焕者之罪，至今尚纠纷不已，是用揭之。
《明史讲义》
正如孟森所言，东江之乱反而是始于袁崇焕下狱。
“己已之变”袁崇焕被捕后，由孙承宗接任其职。孙承宗不仅和刘兴祚是老相识，还非常信任刘兴祚。他让刘兴祚以东江副将掌管皮岛军务，还在军需、粮饷上各种倾向刘兴祚，这就打破东江镇内部原本的平衡。
崇祯三年正月，入关勤王的刘兴祚在永平附近被后金军伏杀。东江那边就开始谣传，刘兴祚又在“诈死”。陈继盛不仅不给刘兴祚报战殒和申请抚恤，还奏报朝廷其部属有不臣之心，“兴祚未死从贼，兴贤自奴中有书招兴治等，且兴治所领皆夷丁，大有可虑”。
注：刘兴祚兄弟在天启元年就有意降明，最初他们联系的是孙承宗，只是事未成孙就下岗了。崇祯元年九月刘兴祚诈死骗过后金高层，和刘兴治一起逃至皮岛。因为有“前科”，所以说他“诈死从贼”的谣传被不少人相信。
刘兴祚那特别“莽”的弟弟刘兴治，觉得与其坐以待毙，不如先下手为强。当年四月以给刘兴祚治丧的名义，将陈继盛骗至皮岛。然后假称自己奉蓟辽督师孙承宗密令，将陈继盛抓捕后斩杀，后续又连带处死其亲信上百人。
明廷知悉此事后，考虑的重点不是谁是谁非，而是怎么处理成本最小。最终在孙承宗的建议下，崇祯决定招抚刘兴治。六月孙承宗传令东江，实授刘兴治“东江前协副将”一职务并补发饷银。
叛乱反而被朝廷认可和嘉奖，此事对东江的震动更甚于毛文龙之死。既然朝廷不在乎是非，那为什么不能有样学样呢？
崇祯四年八月，原毛文龙亲信沈世魁（女儿是毛的小妾）、张焘等将领，以刘兴治麾下女真人欲叛乱为由起兵发难。事后刘兴治在皮岛的亲信、族人被杀尽。果然孙承宗知悉后并未多问，只是空降了黄龙任东江镇总兵。
黄龙为站稳脚跟需对抗沈世魁等人，而沈世魁也想挤走黄龙独控东江。所以他们不约而同的开始拉拢原居东江下层的难民派，并通过他们各种互相挖坑、斗争 …… 把东江镇搞得愈发混乱。
例如当年十月，都司耿仲裕（耿仲明的弟弟）率部属以索饷为名，包围了黄龙的衙门，将其腿打断并且割去耳鼻，好一番羞辱。次月，黄龙则在尚可喜的帮助下成功复仇，擒杀了耿仲裕一伙。
由于持续的内乱和火拼，让东江内部人人自危并觉得东江已无前途。当年闰十一月，孔有德在山东举兵后，不少将领就率部属脱离东江投奔了孔有德。如旅顺副将陈有时、广鹿岛副将毛承禄等等，东江镇的实力也因此大幅下滑。
最终黄龙也被迫离开皮岛迁往旅顺，东江镇在事实上分裂成了两个部分。而东江的分裂，后金焉有不利用之理？
崇祯六年五月，后金组织大军围攻旅顺。皮岛沈世魁坐视了旅顺的沦陷，最终黄龙率李惟鸾、项祚临、樊化龙、张大禄、尚可义等将力战殉明。最终沈世魁遂其所愿，被升任为东江镇总兵官。
但手里只剩五千多兵、地盘不及原东江一半的沈总兵认为斗争还不能停，黄龙的余党尚可喜还盘踞于辽南诸岛。
起初，黄龙想向袁崇焕、刘兴治学习，他召尚可喜至皮岛议事。如果尚可喜上岛，就随便罗织个罪名围而杀之。如果不来，就以不服军令上报朝廷定其死罪。如果尚可喜拖延，就断其粮饷。
尚可喜还有什么选择么？向朝廷告状，不说朝廷会不会搭理，这官司随便拖拖，断饷就能把他饿死。那么杀了沈世魁，自己掌控东江呢？不说能不能攻下皮岛，万一沈世魁逃脱，自己就是板上钉钉的叛逆了。
吾束发行间，海上立功，血战十余年，父母兄弟妻子先后丧亡，出万死一生，计不过为朝廷追亡逐叛，而妒功嫉能之人乃出力而挤之死地。今权归世魁，欲杀一营将，如疾风卷箨，特易易耳。大丈夫将扫除天下，宁肯以七尺之躯，俯首就戮乎！
《尚氏宗谱》
最终尚可喜学了孔有德和耿仲明，率辽南诸岛和数万军民降了后金。而东江镇也回到了最初，只剩皮岛一个孤岛，也实现了内部的安宁，享有了最后三年的平静时光。崇祯九年，后金阿济格率兵登岛，沈世奎被俘杀、东江镇彻底覆灭。
编者附：皮岛沦陷后，沈世奎的侄子沈志祥率部分部属逃出并汇集了皮岛周边残存的明军，但明廷已不想再复立东江镇。因为缺乏粮饷、支援等，这部分明军在一年内陆续降金。
