袁崇焕假托密旨，杀东江镇总兵官毛文龙一事。既是他被崇祯处死的罪状之一，也是其身上最大的黑点。那么明知自己行为严重擅权（事后他“席藁待罪”）的袁崇焕，为何又不顾一切的去做呢？
和不少朋友认为的不一样，袁崇焕并不是脑子发热后一意孤行，朝廷和崇祯对毛文龙之死其实早有心理准备。
天启七年四月，朝鲜方面向明廷报告了一个消息。有人看见五名满人护送一名大明使者，从蛇岛出发前往义州方向。五月份东江镇传出消息俘获金奸细五名，但缚送京师时只有四人，一名通事（翻译）被毛文龙下令处斩了。
朝中一时议论纷纷，不过并没有起什么大波澜，但到了崇祯元年七月十四日这事儿又被皇帝重提。在这次著名的平台召对中，崇祯除了许袁崇焕“封侯之赏”（如能五年平辽），还要求兵部调查毛文龙，“文龙献俘似或非实，前者冒饷亦多该部详查以闻”。
十天后，袁崇焕和阁臣钱龙锡入觐并汇报督师辽东的准备。崇祯再次提到了调查毛文龙，并赐袁崇焕尚方宝剑。就算崇祯没有把处置毛文龙之权下放给袁崇焕的意思，起码也能看出崇祯非常不信任毛文龙，为什么呢？
因为毛文龙是“阉党”。
毛文龙起于辽东巡抚王化贞的提拔，为报答知遇之恩，毛文龙终身未背叛或离弃王化贞。而王化贞因广宁惨败下狱后，为求一线生机投靠了魏忠贤，所以毛文龙也一并被打上了阉党的标签。
东江设镇之后，毛文龙并不愿意让地方（登莱）官员管辖东江镇并分润其军功，所以他选择投靠宦官，多次主动要求派遣宦官监军，也多次主动上奏为宦官邀功。
到天启朝，明廷的财政已严重入不敷出。为了满足辽东的军事需求，明廷只得拆东墙补西墙，通过缩减其它军镇以补辽东不足。至天启七年，明廷已累计拖欠九边军饷九百六十多万两。
所以为了多得军饷，毛文龙也走起了上层路线，主动讨好并以军功献媚于魏忠贤。跟魏忠贤搭上关系后，借着阉党的照拂，毛文龙又干起来了另一件非常危险的事 – 经商。
宋明两朝为压制武将，不给他们割据造反的机会。除了各种打压武将地位、拆解武将对军队的控制和指挥权之外，还不允许武将拥有地方财权，以便从钱粮上控制地方将帅和军队。毛文龙则“贷之朝鲜，通之商贾”，在东江镇组建了一个海上国际贸易网络。
不论毛文龙在此期间有没有和后金贸易、互通有无，其“自己动手，以足军需”这个行为本身对于明廷就已经是威胁了。
阉党不说，还手握兵权和财源，崇祯怎么可能会信任他？所以崇祯要求调查毛文龙的目的就很清晰了，至少是要让毛下岗走人（袁能成为蓟辽督师，主因是他的前任王之臣是阉党必须走人）。
不清楚毛文龙是否明白朝廷以及皇帝的心态，他的反应对于一个武将而言是致命的。
总兵官毛文龙复请释旧抚王化贞，极言化贞为辽人所执心，西虏亦乐于助顺。称引哥舒翰事，愿将海外历受官阶一一归还朝廷，以赎化贞之死 … 信赏必罚系朝廷操柄，毛文龙即使有功岂得代人赎罪 … 乃为失陷封疆之人求宥，藐视朝廷，是何法纪？念海外孤军姑不究
《明熹宗实录·卷八十八》
为了报答恩主王化贞，毛文龙在天启七年二月奏请以己功赎王化贞死罪。实权边将欲涉朝廷事，这一下就引起天启和朝臣的不满和猜忌。兵部尚书王永光等臣遂提出令毛文龙移镇近处，以便于朝廷督管（从皮岛移至旅顺或盖州）。
此时任辽东巡抚的袁崇焕也想合并东江镇的军力，遂派麾下二将赵佑、徐敷奏，至东江镇与毛文龙商议移镇事宜。结果赵佑被毛文龙以“招诱军民”为由斩于石城岛，徐敷奏逃回宁远。
毛文龙接着以旅顺参将李鑛（隶属东江镇）投奔袁崇焕状告于朝廷，并要求将李鑛和徐敷奏处斩，得到朝廷许可。（徐敷奏由于袁崇焕的活动后被赦免，皮岛斩杀毛文龙时，徐敷奏在一旁负责监刑）
虽然毛文龙在阉党的帮助下，在这次移镇风波中占了上风。但他却和朝廷结下了梁子，更重要的是也让明廷以及袁崇焕就此认为他是个难以合作和控制的悍将，这也为袁崇焕日后行激烈手段埋下伏笔。
崇祯元年正月，在清理朝中阉党的过程中，工科右给事中潘士闻、御史范汝梓等弹劾毛文龙吃空饷，崇祯命兵部勘合东江兵额并筹备移镇。此后由于兵部人员大调整，移镇之事被暂停，但崇祯明确要求毛文龙应受登莱巡抚节制，并核实东江兵马数额。
四月户部员外郎黄中色抵皮岛开始核兵，六月上报东江在册62000人，实有兵员36000余人。毛文龙辩称漏了周边岛屿的兵丁，“各岛兵丁精壮者合计实有十五万”。七月登州海防道王廷试二次勘合，上报实有兵员42000人，剔除老弱病残为28000人。
这一下就让朝廷、崇祯对毛文龙印象更差，移镇并让其下岗已成必然。但毛文龙不愿意效仿当年的戚继光，老实交权卸任。而是各种上奏自辩，这让崇祯愈发厌恶他。因此在任命袁崇焕为蓟辽督师后，就要求兵部和袁崇焕尽快处理毛文龙。
此时已察觉到形势不对的毛文龙，却选择了更为激进的方式来应对。
崇祯元年八月，因不满登莱巡抚孙国桢以28000兵额派饷，毛文龙率兵至登州夏家瞳上岸并砸了弹劾他的山东总兵杨国栋家的功德碑。对于此事毛文龙自辩为，率军出海（截杀后金）被大风吹到该地。
朝中无人相信大风一说，基本都认为毛文龙在故意示威，所以朝廷舆论也更偏重于尽快处置东江镇和毛文龙。
崇祯二年己巳春，毛文龙拥舟师掩至登莱，旌旗蔽海上，登人以为建兵至，皆大惊。文龙舣舟天妃庙，焚香而去，廷论益沸腾。
《山中见闻录·卷五》
为迫使毛文龙移镇交权，袁崇焕在崇祯二年初，出台禁海改道令，以掐断东江镇的财源。这釜底抽薪让毛文龙极其愤怒，不仅上疏力陈不可禁海改道，还于崇祯二年四月，率战船四十艘至登州并上岸炫耀武力。
无论毛文龙个人目的是什么，他在朝廷和皇帝眼里已经成为了必须以雷霆手段处理的不稳定因素。
辅臣钱龙锡为此一事低回过臣寓私商。臣曰：入其军，斩其帅，如古人作手，臣饶为也 ... 自去年十二月，臣安排已定，文龙有死无生矣。为文龙者，束身归命於朝庭，一听臣之节制，其能为今是昨非，则有生无死。无奈文龙毒之所积，殒及阙躬。
《蓟辽督师袁崇焕题本》
这也是袁崇焕跟钱龙锡商讨毛文龙之事时说，“入其军，斩其帅，如古人作手”的原因。袁崇焕并不傻、也不轴，他明显能感觉到朝廷和皇帝处死毛文龙之意已决。
六月初一，袁崇焕至双岛与毛文龙最后一次谈判，毛文龙依然不愿意移镇交权。对于此时的袁崇焕来说，朝廷有杀毛之意，皇帝已授他便宜行事之权，他也给了毛最后的机会。作为封疆需临机应变、当断则断，故斩之。
事后朝廷和崇祯的反应一如袁崇焕预料，对于袁崇焕的请罪疏崇祯批复，“毛文龙悬踞海上，糜饷冒功，朝命频违，节制不受。近复提兵进登，索饷要挟，跋扈叵测。且通夷有迹，犄角无资，掣肘兼碍。卿能周虑猝图，声罪正法。事关封疆安危，阃外原不中制，不必引罪”。
只是袁崇焕考虑的还是比崇祯少了一层。崇祯的“不必引罪”只是表示毛文龙有取死之道，并不是宽释袁的不请而杀。崇祯此时只是盯着“五年平辽”，干好了就既往不咎，干坏了再旧账重提。
