马占鳌投降后，河州三股回军势力仅剩西宁一股清同治十一年（1872）二月，左宗棠军经休整补充欲卷土重来时，获胜的河州回军却并不积极迎战，其首领马占鳌更是执意向楚军将领陈湜卑词乞降。原来马占鳌在击退楚军进攻后，竟听信谣言，以为西宁回军已经覆没，自己孤掌难鸣，遂率部向楚军缴械投降。左宗棠接受马占鳌的乞抚后，裁汰老弱，遴选精锐，将河州回军改编为三旗，以马占鳌为总督领兼中旗管带，马海晏为督标 右旗兼步队管带，马悟真为左旗马队管带。至此，河州（今甘肃临夏） 三大支回民暴动军势力仅剩西宁一支。
西宁回军首领马桂源、马本源，与灵州金积堡回酋马化龙一样，虽接受清廷招抚，出任西宁知府等要职，但对清廷阳奉阴违，暗中积蓄力量，不时与清军为敌，还曾出军救援马化龙。迫于楚军的压力，陕西回军残部在白彦虎、马生彦等头目的带领下相继从灵州、河州一带窜至西宁，使河湟回军声势日益壮大。
晚清老照片
平定河州后，楚军继续西征解决马占鳌等河州回军后，左宗棠遂决意继续西进，进攻目标是以马桂源、马本源、马文禄等回酋为首的西宁回军。1872年夏季，招抚河州太子寺回军后，楚军进攻西宁已无后顾之忧，左宗棠遂挥师西进。
七月，左宗棠由安定（今定西）移驻兰州。八月，刘锦棠率领从湖南新募之勇风尘仆仆赶至碾伯（今青海海东市乐东区碾伯镇），与先期抵达的兄弟部队会合。马本源听说马占鳌举太子寺降清，清军已将进攻的矛头对准河湟地区，也在紧锣密鼓地积极备战，从西宁地区撤出的回军，在河湟谷地各大小峡口、险隘构筑壕垒，据险坚守，所有的冲要之地均有回军扼守。
刘锦棠率楚军前锋昼夜疾驰，神速赶至大小峡口，却久攻不下，还折损了不少弟兄，左宗棠闻讯，奏调宋庆毅军、张曜嵩武军西援，二将奉命率部自陕北神木、宁夏南下，移驻、接防灵州等地，原驻防此地的老湘军提督谭拔萃遂得以率部西援刘锦棠，以壮刘军声势。
刘锦棠率军直趋河湟谷地，浴血苦战数月，终于擒斩马桂源、马本源，平定西宁回乱十月，刘锦棠、谭拔萃、董福祥等督军苦战，一举攻破大小峡口，回军死伤惨重，马桂源等趁乱逃逸，后辗转逃至巴燕戎格厅（今青海化隆回族自治县），西宁附近各零星回民武装无力抗拒，先后向清军投降。
老湘军（楚军）提督刘明灯带领杨生魁等率部继续追赶至大雪封山的巴燕戎格厅，见清军紧追不舍，马本源等仓惶逃命。 十月二日，刘明灯率军追上，将残回围歼一空，马桂源、马本源等回酋全部抓获。（铁马读史头条号）随后派兵将他们押解回兰州 ，经左宗棠等亲自“会讯录供”后，马桂源、马本源被凌迟处决，其幼弟马桢源也被“斩决”。
此后，马桂源虽然联络大通回军继续抗拒清军，但刘锦棠部骁勇善战，攻势犀利，双方鏖战两个月后，回军不是被围歼，就是溃散，缴械投降者亦不在少数，只有杀人最多、凶悍顽梗的陕回首领白彦虎、崔三等率两千余顽固分子趁乱逃脱。
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平定肃州，凌迟回首马文禄，彻底肃清陕甘宁青回乱金积堡、河州、西宁三大回军集团相继被镇压，甘肃东部成为老湘军较为稳固的后方基地之后，左宗棠就决定集中力量攻伐盘踞在西边的肃州（今甘肃酒泉地区）回军。
肃州，东距兰州千里以上，自同治四年（1865）爆发回乱后，以前清军小军官马文禄为首的叛回军就成功地阻抗住了乌鲁木齐提督成禄等军的数次进攻，并在接受“招抚” 的条件下，继续控制着肃州。同治十一年（1872），左宗棠派徐占彪率川军十二营西进，接连挫败回军，最终攻至距离肃州城仅三里的沙子坝。1873年又增派金顺的旗营等军与川军合力攻城。肃州城池坚固，虽被清军包围封锁，仍然久攻不下；且白彦虎陕回残军和割据新疆的回军头目派遣四千人也陆续入城助守，使马文禄、马文义的力量大为增强。
八月，左宗棠自兰州赶至肃州城下，亲自督战，清军信心大增，昼夜猛攻，马文禄见势不妙，派员出城乞降，左宗棠知其善变，不许，决计要斩尽杀绝。清军猛攻好几日，兵勇死伤500多人，肃州城仍未能攻破。九月，马文禄心知大势已去，竟独自出城到左营投降，而驻守城外的白彦虎陕回军已经先期西窜，后经嘉峪关、玉门、瓜州等地辗转逃至新疆哈密，除侥幸西逃的陕回军外，肃州内外的回军全部土崩瓦解。
清军入城后展开报复，将数千缴械投降的回军集中在一块围杀殆尽，城内部分回族居民也遭杀戮、抢掠，随后，主动出城投降的肃州回军首领马文禄也被凌迟处死。
老照片
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