沙普之乱并没有随着沙定洲和万氏的死亡而彻底平息，他们的残余势力依旧在云南地区顽抗。1648年，清朝在吴三桂的请求下，授予了王朔土司印信，允许其控制滇南地区，试图以利益交换土司对中央的服从。然而，当云南传出吴三桂在贵州病亡的消息时，王朔再次掀起叛乱，急需回防的吴三桂一举歼灭了王朔及其残余势力，沙普之乱才终于告终。
明末全国各地叛乱四起，云南土司的动荡尤为引人注意，其中最有名的就是沙普之乱。普名声的野心在天启元年战胜奢、安之乱后愈加膨胀，1632年，普名声开始在维摩州（今云南文山州丘北县）袭扰各县，并大肆修建防御工事，逐步扩张势力。他的势力范围极广，北起广南，南接交趾，西至元江，东至广西。随着中央政府的无力应对，普名声自立门户，甚至想要替代黔国公家族，成为云南的新土司霸主。
虽然朝廷曾下令镇压普名声，但其叛军势力庞大，云南巡抚王伉、黔国公沐天波等人的镇压行动成效甚微，普名声持续肆虐。直到普名声中毒身亡后，其妻万氏大权在握，但终究势孤力单，为稳固自己的地位和扩展势力，她找到了安南长官司土司沙定洲联姻，沙定洲遂成为其军师，两人联合称雄于滇南。
值得一提的是，沙定洲与万氏的结合不仅是一场政治联姻，更是为了彻底实现普名声未完的野心。继承普氏的势力后，沙普合流似乎成为滇南的新主人。沙定洲不但企图统治云南，还贿赂北京，妄图替代黔国公沐氏，世袭云南总兵之位。其野心远超普名声，沙普之乱混乱局面日趋复杂。
1646年，孙可望、李定国率领大西军南下，在平息云南各土司之叛的名义下，师出有名。云南明军陷入多方夹击，无力应对沐天波手下李大贽的骚扰和土司叛乱，而土司兵力被调集入昆明，最终导致了昆明的陷落。沙普之乱中的沙定洲抓住时机，在昆明城下蒙蔽黔国公府，短时间内控制了昆明城，并向四周扩展，几乎统治了整个云南的南部。
1659年，吴三桂亲率军队回收云南。随后，清朝采取分化滇南土司势力，制造矛盾，巩固对滇南的控制。通过一系列的改土归流措施，土司的势力逐渐被削弱，中央政权对地方的掌控能力不断增强，云南的动乱局面得以逐步平息。
沙普之乱不仅摧毁了云南自朱元璋时期延续下来的沐氏统治，还为孙可望等一代枭雄提供了机会，促成了孙可望控制云南，最终使得清朝才得以在稳固云南的基础上完成全国统一。
这场叛乱的背后，是中央政府与地方土司之间权力和资源的博弈，也是云南地方势力对世袭制度的抗争和反叛。叛乱的平息再次说明了中央集中力量，各地协同作战的重要性，为后来的统治者提供了反思与借鉴。
