明朝正统十年，一位叫叶锡的人以进士身份履新吴县，担任该县知县一职。吴县位于当时的江南富庶之地，经济繁荣，商贾云集。本来，知县这样一个肥差让叶锡感到十分得意，然而几天后的一桩惨案让他的心情很快沉重起来。
事件发生在那年八月，骇人听闻的消息传来，在苏州城南泮环巷的沟渠中发现了一具男尸。勘验尸体后，仵作确定死者为他杀，颈部有明显的刀伤。更为关键的是，死者身份被确认为常熟商人张连仲。知县叶锡随即展开调查，决定将案件的焦点放在死亡现场附近的如意庵和凤池庵，以及周边居民身上。
泮环巷是一个人烟稀少的地方，附近只有十来户人家和两个尼姑庵。经过盘查，发现如意庵中的一名为妙真的年轻尼姑失踪，被定为案件的头号嫌疑人。然而，实际情况却是妙真在案发当天并不在庵中，而是在城外的高姓人家做法事。叶锡虽派人调查但无果，正巧妙真归来被捕，审讯时她因受到莫须有的指控而惊慌哭泣，否认了所有罪名。
尽管妙真极力否认，关键证人陈敏生、朱阿四以及松月三人却一致作证，指认她在案发当日与张连仲有接触，更声称妙真为财谋杀。与此同时，搜出来的证物也一度让案情趋向明显，财物确实于如意庵中被发现，使得她的嫌疑几近铁板钉钉。
然而，反复推敲下，叶锡觉察到事情并没有表面那么简单。一切看似太过顺利，且三位证人所承认的罪行对他们个人不利且极不合理。谜团密布，隐藏在案情背后的真实情况到底是什么？
为了更进一步核查，叶锡决定立即秘密监视整个泮环巷，重点包括如意庵与凤池庵。在这期间，监视的衙役发现了陈敏生、朱阿四和松月三人在凤池庵内的庆祝场面——揭示出这庵内暗中进行肮脏勾当的真实内情。泮环巷潜藏的危机渐渐浮现。
事情的真相最终大白于天下。发现尸体不久前，张连仲曾在途经凤池庵时进庵拜佛，却在此地惨遭朱阿四、松月及陈敏生的合谋劫杀，财物被洗劫后尸体抛弃沟中，财物则埋于如意庵以栽赃妙真。经过突击查证，证据链条校核无误，将假谋的事实真相水落石出。
最终，妙真无罪获释，因嫌犯供认不讳而恢复清白，本案张连仲被谋害的真凶朱阿四、陈敏生和松月也严判落网，得到了应有的法律制裁。这起案件既是对官吏细致公正执法的典范，也是明清时期复杂社会背景下法律体系较弱的真实写照。而知县叶锡在这起大明奇案中的表现可谓智慧卓绝，极力证明了冤枉你的人才知道你有多冤枉的真谛。
