离开深灰市后，小智一行人来到了月见山，在这里救下了被一群超音蝠袭击的深灰科学博物馆的研究员李科，李科带领小智进入月见山山洞去寻找传说中能加强宝可梦力量的月之石。
在洞窟深处，小智等人发现了一只持有月之石的皮皮。正当小智准备收服皮皮时，李科劝阻了小智，表示希望给他们一个平静的生活环境。
小智等人跟随皮皮进入一处神秘的洞窟，见到了聚居于此的大量皮皮。与此同时，火箭队三人组再度出现，并夺走了月之石。
小智他们追击火箭队，双方僵持不下时，皮皮们使用了神秘的招式挥指功，爆发出惊人的力量将火箭队击飞，同时一部分皮皮借由月之石的力量进化成为了皮可西。
李科被此情境感染，决定留在月见山与皮皮们一起生活，告别了李科和皮皮们之后，小智一行人离开月见山向下一个道馆所在地华蓝市进发。
以下为第6集出现的宝可梦第31只宝可梦：超音蝠，图鉴编号041。
第32只宝可梦：派拉斯，图鉴编号046。
第33只宝可梦：海星星，图鉴编号120。
第34只宝可梦：皮皮，图鉴编号035。
第35只宝可梦：皮可西，图鉴编号036。
