北宋末期，北宋朝廷已变得非常腐朽。宋徽宗在位时，蔡京迎合皇帝奢靡的本性，提出了个"丰亨豫大"口号，要把京城的宫殿装修到前所未有的富丽堂皇的程度。为此，他们下令征集天下的奇花异石运到开封，以装饰宫殿，构建园林。
为了更好地采办花石，朝廷特意设立了"应奉局"，专门在东南各地搜刮花草竹木和珍稀物品，由朱耐主管。这是出产花石多的地方，朱勤就越会卖力地搜刮，这里的百姓也就遭殃最重。
睦州青溪（今浙江淳县）一带，出产各种花石竹木，应奉局常常派差人到那里，搜刮花石。老百姓家里只要是有可供赏玩的东西，都会全部被他们强行征收，即使是已经建好的，拆屋毁墙也要收走。朱動和他手下的人还经常借机敲诈，弄得当地许多人家破人亡，倾家荡产，引起极大民愤。应奉局把搜刮来的花石和财物，用大船装运到开封，每十船为一纲，称为"花石纲"。
方腊的家就在清溪一带，他家里有个漆园，平时靠这个园里的出产，日子还勉强过得去。朱耐办了花石纲以后，方腊家也常遭到勒索。方腊恨透了这些官府差役，他也看到当地农民受尽花石纲的苦，对官府怀有强烈的不满情绪。方腊开始在当地组织摩尼教。这个教派是波斯人所创立的，很早就传到了中国，是民间比较流行的一个秘密宗教。该教的教义是"光明一定能战胜黑暗"，所以又称为明教。它主张"是法平等，无分高下"，信教者都是一家，同时还主张吃素断荤，节省钱财，在教友中实行互助。
摩尼教的主张非常符合当地群众的愿望，再加上方腊本人不辞辛苦到处传教，由此聚集了很多信教者，这些人后来成为他日后发动起义的主要力量。
宣和二年（1120）十月的一天，方腊和教中骨干正在秘密商量起义的时候，不想走漏了风声，被当地的大地主方有常知道了。方有常听说方腊要谋反，非常害怕，就让人将方腊他们关在谷仓里，然后跑向官府去告密。方腊在摩尼教徒的帮助下，很快逃出谷仓，并杀了方有常一家。
之后，方腊在漆园召开誓师大会，他说："我们老百姓耕种纺织，成年累月地艰辛劳动，生产出来的粮食与布匹，却被皇帝与官老爷全部抢去，供他们挥霍享受。官府稍不满意，就鞭笞虐待我们，甚至随意处死我们。我们怎么能够忍受这样的不公平？如今赋税沉重、贪官污吏还在加重盘剥，我们的日子都已经过不下去了，可是皇帝和官老爷们仍在用我们的血汗过着声色犬马、穷奢极欲的生活。我们整年都在艰苦地劳作，可是老婆孩子还是要受冻挨饿，我们已经活不下去了。大家说说我们该怎么办？"聚集在漆园里的人们一时群情激愤，都一致表示愿听方腊的命令。方腊看到时机已经成熟，于是宣布举行起义。
东南地区的老百姓早就受够了"花石纲"的严重侵扰，一看到方腊举起义旗，纷纷响应，不到半个月的时间，方腊就已经聚集了几万人的队伍。方腊利用朱勤在当地引起的巨大民愤，鲜明地打出杀朱励的旗号，更是为起义军聚拢了大量的人气。
起义军尊称方腊为"圣公"，改元"永乐"，军中将帅分为六等，用头上扎戴的红巾等各色头巾作为标志，建立起了政权。起义军在青溪县息坑（今浙江淳安西）全歼两浙路常驻宋军五千人，随后，乘胜进取青溪县，俘获县尉翁开。十二月初，起义军攻克睦州，占据寿昌、分水、桐庐、遂安等县。不久，又向西攻下歙州，东进攻克富阳、新城，直扑杭州。杭州是两浙路的首府，也是花石纲采办的指挥中心之一，聚集了大批官吏和富商。二十九日，起义军攻入杭州，杀死两浙路制置使陈建、廉访使赵约，知州赵霆逃走。积怨已久的民众在杭州发掘了蔡京家的祖坟，将里面的骸骨全都挖出来以发泄心中的愤怒。
起义军浩大的气势吸引了更多的人参加进来。苏州的石生、湖州（今浙江吴兴）的陆行儿等人也纷纷领导当地农民，参加起义。台州仙居县吕师囊、衢州郑魔王等领导当地摩尼教也秘密组织起兵响应。湖、常、秀等州农民也组织起来，准备攻打州县。各地农民只要望见义军的旗帜，听见鼓声，就会跑来迎接，向起义军送钱送物。
东南地区经济富庶，那里一乱，就相当于是断了宋王朝的经济命脉，宋徽宗非常惊恐，赶快派童贯带领十五万官军前去镇压。童贯知道是花石纲在当地引起的民愤太大，到达苏州后，立刻用宋徽宗的名义下了一道诏书，向民众承认错误，并且撤销了专办花石纲的"应奉局"，把朱耐父子撤职查办。
另一方面，童贯加紧部署镇压起义的兵力。宣和三年(1121）正月，童贯分兵两路，由王禀、刘镇等分别率领，向杭州和歙州进发，企图在睦州会合。
同年正月，方腊率领起义军主力南征，相继攻下婺（今浙江金华）、衢（今属浙江）两州；另有一部起义军北上攻克宣州宁国县（今安徽宁国西南），进围广德军（今安徽广德）。这样，起义军占领了包括今浙江省全境和安徽、江苏南部、江西东北部的广大地区。在方腊南征的同时，他派遣方七佛领兵北伐。方七佛攻下崇德县后，进围杭州东北的秀州（今浙江嘉兴），并分兵进入湖州（今浙江吴兴）境内。结果在这里碰上了王禀率领的东路宋军，方七佛不敌，退守到杭州。
秀州之战失利后，起义军占领的杭州失去屏障。二月，宋军包围杭州，虽然起义军坚持苦战，但终因粮尽援绝，被迫退出。杭州失守后，形势开始发生逆转。三月初，起义军曾再次向杭州进军，但也未取得胜利。而宋军方面先后攻陷歙州和睦州。四月初二，衢州也落入宋军手中，起义军将领郑魔王被俘。
方腊带着起义军退守青溪，不久青溪县也失守，方腊领军退到帮源洞。各路宋军在帮源会合，将其层层包围。帮源洞地处山谷深处，官军虽然很多，但不知道山路，没法进攻。不幸的是，起义军里出了奸细，给官兵引路，虽然方腊率义军奋起抵抗，但最终还是失败了，一共有七万多人被杀。方腊和他的妻子邵氏？儿子方亳、丞相方肥等三十多人被俘，押往汴京。
方腊一家被押到汴京后，宋徽宗想诱使方腊归顺朝廷，被方腊拒绝，并当面痛骂宋徽宗荒淫无道。宣和三年（1121)八月二十四日，方腊和其他三十多名起义军英雄在大风雨中慷慨就义。
方腊被俘后，起义军各部继续转战浙东各地，直到宣和四年三月，才完全被宋军镇压下去。
方腊起义准备充分，发展迅猛，给北宋统治造成了沉重打击，而宋军在平息农民起义的时候，烧杀抢掠，没有节制，更使北宋朝廷从此一蹶不振。
北宋初年，宋太祖和宋太宗进行了二十多年的统一战争，终于结束了五代十国的分裂局面，人民生活逐渐安定。但就在这个时候，却发生了大规模的农民起义，其中的原因值得深思。
宋太祖为了安抚交出军权的功臣，鼓励他们去兼并良田美宅，这一措施助长了土地兼并。到太宗时，富人拥有一眼望不到边的大片田地，而穷人却已经没有立锥之地了。另一方面，"古者刻剥之法，本朝皆备"，五代十国的各种搜刮名目在宋朝不仅没有减少反而有新的种种赋税强加到民众头上。富人们过着"斗鸡破百万"的奢靡生活，穷人却吃不饱穿不暖，贫富差距巨大。
