秦琼出生于隋朝大业三年（公元607年），齐州历城（今山东济南）人。家族世代为官，父亲秦彝曾任齐州刺史，因此秦琼自幼便接受了良好的武术训练和军事教育。秦琼年少时便展现出了过人的勇气和武艺，深得父亲的喜爱和器重。他勤奋好学，武艺日益精进，为日后的军事生涯打下了坚实的基础。

隋炀帝在位时，政治腐败，民不聊生，各地纷纷爆发起义。秦琼投身于隋朝军队，初任骑兵小校。他骁勇善战，很快得到了上司的赏识，屡次在战场上立下战功。公元617年，秦琼在河北地区参加了瓦岗军，成为了瓦岗军的重要将领之一。在瓦岗军中，他多次率军击败隋军，赢得了“万夫不当之勇”的美誉。然而，随着瓦岗军的内部矛盾和李密的失败，秦琼的处境变得日益艰难。

瓦岗军失败后，秦琼投靠了河北的另一支起义军领袖窦建德。在窦建德的麾下，他继续展示着军事才能，多次率军出征，取得了辉煌的战绩。

公元621年，窦建德在虎牢关被李世民击败，秦琼随后投降了唐朝。投降后，他受到了李世民的重用，被任命为右武卫将军，成为李世民的心腹重臣。公元626年，唐朝发生了玄武门之变。在这场政变中，秦琼坚定地支持李世民，并参与了行动。最终，李世民成功夺取皇位，即唐太宗。

秦琼晚年因长期征战而积劳成疾，身体逐渐衰弱。公元638年，他在长安病逝，享年62岁。唐太宗闻讯后深感悲痛，亲自为他主持了隆重的葬礼，并追封他为谯国公以表彰他对国家的忠诚和贡献。