公元1762年，乾隆皇帝彻底平定了西域地区大小和卓的武装叛乱势力，控制了西域，对于西域地区取“故土新归”之意，命名为新疆。清政府对于新疆的统治采取划区而治的方略。其中，在乌鲁木齐以东地区采取与内地一致的郡县制，由中央直接统治，选派地方官进行治理，对于当地的王公贵族仍然给予经济、政治上的特权。这一地区实行郡县制的理由，首先是东路的大部分地区从前凉起就曾经实行过郡县制。其次是东路的地理位置离内地最近，回、汉文化比较兴盛。三是东路的居民也大都是内地的汉族移民，根据《中国移民史》有关记载，到20世纪初期，东路的汉族、回族移民占据人口70％左右，因此，在乌鲁木齐以东地区实行郡县制可以说是上应天时，下顺民心。

在哈萨克等游牧民族游牧的牧区和和今天吐鲁番地区的维吾尔族聚居区，清朝则实行与喀尔喀蒙古地区一致的札萨克制。因为这些地区的维吾尔领袖曾积极支持清朝对于新疆收复，作为赏赐，清朝对其采用了和对待蒙古王公一样的制度，给予其充分的自治权，使其成为大清帝国治理新疆的重要协助者。而新疆的南路，也就是我们今天的南疆地区，则实行独特的伯克制。伯克在维吾尔语中是”首领”的意思。清朝以伯克为官，在伯克前面冠上各种维吾尔社会原有的官职，并对伯克规定了从三品到七品的官阶。这些伯克代表清朝统治维吾尔社会，管理社会的方方面面，为了让他们能维持治安，清朝还允许其设置一定数量的”回兵”。除了给予政治特权，清朝还给予这些维吾尔贵族以经济特权，清朝按照伯克官阶的高低给予一定的职分田和专属佃户，另外每年还发给阿奇木伯克当地的头人俸禄。清廷在新疆地区的驻军以少而精为特征，驻防总兵力不过三万余人，且主要驻防在帅廷附近根据《清实录》记载：”伊犁为将军帅庭，故驻兵尤多。有满洲、蒙古八旗官兵，有锡伯、索伦、察哈尔、厄鲁特等兵，环卫森严，所以靖边圉而资控驭，最为整肃！”但是由于驻防新疆巨大的军费开支和高昂的粮食给养运输不便利，导致清廷在新疆驻军的规模一直无法扩大，这为日后敌对叛乱分子的叛乱埋下祸根。平定大小和卓之乱后，大小和卓的后裔纷纷逃往境外，为中亚浩罕汗国、英国殖民者等敌对势力收容，随时准备煽动维族群众武装叛乱；而毗邻我国的哈萨克、布鲁特（吉尔吉斯）、浩罕（乌兹别克）、杜兰尼（阿富汗）等各国君主无不对富庶的新疆大地垂涎三尺，除此之外，彼时的中亚各政权背后悄然出现了沙皇俄国和英属印度的影子，边疆并不太平。

乾隆年间，清政府平定天山南北路，大和卓木被杀，其子萨木萨克逃居浩罕（今乌兹别克东部），生三子，张格尔为其次子。张格尔作为新疆大小和卓的后裔，为报杀父之仇早年间前往阿富汗接受英国间谍的专业训练后返回浩罕汗国，蛰伏待机。1817年浩罕汗国统治者向清廷索要喀什噶尔茶马互市贸易特权，为了维护清帝国在亚洲朝贡贸易圈的优势地位，实现“以茶制夷”的战略目标，嘉庆皇帝拒绝了浩罕汗国的要求。浩罕汗国随即派遣使者进京向清廷索要喀什噶尔的贸易特权，并宣称如果清廷不给浩罕贸易特权，浩罕将会把大小和卓之乱后的余孽放回新疆，给大清制造麻烦，嘉庆皇帝闻讯后震怒，宣布命令伊犁将军关闭与浩罕汗国所有贸易口岸，命令新疆各卡伦（哨所）严查内地运往新疆的茶商，严格控制茶叶、大黄等浩罕汗国所需生活必需商品流入并宣布禁止浩罕汗国向大清帝国朝贡。浩罕汗国使者向嘉庆皇帝服软称臣，遭到嘉庆皇帝的严厉斥责。浩罕汗国无奈，为了迫使清廷重开边贸，于嘉庆二十五年（1820）九月，张格尔在英国殖民者和浩罕汗国的支持下首次由浩罕汗国袭击骚扰扰回疆  张格尔率兵300人袭击图舒克塔什卡伦驻防八旗官兵，并进攻伊斯里克卡伦（哨所）马场，马场驻守三十二名清军在与张格尔匪军激战中全部殉难，张格尔在伊斯里克卡伦夺取数百匹战马后旋遁去，回到浩罕汗国。道光四年(1824年）夏，张格尔由开齐山路入境，窜至距喀什喝尔（新疆喀什）百余里的阿尔图什庄，以礼拜其祖先"玛杂"（坟墓）为名，鼓惑当地柯尔克孜牧民聚众闹事，清朝的喀什噶尔参赞大臣庆祥命帮办大臣色彦图等率兵围剿，张格尔所部匪帮毫无战斗力，在色彦图所率精锐八旗兵团的打击下溃不成军，张格尔率领少量骨干成员狼狈逃回浩罕汗国，色彦图率精锐骑兵四处搜剿但并没有捕获到张格尔本人，色彦图随即迁怒到柯尔克孜族的牧民身上，他认为柯尔克孜牧民与张格尔勾结叛乱，如果留下会成为日后的不稳定因素，所以下令对柯尔克孜牧民大开杀戒，一群柯尔克孜牧民本本分分的在放羊，没想到这清军突至，不管是男女老少一律捆绑成串，纷纷成了刀下亡魂。清军本身平定张格尔叛乱合理合法，这一突然情况使整个局面反了过来。色彦图的滥杀无辜为张格尔发动第三次大规模反叛提供借口，用宗教思想笼络了大批百姓成为他的支持者，一场规模浩大的叛乱即将拉开帷幕。此时的道光面对张格尔叛乱未定的事情搅得心神不宁，又接到边疆传来色彦图屠杀牧民的军情密折，十分恼火。一面将色彦图革职一面迅速调兵遣将，加强清军的防御力量，一面告诫伊犁将军庆祥："现在张格尔窜逃未获，难保不乘间窥伺"。情况的确如此，有了"圣战"的借口，张格尔挑唆民族矛盾，集结其大批反叛者，将集结起来的反叛力量用于掀起1826年6月的第三次大规模大叛乱。

张格尔率领400名支持者组成的匪帮再次进犯新疆，参赞大臣庆祥不敢怠慢，组织一千多名驻防八旗军进剿，张格尔很快被清军击败，狼狈逃窜。张格尔突围而去，张格尔恐北路伊犁清军到来，便遣使向浩罕求援，相约破西四城（指喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和田）,并向浩罕汗国承诺"子女玉帛共之，且割喀什喝尔酬其劳"。血战四城浩罕统治者穆罕默德．阿里汗见有利可图，亲自率浩罕军队万人人侵南疆，据《清实录》记载此时清军驻扎四城的八旗军受制于军费不足和军粮补给成本过高总计只有：4028人（其中防守各哨所清军1000人，防守叶尔羌清军851人，防守英吉沙尔清军230人，防守和田清军247人，喀什噶尔清军驻防1700人），庆祥见浩罕汗国率军入侵，一面下令各卡伦（哨所）清军向四城集结，一面向伊犁北路清军主帅长龄求援，一面密折飞报京城。张格尔很快率军包围了和田城，并利用清军屠杀牧民事件大作文章，煽动和田内外的牧民造反，到了七月十五日张格尔叛军几乎不费吹灰之力就拿下了和田回城，信徒之间的默契远远高于了兵民之间的关系，城内的回族牧民协助张格尔叛军从城内进攻清军，打开城门迎张格尔叛军入城。和田城内，参事大臣奕湄和桂斌与叛军进行残酷的城市巷战后投井自杀，尸首被叛军打捞出来用乱刀毁坏，以致于后来和田收回后都难以分辨。叶尔羌地区的局势也急剧恶化，随之而来的是叛军对叶尔羌城的围攻，由于庆祥此前下令防守各地的卡伦（哨所）的清军回援四城，一系列台站（清代边疆设立，军事上用于防守、调度的机构，亦称为"军台"）守备十分空虚被叛军被突袭，台路截断，无异于使得通讯线路截断。从六月十九日攻击叶尔羌台路开始，到二十九日，叶尔羌如同喀什葛尔一样，彻底与外界失去联系，庆祥见状从喀什噶尔抽调二百五十名骑兵援助叶尔羌，半路这支骑兵遭到浩罕汗国和张格尔叛军的伏击，经过异常惨烈的血战后全军覆没。紧接着上万名叛军集结在了英吉沙尔城附近，试图一举攻占该城，城内的负责人阿奇木伯克阿布都拉立马叛变，主动向张格尔投降，至此和田、英吉沙尔、叶尔羌城全部沦陷，喀什噶尔成为一座孤城，张格尔对喀什噶尔进行了多次进攻，迟迟未攻下该城，主要是因为喀什葛尔的驻军较多，城内居民并不像其他三城一样大肆反叛，内外窜通一气，喀什噶尔的城防工事修筑上也是格外坚固，清军事先将城外坎儿井联通形成环城的水壕，壕内布置了三层拒马木，拒马木内清军垒有土墙并配置了数百名火绳枪手守卫土墙，土墙每隔一段距离便设有木架，木架上架设有“赞巴拉克鸟枪”，城墙上布置有十余门子母炮，火力十分强劲。浩罕军队和张格尔叛军猛攻多次，除了在护城壕外留下满地的尸体外，毫无进展，此时在城中困守的庆祥向伊犁大将军长龄求救，可是南疆四城距离北疆路途遥远，从各兵营驻扎地到达喀什噶尔，最近的乌什大概距离四百公里（约八百里），阿克苏距离其五百公里（约一千里）。若按照清军日行军加急情况下，日行360里，乌什和阿克苏收到咨文也要等两三天，即便是第一时间派出军队救援，行军路途也要花两三天，最困难的是伊犁大将军长龄所统帅的八旗清军兵力不过两万余人，这些清军分别驻守北疆数百个卡伦（哨所）和城镇，兵力调动起来谈何容易。况且粮草军资筹集也很困难，所以伊犁大将军长龄只能干着急但毫无办法。喀什噶尔城的局势日益恶化，守城部队的粮食和火药逐渐消耗殆尽，虽然浩罕汗国鉴于守城清军抵抗顽强，自身伤亡不小，不打算继续进攻清军但是张格尔能说会道，以城内金银珠宝人口为诱饵诱使数千名浩罕汗国军队加入张格尔叛军继续围攻喀什噶尔城，守城清军拼死抵抗两月有余到了八月二十五日，张格尔见坚城难破便一面派兵加紧围攻挖掘假地道炸城迷惑清军一面派兵挖掘真正的地道，地道直通城桓，挖通地道后张格尔在城下埋藏上万斤火药，随着一声巨响，叛军炸塌城墙，数千名叛军骑马从缺口杀入，喀什噶尔城陷落，庆祥在无比绝望中自缢身死。张格尔进据喀什噶尔后，自称"赛亦德．张格尔苏丹"．宣布为当地的统治者。

南疆四城道光皇帝接到张格尔占领南疆急命伊犁将军长龄为扬威将军，陕甘总督杨遇春、山东巡抚武隆阿为参赞大臣，调集吉林、黑龙江、陕西、甘肃、四川五省清军三万余人其中以盛京将军、吉林将军、黑龙江将军所辖八旗马队和火器营为主力并会同黑龙江索伦精兵，会师南北疆连接要冲—阿克苏。战前清军情况根据《清代兵事典籍档案汇览》记载，道光皇帝时期的清军总兵力高达八十三万人，分为八旗军和绿营军两大系统，其中清朝二十万的八旗军分成两部分，一部分被称为京营八旗，负责北京的守卫，人数有十万左右；另一部分为各地的驻防八旗，除了分散在东北、西北新疆和蒙古等边疆地区外，驻防八旗还在内地以及南方的一些战略要地进行驻扎，如西安、南京、杭州、广州等地。之所以这样安排，是因为一方面要在中央维持较重的兵力以压制地方，另一方面是因为满清的统治者对由汉人组成且人数多旗三倍的绿营兵充满不信任，驻防八旗分散在各战略要地能够起到监视各地绿营兵的作用。绿营兵作为清军的主要组成部分，承担着维持治安、协助作战、国家工程建设、征收税银四大基本任务，其基本编制分为提、镇、协、营四级，分散在各个省份。和现代军队不一样的是，清朝的军队并非我们想的那样是按编制集中在一起的。因为清朝没有近代意义维持治安的警察，清军的首要任务是维护清朝的统治，防止民众造反。在战时承担八旗清军的辅助兵种，清代每一场战争中基本上出动绿营军的数量要远多于八旗军。张格尔之乱中绿营军主要担当了后勤部队的重要角色。此时的清军也绝非是在影视剧中看到的手持大刀长矛的冷兵器军队，而是一支以火器为主冷兵器为辅助的冷热兵器混合型军队，其中装备火器的清军高达百分之六十，至于为何要保留一定比例的冷兵器部队那是因为清军的火枪无法安装刺刀，为了保持清军在近战中的优势，不得不保留一定比例的冷兵器部队。在火枪方面，早在康熙年间，清军八方锐（满洲火器营、汉军火器营）就已经少量装备了仿制自中亚的”赞巴拉克大鸟枪“和枪管较短、专用于骑兵马上作战的”沙图纳尔火枪”，在平定张格尔叛乱中沙图纳尔火枪将发挥重要作用。

沙图纳尔火枪实物在火炮方面清军主要使用两种：第一种为长身管攻城重炮包括著名的"神威无敌大将军"、"武固大将军"等，其重量在1000~10000斤，身管长度在2.5米至3.6米之间，管长与内径之比皆在20以上。其中的"武成永固大将军炮"，由外国传教士南怀仁铸造于17世纪末期，长达310公分，重量为3-5吨，口径为12.5公分，其炮弹重达20斤，水平丝毫不逊色于同时期的欧洲重炮。（参考自《中国兵器史》）第二种为身管较短的轻型野战火炮包括"神威制胜将军"、"金龙炮"、"龙炮"、"子母炮"、"奇炮"等，这类炮品种最多，其中后膛装填的有子母炮和奇炮，射程大约200-400米。这些火炮的共同特点是身管较短、重量较小，便于携带。重量皆在500斤以下，一般小于390斤，最轻者仅36斤。这些轻型野战火炮完全就是为了征服中亚的准噶尔汗国以及南方诸省大山里的土司势力、消灭农民起义军而专门研发设计。（参考自《中国兵器史》）

清军轻型野战炮此时的清军使用的战法据《治胜算全书》记载为“九进十连环”战法：先使用数千名清军结成密集的方阵，大阵先整体前进，每前进17米便枪炮齐射一轮，如此重复九次，第十次时火炮连续发射，保持火力不间断。“九进十连环”的目的是以密集的枪炮火力压制敌方，作战中如果达到了接近、动摇敌阵的意图后，就会利用八旗披甲骑兵骑射展开更加凶猛、如同潮水一般的攻势。但是，此时的清军受制于拉美独立战争导致的世界白银减产危机和清廷镇压白莲教起义所产生的巨大财政亏空导致发放的军饷极度缩水，据《清实录》记载，有马战兵每名月给银二两，五马战兵每名按月给银一两五钱，守兵每名按月给银一两。绿旗之兵，自沿边诸镇外，大约马一步九。其守步月饷，计月仅得银九钱有奇，一卒之家，约以三口计，是一口每日仅得银一分馀耳。夫重赏始得勇夫，而薄饷必无强卒，故今之名隶伍符者，皆市井游惰，不克自存，计无复之，苟延岁月，始肯入伍，犹且逃亡告退者甚多，若其人稍有谋生之策，必不肯为。其中更有挂名册籍，规避差徭，别营他业以自给，而其技艺之不堪，又不待言矣。到了清乾隆皇帝中后期，如此低微的军饷使得不管是在八旗军还是绿营军生活都陷入困苦之中，每日只能勉强果腹，艰难度日，个个面黄肌瘦，营养不良，军事训练勉强应付，至于战斗力更是无从谈起。但是清军也绝非无可战之兵，在关外，蒙古，回疆，西藏驻防的约十万名关外八旗清军由于时常面对频繁的征战和原始恶劣的自然环境依然保持着极高的战斗力，成为清乾隆、嘉庆、道光时代对内对外作战的中流砥柱，其中实力最强的是在黑龙江驻防的索伦兵，索伦兵长期以渔猎为生锻炼出极其强悍的战斗力，终清一朝，索伦精兵每战必出，但战无不胜，鲜有败绩。

生猛强悍的索伦精兵平定叛乱当长龄的五万平叛大军赶到前线，张格尔军已至浑巴什河，距阿克苏只有80里，企图抢占阿克苏和乌什，清军立即发动浑巴什河之役，张格尔率召集起来的叛军三余万阻河列阵，在阵的中央筑起石墙，并且墙上留出炮孔，安放由浩罕提供的俄式重炮，清军也在河对岸布置一百余门长管攻城火炮与叛军进行火力对轰并派出辽、吉、黑三省八旗清军使用木筏进攻，渡河的清军遭到叛军炮火的猛烈阻击，伤亡惨重，当清军渡河后又遭到叛军滩头鹿砦工事阻碍，被叛军使用火枪大量杀伤，后续部队又遭叛军火炮压制，清军伤亡惨重，正面进攻失利。这之后清军改变战术，声东击西，正面继续派遣清军佯攻并与叛军火炮形成对轰，另派索伦大将额尔古伦率精锐索伦兵士1000余人，乘夜由上游乘坐急渡，绕到叛军背后突袭叛军炮兵阵地，索伦勇士先使用满洲重箭大量杀伤守卫炮兵阵地的叛军，后使用赞巴拉特火枪密集发射击爆火炮阵地上叛军堆放的火药桶，使得火炮阵地陷入一片火海，叛军大乱，索伦精兵趁机夺取了叛军火炮阵地，清军主力趁机渡河，用炸药包和铁钩套索摧毁叛军鹿砦工事，并从叛军石墙两侧发起包抄，叛军大败死伤无数十一月，张格尔派兵踞守柯尔坪（新疆乌什西南柯平）南、北回庄，并阻截清军进攻之路。长龄派提督杨芳督率官兵前往攻击。杨芳兵分两路抄截，杀敌过半，余敌溃逃，复追杀十余里，全歼。柯尔坪战役的胜利，不仅保卫了东四城（乌什、阿克苏、库车、辟展）的安全，而且打通了清军西进的道路。

手持沙图纳尔鸟枪追击叛军的清军骑兵道光七年三月，清军发动喀什噶尔之役，清军此战之前做了充分的准备，据《清宣宗实录》记载，道光下令，所有军需物资一定要提前筹备好；所以在北京城里已经省吃俭用，不用其极地节约的道光皇帝，是舍了他所有财力来为这次彻底平乱奠定物质基础，为了使乌鲁木齐物资存量充足，仅仅面粉一项，乌鲁木齐和伊犁两营就采办了438万多斤，外加骆驼2.65万匹，900余辆双套铁脚车，清军还向牧民征购数万头羊和几千斤瓜干、果干、葡萄干以供应军队食用。长龄等率军3万余人，由浑巴什河进击，分为前敌后应，突往驰攻喀什噶尔城。二十三日，师次大河拐，清军扎营后，张格尔军乘夜偷袭清军，想趁清军立足未稳击败清军，但是清军早有准备，在军营外挖掘壕沟，壕沟边燃起上千座篝火，将整个军营照如白昼，篝火之后是数排拒马，拒马木之后是长龄精心布置好的驼城防御体系，长龄命令将数千匹骆驼围绕军营结成环状，每匹骆驼身体被用淋过水的沙袋保护起来，每匹骆驼背上都架设了赞巴拉克大鸟枪，之后是长龄布置的数百门火炮和磨刀霍霍的八旗精骑，来劫营的叛军很快被清军发现，遭到清军密集火力打击，伤亡惨重陷入混乱，清军随即派出八旗精骑出击，叛军大败。

次日，清军星驰进发，击溃排列沙冈拒守的张格尔叛军军。二十五日，清军至沙布都尔，张格尔预感到清军此时来势汹汹，势必要拿下自己。此时的喀什噶尔城内，完全不像前三战中的布局一样，随意而为，张格尔在城内已经凑齐了男女老少约四五十万人，甚至下令"十五岁以上者均去，不愿即杀"。所以清军在二十九号抵达庄外时时，叛军在对岸的阵仗设置异常唬人：三百余丈的土垣，每隔十步挖一炮穴，每个炮穴内都布置有火炮。一声令下，炮弹如雨。张格尔还在沙布都尔庄外，挖掘坎儿井，掘水形成水渠，想屏险死守沙布都尔回庄，二月二十四号清军完成了对沙布都尔回庄的包围，二十五号晨，清军使用数百门火炮对回庄疯狂炮击，在炮击声中清军士兵饱餐馕饼和大块水煮羊肉组成的战饭，后清军使用开花炮弹轰击土墙，土墙被清军轰出多个缺口，叛军火炮阵地皆被摧毁，遍地死尸，惨不忍睹后清军步兵拥上，以索伦精兵为先导，横渡渠水，短兵相接，与叛军展开混战，后长龄派出吉林八旗马队分左右两支，从浅水渠渡渠包抄沙布都尔回庄，将叛军合围，经此一战，张格尔军大败，主力被清军全部消灭，叛军被清军斩首高达四万人，张格尔只带了十余名骑兵狼狈逃窜。三月初一日，清军进克喀什噶尔城，俘获张格尔妻儿老小及其外甥，张格尔再次逃脱。随即杨遇春率兵复英吉沙尔、叶尔羌，后杨芳统兵复和田。至此，喀什噶尔之役，历时两个多月、清军光复四城。据《清史稿•长龄传》记载：， “乘胜抵喀什噶尔，克之。时三月朔日也，张格尔已先遁，获其侄与甥，及安集延酋推立汗、薩木汗。分兵令遇春下英吉沙尔、叶尔羌，芳下和田，于是四城皆复。”张格尔自喀什噶尔败走后，众叛亲离，处境日益艰难，逃往达尔瓦斯山躲藏起来，为了躲避清军的追捕，张格尔只能靠前往附近几个部落乞讨为生，十二月二十七日，张格尔与随行二十余名叛军在喀尔铁盖山被追击而来的杨芳部清军骑兵包围，时正值天降大雪，路滑难行，叛军无法逃脱，与清军进行肉搏，很快张格尔随行叛军被清军斩杀殆尽，张格尔本人被清军包围，张格尔见状想用弯刀自尽但被训练有素的清军士兵用长枪击落弯刀，自己也被清军士兵用套索套住，扯下马来，成为清军的俘虏。杨芳俘虏了张格尔，随后，张格尔就被杨芳等人用木笼囚车押解送往北京城。来到京城，道光皇帝先举行了献俘仪式，然后命刑部尚书明山将张格尔押到刑部，严加审讯。据《清史稿•长龄传》记载：“张格尔传食诸部落，日穷蹙。长龄等遣黑回诱之，率步骑五百，欲乘岁除袭喀城。芳严兵以待，贼觉而奔，追至喀尔铁盖山，击斩殆尽。张格尔仅馀三十人，弃骑登山，副将胡超、都司段永福等擒之。道光八年正月，捷闻，上大悦，锡封长龄二等威勇公，世袭罔替，赐宝石顶、四团龙补服、紫缰，授御前大臣。诸将封赏有差。五月，槛送张格尔於京师，上御午门受俘，碟於市。晋长龄太保，赐三眼花翎，图形紫光阁。寻回京，命亲王大臣迎劳，行抱见礼於勤政殿。授阅兵大臣，管理藩院及户部三库，正大光明殿赐凯宴，赐银币，授领侍卫内大臣。恩礼优渥，并用乾隆朝故事，时称盛焉。”几日后，道光皇帝决定自己亲自审讯张格尔，第一，要展示君威；第二，也是了解一下张格尔起兵的理由，一旦当地的官员，有什么贪污腐化之事，他也好清理一下当地的官场，以防”叛乱”的事情再次发生。刑部尚书明山得知皇帝御审钦犯张格尔十分担忧，因为之前陕西地方有一个规模不大的农民起义，起义军的首领被押到京城后，道光皇帝就曾经对他御审，御审的结果是"官逼民反"，结果是陕西的地方官，至少有20位都丢了乌纱帽。清朝的官，尽皆是官官相护，刑部尚书明山为了防止这样的事情发生，就跟朝中几位一品大员们暗中商议，定出了一条计策。那就是将一种慢性毒药，给张格尔灌了下去，让他的喉咙水肿，神志不清，暂时说不出话来了。当道光审问张格尔的时张格尔：口角吹沫，情形甚苦，所问之事，一不能答。道光皇帝没有达到御审的目的，但还是对张格尔判处决凌迟之刑，很快张格尔被押往京城菜市口用渔网捆绑，处以凌迟之刑。

叛乱之后

张格尔被叛乱之后，据《中国军费史》记载：清政府统计共消耗白银达到1200万两，占总财政收入比例达到惊人的百分之三十其中占比最高的一项是西北运输费。在大规模战争尤其是在距离较远的地域作战，运输成本较平时成倍增加。康熙末年对西北兵，转运军粮”每石自一百余两至四十两不等”康熙六十年，米10万石，每石运费以50两计，即耗费500万两。雍正时改官运为商运，降低了成本，但每石军粮也需运费10-20两。到了平定张格尔叛乱时，西北用兵运粮56789石，耗银1600万两，平均每年200万两，张格尔之乱对大清财政而言无异于重创。清廷吸收张格尔叛乱的教训加强了对于南疆的军事控制，先是在新疆地区广开军屯，从内地招募贫苦流民，移民实边，一面将从叛军手中没收上来土地上的佃农转变成正式的农户，纳粮收税承担兵役并在长龄《长文襄公新疆善后奏疏》的建议下清廷做出如下布署安排：在叶尔羌驻军6千，喀什噶尔、尔楚克各3千，英吉沙尔1.5千，和田0.5千。移参赞大臣于叶尔羌，距喀什城不远不近，适中扼要；于巴尔楚克设总兵，作为西四城，东四城联络。至于军费，正如前文提到的，从各省绿营兵额中裁撤百分之二，省出30万两来支出。同时提高清军驻疆部队的薪资待遇，据《清史稿》记载：八旗前锋（小队长，相当于连排级别），一年饷银73两；八旗马甲（骑兵），一年饷银61两；炮手，一年饷银39两；步甲（步兵）一年饷银16两。我们可以做个比较：拿破仑时代新兵的工资按天结算，每天是0.62法郎；如果他升到下士，工资会变成每天0.96法郎，即每月29法郎，以当时的购买力计算，相当于中国白银4.32两，也就是年薪50两左右。但是大清从绿营军裁撤节约出的钱财只有18万两白银，无奈之下只能将驻守南疆的清军裁撤到驻防八千人。增加驻军的同时大清也不得不逐步以和平的手段为新疆营造和平安定的环境。鉴于浩罕国支持过张格尔作乱，清廷一度断绝了茶叶、大黄贸易将浩罕国商人驱逐出境。浩罕国统治者十分不满，怂恿张格尔之兄玉素甫作乱。一八三○年七月，玉素甫领着浩罕军队侵入清朝边境。尽管叛乱最终平定，但沿途各城已遭到严重破坏，另有一万两千百姓被浩罕人掳掠。此乱之后，浩罕国的狼子野心已是昭然若揭，伊犁将军上奏道光，愿领精兵，直捣浩罕。一直主张战争解决问题的道光皇帝却放弃了主动出击，因为此时清廷经历过白莲教起义与张格尔叛乱耗费军费达到2亿一千两百万两白银，国力远不如乾隆时期，平定张格尔已经是举国之力，清廷筹集军费实在是举步维艰。不得已之下，道光答应了浩罕国的"请求"：重开商贸，免除浩罕国商税，归还浩罕商人财物，准许浩罕在南疆征税，赦免张格尔余党。西北的叛乱以大清帝国的妥协而告终，但是大清帝国的白银危机并没有丝毫的缓解，反而愈演愈烈，对西北的管理也愈发乏力，夕阳西下，二十年后，西北又陷入新的叛乱危机。