赣深高铁从2021年12月10日开通至今已经过去了一年多时间，再有三个多月就将迎来两周年，作为京港高铁全线连接江西和广东的最后一段线路，赣深高铁开通至今的运营状况并不好，由于开通时间正好赶在疫情期间，因此赣深高铁可谓开局不利，因为疫情这些年全国铁路客流量呈现出大幅下降的趋势，而赣深高铁自然也就未能幸免，受当时的疫情影响，时常出现车次减少甚至全线停运的状况，加之当时人们的出行意愿严重降低，在2022年赣深高铁开通一周年之际，累计运送旅客仅仅只有520万人次，跟年设计运输能力5000万人次相差甚远，也低于同期开通的其他高铁线路，比如湖南的张吉怀高铁开通一周年的客流量为554万人次。
疫情影响导致人们的出行意愿降低，固然是赣深高铁客流表现不佳的主要原因之一，但这绝不是全部原因。作为连接江西和广东两省的首条高铁线路，赣深高铁串联起昌赣高铁是江西省大部分地市南下广东河源、惠州、东莞、深圳等地市的主要铁路通道，因此覆盖的人口规模并不小，然而赣深高铁和昌赣高铁相比，客流量也相差甚远，昌赣高铁开通后同样也赶上了疫情，但是一周年的运送旅客达到1220万人次。这就说明赣深高铁客流表现不佳还有其他更深层次的原因。
江西是中部欠发达地区，长期以来都是外出务工人员流出大省，而经济发展水平较高的广东省自然是江西务工人员流出的主要目的地之一，赣深高铁的开通极大地缩短了江西各地级市通往深圳的铁路旅行时间，目前南昌到深圳最快3小时30分钟，九江到深圳最快5小时4分钟，吉安到深圳最快2小时41分钟，赣州到深圳最快1小时49分钟，但是受经济发展水平较低影响，赣深高铁的客流以务工客流为主，商务客流有限，而务工客流却是季节性的，每年春节之前和春节假期过后才是务工客流的高峰期，其余月份属于客流平峰期。此外，务工人员对票价相对敏感，而赣深高铁全线大部分都在广东省境内，属于广铁集团管辖，定价标准略高于国铁集团，因此导致赣深高铁的票价偏高，在和普铁票价对比之后，对时间要求较低，但对票价较为敏感的务工客流宁愿选择普铁出行。
除此之外京港高铁还未全线贯通也是导致赣深高铁客流不足的主要原因之一，目前商丘至北京段和九江至南昌段还未建成，不过好消息是在即将迎来开通两周年之际，赣深高铁也将接入两条高铁新线，这两条高铁线路应该能增加赣深高铁的客流量。更早开通的线路是广州至汕尾的广汕高铁，这条线路即将进入运行试验阶段，预计将于九月底正式开通，广汕高铁与赣深高铁设置了仲恺联络线和惠州北联络线两条联络线，可以实现广汕高铁汕尾方向的列车转入赣深高铁南上，也可以实现广州方向的列车转入赣深高铁北上，届时江西和安徽两省可以开通南下广州的高铁列车。
而另一条高铁线路则是昌景黄高铁，这条高铁虽然并没有直接和赣深高铁相通，但是可以和昌赣高铁连接，这条高铁目前正在进行联调联试，预计将于十二月底开通运营，届时将打通皖南地区南下深圳和广州最顺直的高铁线路，在黄山北站可以和杭黄高铁与合福高铁连接，沿线地区都可以借助昌景黄高铁和京港高铁南下，对赣深高铁的客流量也能起到一定的提升作用。
