879年，黄巢军攻入广州后不久，因“草军”将士大都来自北方，水土不服，又因城中被害者的遗骸太多，来不及收敛、掩埋迅速腐烂，很快又闹起了瘟疫， 巢军士卒死于大疫者多达百分之四十，幸存将士们不愿意继续待在酷热暑湿、有瘴气、多疾疫的岭南，纷纷要求重返北方以图大事。

黄巢见大家都急欲北归，不好拂逆众心，于是发布檄文，自称“义军百万都统兼韶广等州观察处置使”，斥责唐王朝宦官专权、官吏贪赃残暴、考选不公、埋没人才等弊端，可见他还在为当年屡试不第而耿耿于怀、愤愤不平呢。檄文还声称禁止州官、刺史聚敛私财，一旦拿获，严惩不贷......县令贪赃枉法者一律抄家灭族。黄巢在檄文中还扬言即将率大军北上，扫荡江南西道（今湘、鄂二省），直捣中原，再入潼关，克长安。

黄巢发布这道檄文，等于公然宣布要改朝换代，这在当时算是一件引发轰动性的大事了。也预示唐中后期大动乱的高潮即将到来。

879年10月，黄巢军大举北上，一举攻克桂州（今广西桂林 ）。在桂州，黄巢督军打造大木筏数千艘，自桂州出发，溯桂水（今漓江）而上，穿越兴安灵渠，由漓江进入湘江，经零陵（永州）、衡州（衡阳），直抵潭州（今长沙）城下。潭州（长沙）守官是行营副都统兼潭州观察使李系。李系也算名门之后，他是中唐时期的名将李晟的曾孙，不过却远没有他太爷爷那样的才能与胆勇，《旧唐书》说他：

“有口才而实无勇略”。

意思是说李系只善夸夸其谈实际上却是无谋无勇之辈。

见黄巢数十万大军兵临城下，李系麾下虽有5万精兵和大批民间义勇（团练武装），却龟缩在城中不敢主动迎战。黄巢可没那么耐烦，他一到即挥师攻城， 巢军先用箭雨压制城头守军，再架云梯奋死登城，双方激战一天，巢军即攻破了有五万守军扼守的潭州城。

城破时，守城无方的李系却不组织抵抗，而是率先逃走，趁乱溜出城门，出城后逃到朗州（今湖南常德）躲藏起来。

黄巢攻破潭州后，纵兵屠城，数万守城唐军以及当地团练武装约10万人左右皆被杀戮殆尽，巢军将被杀者的尸体掷入湘江，江面上浮尸如麻，尸骸蔽江而下，水色猩红 ，其状惨不忍睹。