1590年大年初一，内阁首辅申时行刚给万历拜完年，前脚还未踏出宫门，就被一个太监拦住了去路：“大人等等，皇上叫你呢！”然后，当申时行再次回过头来时，就看到气急败坏的万历，坐在龙椅上，攥紧了拳头。 申时行来拜年时，就察觉到了皇帝朱翊钧怏怏不乐，为免惹祸上身，他只说了几句吉祥话，就起身告退。 不曾想，朱翊钧竟然叫住了他。申时行见状赶忙跪下，低着头，不敢作声，等着万历发话。 朱翊钧怒气冲冲的说道：“申爱卿，你明事理，顾大局，雒于仁奏的那份《酒色财气疏》，你说是不是欺君罔上，颠倒黑白？” 申时行正想着如何作答，朱翊钧就自顾自的埋怨起来：“雒于仁口口声声的说，朕病在酒色财气。夫酒溃胃，好色耗精，贪财乱神，尚气损肝，这岂不是指着鼻子骂朕！” 申时行是个明白人，他能当上内阁首辅，靠的是在皇权与臣子们间纵横捭阖。 一方面，不断迎合万历的心意，另一方面，又与群臣站在一边。 见人说人话，见鬼说鬼话，用申时行自己的话说这是明哲保身。 如果太过刚直，最终的下场很可能是免官回乡，若懂得变通，还能在朝中有立锥之地，也可以保一保那些耿直的大臣。 申时行当然明白雒于仁也是好心，万历皇帝身体抱恙，称病不朝，流连于后宫之中，久而久之政绩荒废，国将不国。 以万历的脾气，雒于仁很可能小命不保。 申时行决定“曲线救国”，他佯装愤慨的说：“雒于仁仗着自己懂些医术，跑到圣上这里沽名钓誉，我看就是想博个冒死劝谏的好名声！” 申时行的态度让万历很满意，最起码让万历意识到，申时行与自己同在一个阵营。 朱翊钧愤愤的说道：“申爱卿所言极是。等初三，朕就下令将其革职查办。” “朕要把雒于仁的《四箴疏》公布于天下，让世人看看这雒于仁是如何欺君罔上的！”万历皇帝越说越气。 申时行意识到，如果万历真这样做了，那些只会阿谀奉承的官员会大作文章，届时恐怕雒于仁性命不保。 申时行诱导道：“陛下三思啊。雒于仁沽名钓誉之辈，若将《四箴疏》公之于众则正中其下怀。一些不明就里之人，恐怕也会信了奏疏中的谣言。” “那依爱卿所见，此事如何是好？”朱翊钧问道。 申时行沉思片刻：“此事应化小，知道的人越少越好。那雒于仁在朝中碍眼，不妨让卑职传谕大理寺卿，让那申时行主动辞职。” 朱翊钧沉思片刻，无奈也只得点头同意。 不久后，万历就收到了雒于仁称病辞职的奏疏。 可以说，若非申时行从中斡旋，雒于仁命不久矣。 申时行是个好官，他总想用自己的力量保住那些直言犯谏的言官。 他当首辅的那几年，正是国本之本最激烈之际。 万历想册立宠妃郑氏之子朱常洵当储君，但朝臣们非让他册立婢女王氏所生的朱常洛当太子。 朱常洛，只是朱翊钧当时一时冲动所犯下的错误。他对王氏和朱常洛母子，没有任何感情。 反观郑贵妃，那是“春宵苦短日高起，从此君王不早朝”的绝世美色，朱翊钧对她爱不释手。 可在群臣看来，朱常洛毕竟是长子，按照立储原则，他理应排在第一位。 为此，他们不断的上奏，朱翊钧不断的与其抗争。 雒于仁那封《四箴疏》中的“色”，说的就是郑贵妃。有劝诫万历远离郑贵妃之意。 雒于仁请辞后，朝中反对立朱常洵为太子的声音仍旧不绝于耳。 万历直接颁布诏书：“朕不喜鼓噪。诸臣的奏疏一概留中，是痛恨一些人离间朕父子。如果你们不再鼓噪，就于后年册立。否则，等皇长子十五岁以后再说。” 申时行清楚，如果有人再度劝谏，恐怕会大祸临头。 于是，他努力的劝诫诸臣，不要跟朱翊钧正面硬刚。 可大臣们不但不听，还在请求进行册封大典的奏疏上，把申时行的名字列在首位。 申时行为了明哲保身，向朱翊钧辩解道：“册立之事，与臣无关。大臣们草拟诏书之际，在下并不知情。储君人选，陛下大可自行定夺，无须因小人之言而改动。” 大臣们认为，申时行首鼠两端，一面支持立朱常洛为太子，一面又迎合圣意，实非君子。 重重压力之下，申时行只好告老还乡。 他在老家长洲又生活了23年，临终前劝告万历：“勤朝讲、发章奏、罢征敛、慎封疆、起废佚。
