1985年9月，时任广东省委第一书记的任仲夷到北京参加党的十二届四中全会，他在会上向中央提出了退休的请求，为中央领导机构成员新老交替带了好头。在接下来的党代会上，任仲夷被增选为中央顾问委员会委员，完成了从一线工作岗位退到二线的转折。
任仲夷
鉴于任仲夷的资历、威望和特殊贡献，中央曾提名他为全国人大常委会副委员长，他却淡淡一笑，摇了摇头。任仲夷退休后，中央希望他到北京定居，并考虑让他到中央财政领导小组继续发挥作用，他却坚定地说：“我该退了，就住广州！”
按照当时的惯例，任仲夷卸任广东省委书记后，可以出任省顾问委员会主任，但他坚持不当。广东省委新的领导班子上任后，仍请任仲夷参加常委会，他却再次拒绝了。任仲夷说：“别人都说扶上马，送一程。我不那么想，老的不放手，新的怎么工作，究竟谁负责？”
任仲夷退休后，依然由秘书管钱，他身边的工作人员几乎没见他用过钱包，他的几任秘书都说：“任老对钱没有概念，从不在乎自己有多少钱。”任仲夷的夫人王玄也说：“他基本上不过问自己的钱，不揣钱，不花钱，对钞票还不怎么熟悉呢！”
任仲夷和王玄
1988年3月，任仲夷到北京参加人代会。会议期间，新华书店到代表团驻地展销一批新书，任仲夷选了一本，但身上没钱，秘书便递给他一张50元的钞票。任仲夷接过这张1980版绿色纸币，饶有兴致地看了正面看反面，然后郑重地交给了收银员。看来“他对钞票不熟悉”，确实不假。
1997年9月，83岁的任仲夷到北京参加党的“十五大”，他在北京见到了《人民日报》社总编室主任江绍高。江绍高对任仲夷说：“祝任老健康长寿！”
不料任仲夷却严肃地说：“你这话说得不好！凡是被人说健康长寿的，都说明他快要‘差不多’了。哪有对少先队员说‘健康长寿’的呀？对少先队员，只能说‘天天向上’嘛！”他说完以后，立正举手行了个少先队礼。
邓小平和任仲夷
退休后的任仲夷并没有闲下来，经常在报刊上发表文章，他最关注的就是我国的政治体制改革。任仲夷曾在《炎黄春秋》杂志上发表过一篇文章《政治改革更要有勇气》，文章中说：
现在腐败得不到有效的遏制，根本原因是权力得不到有效的制约。立法、行政、司法这三种权力，资本主义国家存在，社会主义国家也存在。“三权分立”指的是这三种权力相互制约、相互平衡，它的本质就是制约权力的手段。西方国家几百年的实践已证明，“三权分立”对制约权力、遏制腐败非常有效……
当然我们不能照搬西方的政治体制，应该像建立社会主义市场经济那样，学习借鉴“三权分立”的科学成分，创造性地建立共产党领导下的权力制衡政治体制。
以任仲夷当时的身份，发表这样的文章是需要巨大的勇气的。《炎黄春秋》杂志社社长杜导正后来感叹道：“他的确是一位改革勇士，一位智慧老人，一位披荆斩棘的行动者啊！”
2000年7月，广东人民出版社出版了一套三卷本的《任仲夷论丛》，全书收录了1976年10月至2000年5月间任仲夷数百万字文稿中的精彩选段，总计94万字。全书凝聚了任仲夷从拨乱反正到改革开放探索时期的智慧和心血，该书在社会上引起热烈反响，被评为当年粤版优秀图书一等奖。
《任仲夷论丛》
这套书出版后，出版社委托任仲夷的秘书把4万元稿酬送给他，他却坚决不收。秘书好说歹说：“这是您的劳动成果，给稿费就是尊重您的劳动，维护知识产权。这是出版社按字数、印数算出来的，如果按照书的贡献和影响，这点钱就微不足道了。”最后任仲夷才接过单子，勉强签下了自己的名字。
任仲夷之所以不愿拿钱，是他在内心筑起了一道防线，对拿钱，尤其数额较大的现金，他一直持有高度的警觉，即便符合制度规定，他也时时自省自律，以确保自己的行为清正廉明。
2005年11月15日，任仲夷以91岁高龄在广州悄然谢世，他在去世前留下了3条遗嘱：不搞告别仪式，不写生平，不留骨灰。
