王恕被逼辞去吏部尚书的之职后，明朝朝廷中为了争夺这个名义上的文官第一大臣又掀起了一波政治斗争。当时的兵部尚书马文升在斗争中脱颖而出，得到朝廷群臣的支持，被推选为新的吏部尚书。然而让朝廷群臣意外的是，他们的这个推选并没有获得明孝宗朱祐樘的批准。朱祐樘驳回了群臣的上书，任命了礼部尚书耿裕接替王恕的职务，然后又加官为太子太保，累阶至荣禄大夫。朱祐樘的这个操作让马文升愤愤不平，各种场合发牢骚。朝廷群臣也对朱祐樘的决策感到不解，众望所归的马文升怎么会被朱祐樘所拒绝呢？

从各方面的史料来看，马文升的资历和政绩都远超于耿裕，是吏部尚书的最佳人选。可是朱祐樘并没有以这方面为标准选拔大臣，其有原因成为当时朝廷大臣们议论的焦点。综合各方面的史料分析，朱祐樘用耿裕而不用马文升，其根源还是在两人的官场履历方面的不同。马文升在明朝中期的名声很高，被认为是文武双全的大臣，也是朝廷中声望仅次于王恕的大臣。无论是资历，还是执政经验方面，马文升都是远超耿裕的。他是景泰二年的进士，最初为御史，后被派往山西和湖广巡按，因政绩卓著得到当地百姓的好评，被称之为“神君”。

后来他又转任福建按察使，升职为南京大理寺卿，在职位上都有很好的政绩。成化年间固原盗乱发生时，马文升以右副都御史出任陕西巡抚，辅佐右都御史兼总督军务项忠平定叛乱，因此立下了很大的功劳。不久之后，蒙古鞑靼部大举入侵明朝西北疆域，马文升率领西北的军队积极抵抗。他先后在黑水口、汤羊岭等地击退蒙古军队，第二年又配合三边总制王越取得红盐池大捷。于是马文升在明朝军方声名鹊起，先接替王越出任三边总制，然后又被调回朝中担任兵部右侍郎，成为明朝军方冉冉升起的一颗明星。

后来马文升被派往辽东整饬兵备，发生了海西女真兵变叛乱的案子。在处理这个案子时，马文升与辽东巡抚陈钺发生冲突，因西厂大太监汪直的干预，马文升被判激起辽东兵变的罪名，被贬谪到重庆卫。后来汪直失宠，西厂被裁撤，马文升也被重新启用，先后以左副都御史出任辽东巡抚、右都御史出任漕运总督。在成化年的后期，马文升入朝出任兵部尚书，与奸佞集团的李孜省等官员发生冲突，被明宪宗朱见深调任南京兵部尚书。明孝宗朱祐樘即位后，因司礼监太监怀恩的推荐，马文升被调回朝廷，出任都察院左都御史。

朱祐樘即位后清洗成化年间被重用的奸佞集团，马文升被转任兵部尚书，负责整饬兵备。在此期间马文升的政绩非常卓著，不但让成化末年被荒废的兵备重新拨乱反正，而且成功的处理了哈密卫的叛乱。以当时的政绩和朝廷地位而言，马文升算是仅次于王恕的大臣，也是吏部尚书的最佳人选。而且他和王恕有个共同的特点，都是成华中后期与奸佞集团斗争的关键人物，所以在朝廷中声望极高。然而马文升却没能得到明孝宗朱佑樘的信任，无法升任吏部尚书。而朱祐樘选择的吏部尚书耿裕，在各方面都是远远比不上马文升的。

耿裕是景泰五年的进士，他是典型的官宦世家。他的父亲耿九畴以刑部侍郎出任巡抚，算得上是一方封疆大吏。耿裕进入仕后先在翰林院当庶吉士，后来出任户部给事中和工部给事中。天顺年间因耿九畴弹劾权臣石亨，耿裕被牵连降罪，贬谪为泗州判官。明宪宗朱见深即位后，耿裕恢复为翰林院检讨，参与修订《明英宗实录》。在进入六部之前，耿裕基本上没在地方做官，大部分时间都是在翰林院和国子监度过，最后出任国子监祭酒。成化年中期，耿裕被提拔进入吏部，出任吏部右侍郎，后来因与奸佞集团斗争，被调任南京礼部尚书。

明孝宗朱祐樘即位后，耿裕被召回朝廷出任礼部尚书，直到王恕卸任后接替吏部尚书的职位。从政绩和名声来看，耿裕是远不如马文升的。耿裕大部分做的是以文字工作为主的清流官，小部分时间在干给事中等科道官，只有被父亲连累贬谪时到地方待过几年。前文讲过，朱祐樘用人的原则用清流官替代浊流官来治理朝廷。耿裕在这方面是符合朱祐樘的用人原则的，而且他还有清流官中比较特殊的科道官员的履历。所谓科道官员就是六科给事中和都察院官员的统称，他们后世也被划分为清流官，但比翰林院、国子监等官员更特殊一些。

来自翰林院、国子监的清流官基本上与实际政务脱离，在执政方面缺少经验，这是他们对浊流官的最大缺陷。科道官员则不同，他们虽然不直接执政，但却是监督浊流官行政的关键要员。不论是监督六部和内阁的六科给事中，还是监督地方官员的都察院御史，都是要与实际政务接触的。他们虽然不是政务的直接操盘者，但不会像翰林院、国子监官员一样丝毫执政经验都没有。所以对于六部这种必须实际操作政务的部门，从科道官员转任，比国子监、翰林院的清流官更合适。而且科道官员更知晓实际政务中的弊端，可以进行一些修改。

当然，相较于浊流官，科道官员一样存在着执政经验弱，缺乏过硬的政绩的缺点，而这个正好是马文升的优点。马文升是御史出身，长期挂着副都御史的头衔在地方出任巡抚、总督等职务。他看起来像是个科道官员，其实没干什么科道官员的活，大部分时间干的是浊流官的活。尤其是西北战争爆发之后，他干脆从浊流官变成了总督军务的大元帅，直接带领地方军队与蒙古人开战。因此马文升不论是在民政，还是在军政上都有丰富的经验。尤其是军政上，他堪称是当时仅次于王越和项忠的名将，在军队中地位极高。

因此从能力和经验上看，马文升显然是比耿裕是更适合出任吏部尚书的人选。吏部尚书是六部尚书之首，又称之为吏部天官，是名义上比内阁首辅更高一级的官员。明朝在朱元璋废除宰相之后，吏部尚书成了名义上的朝廷第一人。但是朱祐樘却不愿意马文升来当吏部尚书，其原因和王恕相似，甚至比王恕的问题还严重一些。马文升是事实上的浊流官，在军政两界的人脉极广，也是门生故吏遍布天下的官员。他有着浊流官同样的特点，就是在地方上人脉资源多，各种利益链盘根错节，甚至在军队中也有相当的势力。

如果让马文升出任吏部尚书，他很可能成为第二个王恕，是旧官僚集团新的领袖。前文讲过，王恕因为带领旧官僚集团与清流官组成的内阁进行对抗，这让朱祐樘很不满，所以才被逼迫退休致仕。走了个王恕，再来个马文升，这是朱祐樘不愿意看到的。而且马文升有着军队方面的资源，这比王恕更加的危险。实际上朱祐樘猜忌浊流官其原因就是在于他们的人脉关系和利益链太长，各种利益集团覆盖面极广，对国家和皇权产生了极大的威胁。朱祐樘不愿意学朱见深用奸佞集团进行制衡，所以选择了清流官为主的新官僚集团。

清流官因为出身于翰林院、国子监、东宫等文书部门，搞的是学术研究，与民间交往很少，所以难以与地方权贵形成利益集团。即便是与地方来往最为密切的科道官员，他们每到一个地方都只是短暂停留，查完案子就走，难以有深交的机会。他们身后没有这些利益集团支持，就难以在朝廷中形成派系，也就不会威胁到朝廷和皇权。朱祐樘用清流官制衡浊流官，用新官僚制衡旧官僚，就是为了避免旧官僚集团一家独大，使得皇权旁落。但六部尚书与内阁不同，六部尚书是要具体干活的，不懂具体的业务怎么能把活干好？

要操作六部尚书这样的业务，单纯的翰林院、国子监的官员显然不行了，所以必须要有一些实际执政经验的，至少是对地方政务比较了解的。这方面耿裕就是比较好的人选，他短暂当过地方官，大部分时间是作为科道官员。他既有一定的执政经验，又没有盘根错节的利益集团，所以能够得到朱祐樘的信任。作为科道官员出身的耿裕，除了作为吏部尚书选拔天下人才以外，还可以作为上官力压其他五部的尚书，避免浊流官出身的尚书们玩小动作。可以说朱祐樘这招是打入旧官僚集团的钉子，也是为了防范于未然的操作。

从这个安排来看，朱祐樘看起来是彬彬有礼的君子皇帝，其实心里的小九九还是比较多的。他对朝廷官职的安排上，将皇帝的制衡之术用到了极致。既解决了朝廷权力分配的重大问题，又防范了未来发生大权旁落的风险，可谓是一举两得。用耿裕这样的科道官员来主持朝廷官员选拔的事务，正好克制了浊流官的利益集团走门路的现象，防止了地方官的腐败进一步扩展道朝廷。从这角度看，朱祐樘对于朝廷的设计看得比较长远，不只是局限于当时的需求。他在这方面的能力比他的父亲朱见深，以及祖父朱祁镇，都要强得多。