云南“回乱”就在贵州号军、苗军起义陷入低潮时 ，杜文秀领导的云南回民反清起义 却轰轰烈烈地展开了。杜文秀，云南永昌保山板桥街人。禀生（甲等秀才）。1845年， 因楚雄汉、回民众争银矿引发血腥械斗，清军弹压时杀杜文秀家人15口，掳走其未婚妻，杜文秀于1847年秋赴京向清廷都察院控告，无结果。返滇后不敢回籍，流落于云州、蒙化间。后永昌县回汉因采矿权争讼愈演愈烈，杜文秀被官府抓捕入狱。
1856年云南回民武装暴动时，由云州回民军首领蔡春发营救出狱。杜文秀出狱后，到蒙化招募回族、彝族青壮年数千人，一举攻占大理，被众人推举为“总统兵马大元帅”，建立了泛伊斯兰化的所谓“平南国”，以阿拉伯语为其政权通用语言。
杜文秀占据大理期间，因争矿导致的汉回矛盾及长期相互仇杀积累的怨恨难以消弭，各回军将领趁机展开报复，纵兵屠杀、抢掠汉民，汉民也结寨自保，不时袭杀回民，冤冤相报导致滇西一带人口锐减......（铁马读史）据说杜文秀回军将大理坝一带的汉、夷村寨洗劫一空， 各族人口迅速减少 ，以致大理坝及周边地区出现“百里无人烟，十里无鸡鸣、无犬吠”的凄惨景象。
湘军入滇由于中间有贵州号军、苗军的阻隔，湘军一直未参与镇压云南回乱。同治初年，四川总督骆秉章虽然遣湘军数次进入云南，但时间甚短，对云南战局影响不大。随着石达开兵败大渡河，四川局势日趋安定，云南却回变四起，局势日益危殆，清廷依赖川省和湘军挽救云南危局的意向也愈发急迫。
同治三年（1864）早春，清廷命驻扎四川的湘军统领刘岳昭为云南按察使，1865年又升刘岳昭为布政使。在此前后，清廷又任命长沙人劳崇光为云贵总督，以协调与湘军的关系。1866年春，又擢升刘岳昭为云南巡抚，并令其火速率部入滇征剿杜文秀回军。但刘岳昭以贵州苗号军仍未彻底剿灭为由， 婉拒入滇之命。1868年春，清廷又把刘岳昭擢升为云贵总督，岑毓英为滇抚 。
岑毓英滇军是镇压杜文秀起义的主力，湘军只起配合作用彼时刘岳昭部湘军仅有七千人，虽然有增募万人的计划，但后来只增招到两千五百人，总兵力不足万人。而这时候以杜文秀为首的回军，已经多达三十万众，正在大举围攻省城昆明；而且，早已在大理建立了伊斯兰化的“平南国”，并攻占了云南全省绝大部分州县。仅凭刘岳昭麾下区区不到一万的湘勇与30万回军搏战，显然是螳臂当车，不自量力，根本无法挽回滇省危局。（铁马读史）刘岳昭只能依靠岑毓英的滇军，毕竟他们在云南征战多年，有与回军周旋、鏖战的经验，还有就是已降清的马中龙、马德新等回军，还可以利用岑毓英和降将马中龙的矛盾以自固。正如《湘军记·平滇篇》记载：
“马如龙则倚刘岳昭自固 ，师事岳昭；岳昭亦资其力弹压回众。凡有部署征伐，一推岑公（毓英）”。
事实的确如此。1867年下半年，杜文秀挥师进围昆明，昭通回军为响应也一举攻下寻甸，并欲南攻东川、曲靖，以切断云南与贵州之间的通道。1868年春，驻扎黔西的刘岳昭军突袭寻甸，以保昆明粮饷通道，刘亲自前往督战。回军据城坚守，顽强抵抗，双方战至年底，湘军不但未能攻下寻甸城，反而损兵折将，全军败退。1869年夏季，刘岳昭军再次出贵州猛攻寻甸，他软硬兼施，又打又拉，运用战、抚两手策略，招降寻甸回军守将，这才得以占领。
滇军、归化回军解昆明之围而此时，省城昆明的危殆局势也有所缓解，经岑毓英的滇军和马如龙的“归化回军”之力战，杜文秀大军攻势受挫，昆明之围大有破解的希望。这说明，湘军不仅兵力不足，战斗力也不强，在平定云南“回乱”中只能起很次要的作用。6月，刘岳昭分兵一部扼守寻甸、曲靖，以确保川黔粮饷入滇 道路通畅，其主力进援昆明。9月初，刘岳昭率亲兵营进驻省城外围。
战至年底，回军屡遭挫败，杜文秀大军布设的包围圈迅速缩水， 后来，在省城外围仅存的回军据点土堆也被滇军、湘军联手攻破。连遭兵败，杜文秀不得不撤昆明围退回大理。
心知大势已去，杜文秀竟派使团赴英国、土耳其求援1870年，大理政权四面受敌，平南苏丹国岌岌可危。1871年，清军大兵压境，大理城内一日数十惊，焦头烂额的杜文秀派义子刘道衡率领八人代表团，远涉重洋到英国、土耳其“求援”，特别希望土耳其能派兵赴援，后因回军在清军的攻剿下迅速土崩瓦解，未果。
孔雀胆杜文秀撤昆明围后，云南战事格局大体是湘军防守东路昭通、曲靖等州府，而其它州府的征战则全赖岑毓英、马中龙两军。从1870年到1872年近三年的鏖战，滇军和受抚回军先后收复云南五十余州县，并于1872年12月围攻大理，在城池即将陷落时，杜文秀于12月26日吞服孔雀胆汁毒药，旋即出城至清军兵营“投诚”，被岑毓英部将杨玉科所杀。
杜文秀想象图
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