农村自建房因未取得相关证件而被认定为违法建筑并遭拆除，对于房主来说无疑是一场突如其来的打击。然而，面对这种情况，房主并非束手无策，可以通过合法途径来维护自己的权益。

当收到拆除通知时，房主首先应当保持冷静，认真了解拆除的具体原因和法律依据。如果认为自己的房屋并非违法建筑，或者拆除行为存在不当之处，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。

《中华人民共和国行政强制法》第八条明确规定，公民、法人或其他组织对行政机关实施的行政强制行为享有陈述权、申辩权，并有权依法申请行政复议或提起行政诉讼。这是维护自己合法权益的重要途径。

在申请行政复议或提起行政诉讼之前，房主需要收集并保留相关证据，如拆除通知、决定书、现场照片等。这些证据将在复议或诉讼过程中起到关键作用，有助于证明拆除行为的合法性和合理性是否存在问题。同时，建议房主咨询京坤律师，获取更具体的法律建议和帮助。律师的专业知识和经验将为维权过程提供有力支持。

除了行政复议和行政诉讼外，房主还可以尝试与相关部门进行协商沟通，争取通过和解的方式解决争议。这不仅可以节省时间和成本，还有助于维护双方的和谐关系。在协商过程中，房主可以提出自己的合理诉求，如要求重新认定房屋性质、给予合理的补偿等。

需要注意的是，如果房屋确实属于违法建筑，且行政机关严格依照法定程序进行了拆除，那房主可能无法获得赔偿。但对于拆除过程中可能存在的违法行为，如未依法进行公告、未给予合理期限自行拆除等，房主仍然有权要求行政机关承担相应的法律责任。

在维权过程中，房主应当保持理性，依法行事，避免采取过激行为。暴力对抗或阻碍执法不仅无法解决问题，还可能加剧矛盾，给自己带来更大的损失。相反，通过合法途径维权，不仅可以保护自己的合法权益，还能促进社会的和谐稳定。