大约在崇祯五、六年间，迫于明军的强大实力与残酷围剿，高迎祥、李自成和其他各路农民军联起手来共同抵御官军，号称“三十六营”，在陕西、山西之间往来穿梭、流动作战。高迎祥起事较早，实力较强，号“闯王”，李自成兵力较弱，属于后起之秀，自号“闯将”。

和历史上大多数农民起义领袖不一样，李自成在私德上很少受到敌人的攻讦：他不甚好色，几乎不曾掳掠妇女，生活简朴，不讲排场和享受；比较尊重读书人，严格约束部下，所部军纪比其他“流贼”甚至部分明军都好，他自己作战勇猛、常身先士卒且富有谋略......所以他的队伍能迅速由弱变强且发展壮大。李自成在出陕入晋的一系列艰苦征战中表现得有勇有谋，逐渐从三十六营农军首领中脱颖而出，成为农军军中举足轻重的不凡人物。

在崇祯五年夏秋之时，李自成的大名频繁出现在明朝地方官的奏报里，此时的他似乎已经和公推的“三十六营”盟主王自用并肩而立了。

此时的明军实力仍然很强，曹文诏、左良玉等部久经战阵，战斗力都很强悍，屡屡挫败陕北农民军。特别是曹文诏，似乎是农军的克星，不少农军首领吃过大亏，简直对他畏之如虎、闻风丧胆。崇祯六年年底，李自成、高迎祥、张献忠、罗汝才、贺一龙、马守应等十几营陕西农军被强大的明军用围堵之法压迫到黄河北岸的涉县、武安 （山西属县）一带，困于一个狭长而逼仄的地区无力伸展，形势异常危殆。

李自成等被困在涉县、武安一带时，非常窘困，明军围困万千重，农军粮草断绝，再下去就要不战自溃了。李自成忽然想出一计：诈降。他派张妙手、贺双全等12人潜往彰德府，向负责围剿农军的京营总兵王朴、监军太监杨进朝等乞降，其实是诈降，向他们表示所谓“流贼”本都是乡间良民，只因天灾人祸无以为生才铤而走险、揭竿造反的，实在是没有其他生路可走啊。王朴、杨进朝等见可以不费一兵一卒而解决掉十几万“暴民”，十分高兴，竟不疑有诈立刻奏报明廷，并勒兵原地不动，停止进剿行动。各路农民军趁此机会，悄悄聚集在黄河北岸，准备寻机突入中原 。

当年十一月底 （农历），天寒地冻，黄河渑池段河野猪鼻流域面结了厚厚一层冰。十一月二十四日，十余万陕北农军踏冰越过黄河天险，出其不意地击溃守河明军，击杀河防守备袁大权，捣入河南境内。这一突发事件，被史料称为“渑池渡”。从此，源自陕北的农民、边军起义，开始蔓延到中原大地，并开始造成全国性影响。

明廷知道陕北“流寇”自山西进入河南后，大骂王朴无能，旋即任命延绥巡抚陈奇瑜为兵部右侍郎，总督陕、晋、豫、湖广、川五省军务，专职负责进剿、镇压捣入中原的陕北农军。渡河进入中原的陕北农军各部，日子并不好过，发展很不顺利。河南巡抚玄默是个精明干练的官员，又懂军事，排兵布阵、围追堵截，举措运用得当，黄河以北的明军主力也纷纷尾随农军渡河南下，对人生地不熟的农军威胁极大。

高迎祥、李自成两人关系密切，因此合兵渡过黄河，先是攻下了卢氏县城，接着又攻内乡，内乡知县艾毓初也是陕北米脂人，和李自成是同乡。艾家是米脂当地有名的富户，子侄都有出息，在乡下颇有势力。李自成自幼替艾氏牧羊，后因故得罪艾家遭毒打、暴晒，故李与艾氏有“宿怨” ，常思复仇。艾家还有一子侄，官至延绥副总兵，他也说过艾府与李自成有仇。所以，这次李自成督众攻打内乡，守官是米脂乡党艾毓初，不过他俩不仅没有“泪汪汪”，反而仇人相见，分外眼红。

李自成听说内乡县令是仇家子弟艾毓初，心里似乎堵了一口气出不来，发誓要一举攻下擒斩“宿敌”艾知县。艾毓初也知道李自成不是善茬，此番更是来者不善，于是和当地缙绅率守兵、团练拼命抵抗，高、李连续督众猛攻十几天而不下，还损兵折将，懊恼万分， 李自成下令偷偷埋大炮“滚地龙”于城墙外，城内发觉后点燃引信击发之，农民军猝不及防，死伤惨重，高李被迫撤军而去。这次攻城，高、李方法用尽，甚至用爆破攻城法也不成功，还付出了惨重的代价。艾毓初成功地守住了内乡县。

高迎祥、李自成、张献忠等部在河南转战了两个多月，因明军从各地源源不断开至，便转道湖广、四川再次折回陕西。

崇祯七年春末夏初，高、李、张、罗等各部农民军数万人马，因不熟地形，在川陕交界处的兴安（今陕西安康）大山中迷了路，后兜兜转转误入车厢峡，被紧追不舍的明军堵在峡谷里。 史载：

车厢峡“峡四山耸立，中亘四十里，易入难出”。

督五省军事的兵部右侍郎陈奇瑜指挥几路明军，将误入死地的农民军死死围困了70多天，当时正值秦巴山区雨季，阴雨连绵不歇，农民军的弓弦尽腐烂脱落，刀剑锈蚀，人困马乏，又断了粮食，每天都有将士被活活饿死。

正在走投无路、束手无策之时，李自成最早的谋士顾君恩建议向官军诈降，再设法脱困。高、李采纳后，将之前各营抢掠得到的金银珠宝搜罗到一起，命人携带潜往明军营寨，重金贿赂陈奇瑜的左右亲信，再请他们代向老陈乞降。陈奇瑜仔细分析当前形势，认为“流贼” 深陷绝境，上天无路，入地无门，为活命必是真心归降，便轻率地接受了农军的乞降之请。

陈奇瑜亲率将士到车厢峡现场接受农民军缴械投降，主持了“受降仪式”。他令人将各“流贼”的姓名、年龄、籍贯仔细登记在册，还向明廷开列了一份36000多人的受降名单，准备将几十个为首者就地正法，其余的胁从者皆赦免不问，遣散、押解回原籍务农。

仪式结束后，陈奇瑜命投降农军按规定时间、指定路线分批走出峡谷，然后每百人编成一队，每队指派一名“定抚官（押送官）” 押送他们回陕北原籍，并传檄沿途所经州县安排饮食干粮。同时，他还安排好甲士，准备将农军首要头目擒斩。计划确实很周密，但陈奇瑜太低估李自成、高迎祥、张献忠这几个乱世枭雄了。

农民军在上缴武器时私藏了不少短刃，他们一出峡，便不再听从官军节制，纷纷拔刃把“定抚官”杀死，有些被割掉耳朵，或用棍棒狠打一顿，有些态度和善些明军军官则不打不杀，只是被绑起来扔在道旁，这算最仁道的做法了。

陈奇瑜见招降不成，反而惹下大祸，就把责任往部下身上推，甩锅凤翔知县李加彦，说他杀降激变流贼。原来农军逃出车厢峡后欲攻打凤翔，派36人伪装成明军去赚城，被李加彦识破处死......

后来，陕西官员纷纷上疏弹劾陈奇瑜，为李加彦鸣冤叫屈。崇祯帝弄明白后，就把陈奇瑜革职，改用洪承畴做督师。陈奇瑜偷鸡不成蚀把米，有苦难言。