当然是有差别的。在机关中，我们经常在电视新闻上看到出席新闻发布会的场景，在主持人介绍参加发布会相关机构人员的职务时，有的人是副巡视员，有的是某某局长、某某司长，有的人是二级巡视员。
副巡视员、二级巡视员这些称呼，对于在机关工作的人来说，可能不是什么新鲜的玩意儿，但对于普通老百姓来讲，估计就不知道这是什么职务了。对于乡长、镇长、县长、省长、部长这些职务，大家都比较熟悉，担任这些职务的人，大家都知道是什么官。
副巡视员、二级巡视员这一类的称呼或是头衔，由于距离普通老百姓比较远，平时大家也不怎么去关注，认为与自己的生活没有多少关系。但在机关内部，特别是大机关，不管是过去的副巡视员还是现在的二级巡视员，是多数公务员的梦想，是大家挤破头都想晋升的职位。
副巡视员和二级巡视员，按照现在的标准来判断，二者其实没有多少区别，都是享受的副厅级待遇，但从职位演变的历史进程来分析，二者还是有差别的。
副巡视员是2019年6月1日之前的称呼。在2019年6月1日之前，按照老公务员法，公务员法实施细则、综合管理类公务员非领导职务设置管理办法等规定而设置的。非领导职务由高至低分为巡视员、副巡视员、调研员、副调研员、主任科员、副主任科员、科员、办事员等八个序列。
从等级序列来看，副巡视员是仅次于巡视员的非领导职务，处于比较高的非领导职务。担任非领导职务的公务员接受所在同级机构担任领导职务公务员的领导，经领导授权或者委托可负责某一方面的工作。从这个规定来看，副巡视员作为非领导职务，根据同级机构领导的授权，是可以分管某个方面的工作的。
中央机关和省、自治区、直辖市机关，副部级机关和副省级市机关设置巡视员以下非领导职务；直辖市的区、副省级市的区、设区的市、自治州机关设置调研员以下非领导职务，从这个规定来看，副巡视员这个非领导职务设置的门槛还是比较高的。
从干部管理权限来看，副巡视员主要是由任县处级正职领导职务或者调研员五年以上的人晋升而来的。从正处级领导职务晋升为副巡视员，实际上也是一种提拔，副巡视员是省管干部或是部管干部。在公务员职务职级并行规定实施以后，副巡视员按照规定套改为二级巡视员。
二级巡视员是2019年6月1日以后，新修订的公务员法实施以后，按照公务员职务职级并行规定而设置的职级职位。按照新公务员法的规定，综合管理类公务员职级序列分为：一级巡视员、二级巡视员、一级调研员、二级调研员、三级调研员、四级调研员、一级主任科员、二级主任科员、三级主任科员、四级主任科员、一级科员、二级科员。
仔细对照我们可以发现，过去的非领导职务只有八个序列，现在的职级为十二个职级序列，但巡视员这个序列没有变化，只是称呼上发生了变化。过去的巡视员改成了一级巡视员，过去的副巡视员改成了二级巡视员。
从副巡视员到二级巡视员，其实不仅仅是名称的变化那么简单，在内涵上也发生了变化。副巡视员是非领导职务，非领导职务其实也是职务，在实践中也当成领导来管理和使用的；二级巡视员是职级，既不是领导职务，也不是非领导职务，但从副巡视员套改为二级巡视员的，保持了过去的待遇和管理方式。
最大的变化还是职位的设置和晋升方式。新设置的二级巡视员，是由担任一级调研员4年以上的人晋升而来的，担任县处级领导职务的人不能直接晋升二级巡视员，县处级正职领导职务要晋升二级巡视员必须要先晋升一级调研员。
从职位设置方式来看，过去的副巡视员设置的范围比较小，主要是地市级以上的机关，但现在在县级领导班子中也有二级巡视员职位的设置，占了领导班子职数的10%。副巡视员可以根据授权分管一个方面的工作，二级巡视员不再分管任何工作，而且要按照隶属关系接受领导指挥。
综上所述，副巡视员和二级巡视员，都是享受副厅级待遇的职位，但副巡视员是非领导职务，属于同级机关的领导成员之一，要分管一个方面的工作；二级巡视员只是职级，不属于领导班子成员，不再授权分管工作，只是享受副厅级干部的经济待遇和其他福利待遇。
