1922年6月16日凌晨，孙中山先生的革命事业遭到了陈炯明的无情叛变。陈炯明悍然发动武装政变，率叛军包围总统府，炮击观音山孙中山的住所粤香楼，妄图加害孙中山，形势异常危急，孙中山感慨道：“这是一生斗争的最大失败”。
1922年即民国十一年的2月4日，美国总统倡议召集太平洋裁军会议小组委员会，将中日鲁案交涉完全解决。条约正计11条，附约8条，会议记录4条，均于当天在美国首都华盛顿签字成立。
同年，北京政府于3月3日特别派遣王儒堂为中日鲁案善后事宜的督办，在当时北平东堂子胡同组织中日鲁案督办公署。
不久后，孔庸之到山西，任办理鲁案善后实业处处长。
孔庸之
当时国民党总理的护法在广东、北平为非法政府所在地，凡是属于这两地的党员，应该拒绝被任命。而接受者的原因，是以外交不该因内政分歧而产生分裂，孙中山向来有这个主张。
孔庸之秘密奉孙中山的命令，从日本回来，驻在北方进行秘密工作，所以这次出任办理中日鲁案善后，依然秉持着外交不因内政而分裂的原则继续办理。
此时王儒堂已经准备好督办公署，正逢孙中山会发电报招孔庸之赶赴广州，作为鲁案督办王正廷秘书的包世杰也被派遣随孔庸之一同南去。
此行特获得孙中山的谅解，凡是孔庸之所建议的，都得到了孙中山的嘉奖采纳。而孙中山写的建国大纲也于此时完成，主张和平统一的通电也在此时发出。
也就在此时，众人都意想不到的是陈炯明的叛变。在孙中山等人离开广州的时候，广州的情势已经十分紧张，没成想孙中山一手提拔的陈炯明，竟敢冒天下之大不韪。
陈氏部下无理要求，被劝解看似有悔实则酝酿叛变4月22日，孙中山携挚友胡汉民（国民党早期领导人，字展堂）、徐崇智（国民党早期军事家，字汝为）由广西返回广州。
5月20日，陈炯明的部下在没有命令的情况下陆续从广西来到广州，并且向政府要求两件事：
一恢复陈炯明广东省省长和粤军总司令的职位，并让陈炯明回到广州。二免去胡展堂的职务。
孙中山当时非常恼怒，周围的人都不敢出言安慰，而孔庸之既是孙中山的至亲，现在在广州，理所应当的出尽全力，希望在祸患没有形成前就消除了。
孔庸之认为既然陈炯明曾经共患难，不应该因为一点嫌隙最终分裂，就托人跟陈炯明陈说其中的利害，不能中途叛离。
既然共同为了革命努力，就不能不听从孙中山的命令，所以直到叛变爆发数日前，陈炯明都看似有所悔悟。
汪精卫也奉孙中山的命令去见陈炯明，让他明白其中大义，哪能想到陈炯明被小人包围，被部下劫持，最终在6月16日叛变。
孙中山坚信陈炯明不会叛变，可却事与愿违。1922年6月，包世杰、孔庸之等人在数日前谒见孙中山，孙中山说：“我绝对不相信陈炯明会叛变，而且也不能叛变，他不过是喜好名声、喜好揽权。
因其喜好名声，我就给与他广东市政改进为全国冠名声，难道是陈炯明的功绩吗？要知道广州市长是我的儿子孙哲生（名科，又叫孙科），而不是陈炯明。
只因为他喜好名声，我就将功劳归给陈炯明，因为他喜欢揽权，我就将权力授予陈炯明，我唯一的希望他是真正参加革命而已。
陈炯明是我一手提拔的，他不反叛革命，别人难道能背着我谋反吗？他如果反叛，人格破产，天下难道有人会愿意与他为伍吗？”
孙中山之子孙科
包世杰将这些话告诉了孔庸之，孔庸之说：“总理说的是啊，今天展堂才建议孙中山说‘总理既然对陈炯明有如此信任，为什么不派遣汪精卫开诚布公，再说明一次？”
孙中山采纳了他的建议，亲手写信派汪精卫去见陈炯明。
汪精卫去了之后，将孙中山的话告诉了陈炯明，陈炯明感激涕零，本约定亲自来广州谒见总理，亲自陈述悔过。没想到陈炯明逾期不致，听说是被部下阻拦。
这时孔庸之、包世杰一行人已经订了船票，准备离开广州。孙中山亲自到埠头送别，依然希望中国革命能够成功，最终达到和平统一的建设目的。
世事难料，当包世杰、孔庸之等人抵达香港买了一张加拿大的船票前往上海时，到上海当天买了一份沪报，一读报纸才知道陈炯明叛变的消息。
孔夫人与孙中山交情向来深厚，闻此噩耗，不禁潸然泪下。二人四目相对，皆感叹：“革命还有相当长的一段路要走啊。”
小结陈炯明经过孔庸之、汪精卫等人的劝解，但最终还是跟孙中山的革命道路分道扬镳了。
这件事给孙中山带来了不小的打击，使得他日后更加的反感军阀，转而走上了联俄联共，扶助农工的道路。当时革命要成功，必然是百转千回，复杂而又曲折的道路。。
