1957年，五大军种合并为三大军种，将空军与防空军合编为新空军，防空军部队以及大部门干部转到空军。对于担任高级防空学校校长的王智涛，从个人真实思想出发，并不愿在空军工作。

王智涛是搞军事教育出身，土地革命时期和抗战时期在红军大学、抗大任职。解放战争时才到前线担任军事干部。平津战役后，他被调东北航校担任教育长，虽然是军事教育工作，可即将成为空军的一部分。

新中国成立后，他被调任空军作战部队参谋长，可到任后没有实际分工，也不知道干什么，显得有些无所事事。此时正好上海要成立防空司令部，副司令员常乾坤就推荐他去。常乾坤与王智涛都是从苏联留学回来的，而且两人在苏联时间都不短。

1925年，国共合作期间，无论是国民党还是共产党，都出调干部到苏联学习，王智涛是从冯玉祥部被举荐的，常乾坤是黄埔军校毕业，又考入飞行学校后去了苏联深造。随着四一二事件发生，俩人都没有回国。

常乾坤在1925年已经入党，因此根据形势不一样，选择继续深造。而王智涛不同，冯玉祥希望他回到部队工作，给安排担任团长，可他深受革命思想，决定与国民党割裂，走向革命道路。

俩人一个在步兵学校学习，一个在空军学校学习。王智涛在1933年回国，而常乾坤在1938年回国。

离开空军后，被任命为上海防空司令部副司令，司令员是郭化若，也是老熟人。郭化若在1927年去苏联，学习2年后回国革命。都有留苏将领，而且相互认识，工作就容易开展。而且防空是在1934年时，他也负责过，担任过防空科长。虽然那时候的武器落后，但该准备的防空理论知识，以及部队、武器也都有，只是没有探照灯、雷达、高射炮，至于高射机枪等。

离开空军，到防空部队的工作是忙碌，紧张的。因为上海被多次偷袭，上级与苏联协商派出空军以及地面防空装备抵达上海，最后这些武器装备被留在上海组建防空司令部。

1951年随着三反展开，到1952年进入一个阶段，他被莫名其妙牵扯到一件大案中，以空军接到举报而立案。他被指是所谓的大老虎，而且“证据确凿”。上级让他到北京审查，在长达数月的配合调查下，才还他一个公道。但还有一点尾巴，就是空军工作时，说他将一辆摩托车和地毯据为己有。

实际上，这样的问题在当时根本也算不上什么事，而且地毯是经过批准带走的，摩托车在离开也是经过上级同意开的，但离开航校到上海也没交出去。不过，他也没有一直开着，而是存放着空军后勤仓库。

审查结束后，他的职务也准备变动，过去的老首长，老战友如今都成军兵种负责人，向他伸出橄榄枝。炮兵司令陈锡联想让她去炮兵，装甲兵司令许光达希望他去装甲兵，海军司令萧劲光希望他到海军，防空部队司令周士第希望他留防空部队。

这四位军、兵种司令给他的岗位都是军事教育，因军、兵种组建没多久，都需要培养专业的人才。各军、兵种成立自己的院校，他是教育专家，大家更希望他过去加强教育。

按照他自己的意愿，选择去防空部队，过去他一直干防空工作，有实际指挥经验，如今到防空学校担任校长，也是非常合适的职务。

在防空军下辖的院校工作5年，让他没想到的是1957年空军与防空军合并，组建新空军。对军队建设而言是利好的，对他个人而言是不愿去的。想起三反时就是在空军被审查，有些事情至今还让他不明不白。但也没办法，总不能因为合并了，他就申请到其他军兵种工作吧，而且高级防空学校的办学也很紧张，上级会同意吗。

因此，他也时时告诫自己，工作谨小慎微，空军领导机关召开会议或举办的活动，他很少参加，或许是为避开吧。当然，有些必须他去的，是不会推辞的。比如跟着空军领导，随军事代表团进行苏联访问。

1960年，随着一些事情的发生，他也被调去谈话，调他离开空军。最终被叶帅要去安排在军事科学院工作。