手术和神经刺激
有一些采用神经刺激治疗药物难治性丛集性头痛的方法，这些方法具有前景但尚未得到证实，包括蝶腭神经节刺激、枕神经刺激(occipital nerve stimulation, ONS)、无创VNS和脑深部电刺激(deep brain stimulation, DBS)。所有方法都还处于研究阶段，需要开展进一步研究以证实其长期益处和安全性。
[微风]无创VNS
可能降低丛集性头痛的发作频率，但证据不一致。
●对下丘脑后下区域行DBS是一种尚处于研究阶段的用于顽固性丛集性头痛的疗法，该方法具有一定前景但尚未得到证实。仅在少数患者中进行了研究。
[微风]蝶腭神经节刺激
通过手术植入神经刺激器进行，患者可利用手持遥控器激活该刺激器。
●ONS通过植入脉冲发生器对双侧枕区植入的皮下电极进行电刺激。小型观察性研究报道该技术对部分丛集性头痛患者有效。
在过去，人们采用一些破坏性手术操作来治疗慢性丛集性头痛。针对感觉三叉神经的操作以三叉神经节、眶上神经、眶下神经及三叉神经根为靶点。新型手术将枕神经作为靶点。针对自主神经通路的操作将岩浅大神经、中间神经以及蝶腭神经节作为靶点。
手术方法包括射频热凝术、甘油神经节射频切断术、乙醇注射、可卡因注射、伽玛刀放射外科手术以及神经切断。然而，这些疗法的可靠长期观察数据极少且会引发三叉神经痛、痛性感觉缺失、感觉减退、脑膜炎和脑脊液漏等并发症，因此只有经过审慎考虑后才可采用这些治疗。
虽然现有证据不一致，但阐明了去三叉神经支配可能无法有效预防慢性丛集性头痛的头痛发作和自主神经症状。
病况和预后
丛集性头痛是最主要的TACs。人们认为该病的恶性程度非常高，所以一些患者在该病未得到诊断或治疗不成功时企图自杀。丛集性头痛会使生存质量下降，使抑郁风险升高。
有限的数据提示，丛集性头痛是一种终生疾病，但随着年龄增加，出现丛集性头痛发作的患者所占比例逐渐下降。然而，即使在丛集性头痛发病后15年，仍有80%的患者会发作。丛集性头痛还会导致显著的功能障碍，即使给予了适当治疗也是如此。
