公元184年（甲子年）2月间，中原大地黄巾蜂起，天下大乱。在“岁在甲子，天下大吉”的呼声中，一个遍地兵燹、战乱不休长达数百年的乱世即将到来。

由张角、张宝、张梁三兄弟领导发动的黄巾大起义发端于河北，张角自称“天公将军”，张宝称“地公将军”，张梁称“人公将军”。各路黄巾军聚集在“太平道”的旗帜下，一时间纷纷揭竿而起，他们冲州撞府，焚烧官衙，杀戮官军，劫掠城邑，半月之内，天下太平道信徒纷起响应，引发汉廷震动。

张角创立的“太平道”已在民间广泛传播，信者极众，蓄势十余年，一朝爆发，大有天崩地裂、摧枯拉朽之势。黄巾起义虽然声势浩大，但缺乏统一指挥，黄巾军各自为战，力量较为分散，主要集中在冀州、颍川、南阳等三大地区。这就使得汉廷有时间调兵遣将，集中力量，分割包围，各个击破。

从黄巾之乱初期的混乱中逐渐回过神来的东汉朝廷，以外戚、河南尹何进为大将军，封慎侯，统率左右羽林军、 五营（京师卫戍部队）将士屯扎于都亭，以拱卫洛阳。

封卢植为北地中郎将 ，统兵北上冀州围剿张角。

以北地太守、 军事经验丰富的沙场宿将皇甫嵩为左中郎将，朱儁为右中郎将，两人合兵4万余人，共讨距离洛阳最近，对东汉朝廷威胁最大的颍川（今河南禹州）黄巾军，被官军蔑称为 “颍川贼”的首领是张角弟子，名叫波才。《后汉书》记载，皇甫嵩严于律己，宽以待人，善于治军，深孚众望 ：

“（皇甫嵩）温恤士卒，甚得众情，每军行顿止，须营幔修立，然后就舍帐。军士皆食，己乃尝饭。吏有因事受赂者 ，（皇甫）嵩更以钱物赐之，吏怀惭，或至自杀” 。

汉灵帝中平元年（公元184年）四月中旬，左右中郎将皇甫嵩、朱儁联合讨伐颍川黄巾军。刚开始战事并不顺利，波才部黄巾军人多势众，兵力远超汉军，挫败了朱儁的右军，皇甫嵩见战事不利，只得暂时退守长社。当时，汉军仅数万人，相对于声势浩大的颍川黄巾军来说兵力显得羸弱，见朱儁部落败，皇甫嵩部将士皆惊恐不安。

然而，黄巾军的部众大多是刚洗脚上田的农夫以及贩夫走卒之流，毕竟缺乏训练，将领也欠缺军事指挥经验，旋即被沙场老将皇甫嵩窥出了弱点并抓住了破绽。他对部将们分析说：

“战斗之胜负，不在于人数多寡，而在于兵法之奇变。你们看，贼势虽大，士气亦旺盛， 但贼首波才却缺乏军事常识，竟然在杂树草丛边安营扎寨。如果我军趁夜黑风高，夜半出奇兵纵火引燃荒草，贼军必定惊慌失措，我军则趁势出击，必能大获全胜”。《三国志》非原文

于是皇甫嵩命令少数将士登城防守，并点燃火炬，插遍城头，映红天际，给波才造成汉军主力悉数登城固守的假象。他却暗地里率精锐主力悄悄迂回到包围圈外，命军士四处纵火，大声聒噪，留守城中的偏师也擂起战鼓，开城出击，波才军人数虽多，但却是一支未经训练的乌合之众，面对汉军突然发起的火攻、夹击，猝不及防下军心大乱，士卒惶恐，四散而逃 。就在黄巾军惊惶溃逃时，恰巧骑都尉曹操也奉命率部来援，朱儁也收拾残兵败将与曹操、皇甫嵩军合力截杀败逃的黄巾军，波才部黄巾军被汉军斩首数万级，被生俘者难计其数，除波才率少数人突围逃走外，几乎全军覆没。

颍川一战，汉军歼灭了波才部十余万黄巾军，汉廷功封皇甫嵩为都乡侯。而朱儁因初战兵败，又与十常侍有隙，被宦官进谗而未获封赏。

皇甫嵩、朱儁乘胜讨伐逃往汝南（今驻马店汝南县）的颍川黄巾军残部，在阳翟之战中再次大败波才余部，接着又在西华击溃彭脱部黄巾军，斩获无数，其余的黄巾残部或向官军缴械投降，或相率散去，“三郡悉平” ——颍川、汝南、陈地等三郡都被平定。

皇甫嵩并未独揽大功，而是在呈给朝廷的奏报中将平定三郡的辉煌胜利归功于朱儁，并上疏替他请功乞赏。汉廷遂将朱儁封为西乡侯，擢升其为镇贼中郎将， 命皇甫嵩军讨伐盘踞东郡的黄巾军，朱儁则率军攻伐占据南阳的黄巾军。当年8月，皇甫嵩率部在仓亭津（今河南南乐境内） 大战中击溃卜已所统的黄巾军，激战中生擒卜已，斩首七千余级，再获大胜。随后，皇甫嵩又奉命率军北上增援进剿冀州黄巾主力的汉军。皇甫嵩俨然已经成为镇压黄巾起义的主要将领，亦成为汉廷最倚重、黄巾最畏惧常胜将军。