马占鳌，河州（今甘肃临夏回族自治州）漠泥沟何家庄人，华寺门宦著名阿訇（主持教务，传授经典的人）。马占鳌早年在本乡清真寺中念经，青年时代到西安大学习巷清真寺求学，毕业（回民称“穿衣”）后回河州本籍作阿訇。《方略》记载说，马占鳌机警而有智略，“敢作敢为，得到教下（教众）的信仰”。他的家族善于经商，富甲一方，他本人则心怀仁慈，曾劝其叔父不要放高利贷盘剥穷人，牟取暴利，并说服其叔烧掉穷人借贷的单据，“得到多数穷苦人的好感” 。后来他和其长子马耀邦通过经商积累了不少财富，“以赀雄于乡” ，成为河州府西乡“回民中声望卓著之人”。

同治二年（1863），河州、狄道州、金县等地爆发回民起义，大举围攻狄道州城，与守城团练激战。因回民军人多势众，团练武装抵挡不住，城池岌岌可危，署知州屠旭初、都司陆陞咬破指头写血书求援，甘肃布政使恩麟派肃州道豫师率邹占先部1000清军驰援，被回民军阻截于新营，被围困了百余日，而始终无法突围，后恩麟派兵解围。

1863年10月8日夜，一股回民军敢死队在马大汉的带领下猛攻狄道城南门，旋即登城而入，杀散守兵后开门放大队人马冲入，城中到处响起了刺耳的枪声与喊杀声。署知州屠旭初带人在衙门里负隅顽抗，被回民军爬上房顶抛石砸死；都司陆陞右臂被子弹击伤，见士兵死伤溃逃殆尽，心知大势已去，遂独自进入贮藏火药的仓库，盘腿坐在火药笼上，点燃引信后片刻 即轰然粉身碎骨。

1864年元旦，回民暴动军突入河州，旋即展开围攻； 河州清军早有准备，枪炮齐发，击死击伤攻城回军300余人，见一时难以攻克，回民军随即后撤。参加暴动的各门宦虽有各自的教主为头领，但令出多门，无法做到统一指挥，急需有统一的领导，于是他们共推颇具威望、素能服众的华寺门宦大阿訇马占鳌为主帅。

马占鳌被各路回军推为统帅后，自称“都招讨”。他召集各大小头领，宣布军纪和进军计划：“宜联络汉人，使渠照常耕种”。同时凿通河湟通道，与西宁回军首领马桂源取得联络，相互配合攻取河西各州府县，重中之重是攻取河州城，作为河州、狄道回民军的根据地。

1864年1月，马占鳌统帅回军猛攻河州城。激战中，他身先士卒，奋勇争先，带头攀上城墙，但被清军乱枪击退。在这次攻城中，马占鳌的亲弟弟被清军抓获，旋即被架在火堆上活活烧死。马占鳌悲愤不已，发誓“要把河州拿下来”，经长期围困，终于在1864年10月31日一举攻克河州，入城后回军大肆搜杀清军，杀清军将领守备郭升等，未及逃脱的兵勇亦被斩杀殆尽。据记载，马占鳌为发泄杀弟之仇，纵兵烧杀抢掠，共有10000多河州绅民遇害。在河州一带，回汉积怨甚深，盲目仇杀的现象长期存在，报复性杀戮情绪一旦失控，就连回军首领都难以约束。

回民军攻克河州府城后，兰州戒严，护督恩麟下令加固城防，修葺堡垒、挖掘壕沟，并调集兵马加强防守。 恩麟见回众势大，在严防死守的同时采取所谓“羁縻” 之策，好几次派员到河州与马占鳌等回首谈判议和。马占鳌等虚与应付，在谈判的同时挥军向东、北、南3个方向进击，以扩大战略生存空间。

河狄以东的巩昌府（今甘肃陇西）是回民军攻打的重要目标。1864年8月，马占鳌第二次督军从陇西南路猛攻巩昌府城。清军游击周胜率部联合当地团练武装2000余人紧急入援，被回军设伏阻击，旋即遭到团灭，无一生还。但巩昌府城池坚固，守军顽强抵抗，府城久攻不克，回军还折损了不少弟兄。

10月，另一支河狄回民军夜袭金县，守军猝不及防，县城被一举攻破，知县蔡同和把总牛文海皆被擒斩。

1865年3月，河州回军猛攻安定县（今定西），请提督李助发带领12营清军将是您以及部分团勇昼夜防守，拼死抵抗。3月30日，回军先用“劈山炮”轰击，再架云梯奋死登城，部分勇敢敏捷之兵登上了城头，旋即接应大队人马入城，混战中，知县多龄被杀，提督李助发趁乱突围而走。

1866年，河狄回军2000余众趁巩昌府城内守军久战疲惫，疏于防范之机，从城东南角攀登而上，袭杀巡城更夫后，出其不意地冲入内城。经残酷而激烈的巷战后，回军将副将喻正祥部清军围杀一空；巩昌知府王锡龄耳听外面的喊杀声逐渐停息，心知大势已去，遂换上朝服端坐大堂上吞枪自杀，陇西知县孟中瀛随后自缢而死。自1864年以来，河狄回民军曾先后10几次攻打该城而未下，死伤者甚众，至此终于攻克。但仅仅几天后，巩昌府城又被清军总兵傅先宗率军夺回......

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