1949年9月,新疆军政当局宣布和平起义,实现了新疆和平解放的第一步。但是国民党反动分子仍在加紧活动,妄图趁人民解放军尚未进疆之际,发动反革命叛乱，破坏和平解放,阻挠人民解放军进疆。
10月5日,新疆临时政府主席包尔汉致电毛主席、朱总司令、彭德怀副总司令:“本省危机四伏,情势严重,务希转饬西来之人民解放军兼程来新,以解危局,并慰人民之热望:同时更希多派政治工作人员偕来,以资推动。"
为了巩固新疆和平起义成果,使各族人民免遭涂炭,军委命令第一野战军第一兵团火速入疆。
1949年9月28日,第一野战军前委发出“关于入新工作的指示",指出:“这一永重不朽的艰巨而重大的任务,将很光荣地落在一、二兵团之二、六两军、装甲车营的身上。”
并就进军作出新的部署:“二军将要解放北疆之哈密、奇台、迪化与伊犁自治区，六军将进军南疆之吐鲁番、焉耆、库尔勒、阿克苏、和阗、于阗。除准备各地区之地方干部外,并须准备改造陶峙岳军队的政治干部。"
当时,王震考虑到第二军原来就隶属第一兵团建制,加上历史关系,应让第二军担负一些更艰巨的任务,便向野战军前委建议改变原来进军的部署。野战军前委批准了王震的建议,改第二军为左路军,进军南疆,第六军为右路军,进军北疆。
1949年10月1日,在酒泉举行的“庆祝中华人民共和国成立"的大会上,第一兵团首长向部队宣布了毛主席、朱总司令关于向新疆进军的命令。
顿时,会场变成欢腾的海洋,许多干部战士在一片欢呼声中,把决心书、挑战书送上主席台,表示一定要把革命进行到底,解放祖国的每一寸土地。
10月4日,彭德怀从兰州来到酒泉,第一兵团召开了团以上干部参加的党委扩大会议。
王震作了关于进军新疆各项政策的报告,甘泗淇就执行党的民族政策讲了话，彭德怀就进军新疆执行各项政策和注意事项作了重要指示。
10月5日,第一兵团在酒泉隆重召开了进军新疆的誓师大会,宣布了向新疆进军的命令,彭德怀、王震分别讲了话。
兵团党委向部队发出了“不怕一切牺牲,不怕一切困难,奋勇前进,把五星红旗插上帕米尔高原"的战斗口号。同时,第二兵团在永登召开党委会,明确第六军进疆任务。
10月10日,第二军召开党委扩大会议,王震作了《关于西北形势、解放新疆的斗等特点与任务》的报告,分析了新疆和平解放的形势,阐明了党的民族政策和改造起义部队的政策,号召全军发扬英勇顽强的战斗精神和艰苦奋斗的优良传统,进军新疆长期建设新疆。
根据中央军委和第一野战军前委的一系列部署,1949年10月12日至1950年1月15日,第二、六军各部从陆地到天空数路大军齐头并进,向新疆展开了气势磅礴的大进军。
1949年10月12日,第一兵团先头部队第二军第四师在军长郭鹏、政委王恩茂、副军长顿星云率领下,离开酒泉向新疆进发。
同日,拨归第一兵团建制的战车第五团也离开玉门油矿向新疆开进。与此同时,华东野战军支援的汽车团和苏联援助的40架运输机先后抵达酒泉。
10月13日至15日,第二军第四师3个步兵团及第二军指挥所、战车第五团先后抵达东疆门户哈密。
人民解放军进疆前夕,驻哈密国民党第一七八旅部分官兵在少数反动军官煽动下,破坏起义,制造了抢劫银行黄金和纵火事件。
第二军所部抵达哈密后,迅速将叛乱分子包围缴械,出动兵力救火安民,于老城中山堂举行军民联欢大会,招待慰问各族各界人士和起义部队代表。
10月16日,第二军第四师先头部队抵达鄯善,当地国民党驻军第六十五旅第一九四团三营部分官兵叛乱,阻挡人民群众欢迎解放军,制造了杀害县长和抢劫市民财产、烧毁民房的严重事件。
郭鹏军长经请示王震司令员,命令部队立即将三营营部、机枪连和九连全部解除武装,迅即平息了叛乱。
10月20日下午2时,战车第五团胜利到达迪化,受到迪化各界各族群众数万人夹道欢迎。战车第五团立即接管了城防,控制了机场,并派出部队维持社会秩序。
1949年11月4日,罗元发军长、张贤约政治委员率领第六军,开始了人民解放军进军史上空前规模的空运和车运。
11月5日,第六军先遣营乘飞机飞抵迪化。6日,第一兵团指挥部、第六军第十七师第五十团、师直及第六军军直机关到达迪化,当即成立了迪化警备司令部,第十七师师长程悦长任司令员,接管迪化防务。
7日,王震司令员及罗元发军长、饶正锡副政委一行40余人,从酒泉乘飞机抵迪化。8日,迪化军政各界举行盛大欢迎会,王震在会上宣布,中共中央新疆分局成立。
10日,新疆省临时政府召集各机关负责人会议,王震说明了中共中央新疆分局当前的工作方针和解放军进疆后的接管原则。
第六军各部自11月6日起至1950年1月15日止,从酒泉空运哈密2908人,由哈密空运迪化9538人,合计12446人。
1949年11月4日至1950年1月13日,从酒泉车运哈密12982人;从安西车运哈密2540人;从哈密车运迪化6550人,从迪化车运绥定、惠远2492人(第十七师第五十团);从迪化车运绥来(今玛纳斯)2112人(第五十一团)。
第六军所属部队除第十六师一部至1950年3月底抵达哈密外,其余各部均于1950年1月13日前先后进入哈密、迪化,完成了沿镇西(今巴里坤)、伊吾、奇台、木垒、阜康、昌吉、景化、绥来、伊宁一带的布防任务。
1949年12月,第一兵团第二军、六军两军先后到达指定防区,各部队驻防地区及其主要负责人是这样的:
第一兵团总部驻迪化,司令员王震,政治委员徐立清,参谋长张希钦,政治部副主任曾涤;
第六军军部及第六军第十七师驻迪化,军长罗元发,政治委员张贤约;第十七师师长程悦长,政治委员袁学凯;第六军第十六师驻哈密,师长吴宗先,政治委员关盛志。
第二军军部及第四师驻疏勒,军长郭鹏,政治委员王恩茂;第四师师长杨秀山,副政治委员曾光明;第二军第五师驻阿克苏,师长徐国贤,政治委员李铨;第二军第六师驻焉者,师长张仲瀚,政治委员熊晃。
1949年12月17日,新疆军区和新疆省人民政府成立,中国人民解放军入疆部队和三区革命民族军及新疆起义部队在迪化会师,举行了联合入城仪式。彭德怀、张治中、王震等莅临检阅。
1950年1月7日,彭德怀副总司令在中央人民政府委员会第五次会议上作《关于西北工作情况》报告,宣布西北已全部解放。新疆方面,人民解放军已进驻新疆全境中华人民共和国的国旗已飘扬在祖国最远边疆帕米尔高原。
